新沃德對(duì)黛西和其它追隨他的異人們，講述了他當(dāng)年被克里人捕獲后做實(shí)驗(yàn)的經(jīng)過(guò)。新沃德還說(shuō)，克里人也改造了異人們的祖先。所以，這些人建立了九頭蛇，迎接他的歸來(lái)。現(xiàn)在，他要回報(bào)這些人的忠誠(chéng)，在他們身上重現(xiàn)當(dāng)時(shí)克里人的實(shí)驗(yàn)。
菲茲研究出了能抗蜂巢毒素的物質(zhì)，這是能救回黛西的唯一辦法了。可是，克蒙斯又又擔(dān)心使用過(guò)程中會(huì)造成黛西出現(xiàn)其它不好的癥狀。林肯聽(tīng)了，主動(dòng)要求要自己身上先做實(shí)驗(yàn)。但菲爾得知如此做可能會(huì)摧毀被實(shí)驗(yàn)者免疫系統(tǒng)的風(fēng)險(xiǎn)后，命令菲茲另外尋找辦法。他不想失去林肯這個(gè)神盾局新加入的特工。林肯見(jiàn)多說(shuō)無(wú)益，為救黛西，他自己注射了抗毒素。
菲爾和邁克居然通過(guò)神盾局的系統(tǒng)，尋找到了黛西蹤跡。菲爾認(rèn)為這是陷阱，而邁克卻感情用事地以為也許黛西故意這樣做，好讓昔日的同事前去救她。菲爾盡管一直將黛西視作自己的女兒，但卻認(rèn)為邁克錯(cuò)了。有了線索，但不能掉以輕心，如果此次前往，務(wù)必將蜂巢一舉消滅。
博士為新沃德的設(shè)想所吸引，幫他們將泰瑞根水晶用于實(shí)驗(yàn)，將正常人轉(zhuǎn)化成異人。但教授的實(shí)驗(yàn)失敗了。他對(duì)新沃德說(shuō)如果要成功，他需要一個(gè)活著的克里人的基因，新沃德差點(diǎn)殺掉教授，但最后還是放了他一馬。
神盾局的特工們?nèi)蔽溲b地出發(fā)了，大家下定決心要救回黛西，摧毀蜂巢，尤其邁克，黛西是他的搭檔，而他居然對(duì)黛西的變化一無(wú)所知，他內(nèi)心對(duì)此感到內(nèi)疚，一心要彌補(bǔ)。特工們趕到后，梅發(fā)現(xiàn)了詹姆斯，她假意套近乎，得知了新沃德抓走博士的真正目的，幫他將普通人改造成異人，然后建立異人軍隊(duì)。當(dāng)?shù)弥诵挛值碌拇_切所在地后，梅擊暈了詹姆斯。
為了得到活的克里人的血液。新沃德召喚來(lái)了克里獵殺者，然后讓黛西去對(duì)付他們。艾麗莎很快死于獵殺者之手，這時(shí)，黛西出現(xiàn)了，一直躲在暗處觀察的神盾局特工們執(zhí)行著菲爾的命令，可邁克卻想違令去幫黛西。
獵殺者被黛西制服，教授抽到了足夠的血液。這時(shí)，邁克出現(xiàn)要救回黛西，而黛西卻將他擊倒在地痛毆。另一個(gè)獵殺者最終被新沃德所殺，特工們的武器顯然也傷不了新沃德，神盾局只得火速撤離。
新沃德因黛西未能如約扯出邁克的心臟而對(duì)她的忠誠(chéng)表示懷疑。黛西為了證明自己，告知他自己體內(nèi)就有克里人的血液，有助于實(shí)驗(yàn)。
格倫代表總統(tǒng)來(lái)跟菲爾談話。總統(tǒng)希望神盾局能走入公眾視野，這就需要菲爾將神盾局信息透明公開(kāi)，包括下轄的所有異能人士。這對(duì)異能人士來(lái)說(shuō)是很危險(xiǎn)的，因?yàn)楣妼?duì)他們的仇恨不知何時(shí)便會(huì)點(diǎn)燃，這無(wú)異于將他們置于險(xiǎn)地。
菲爾決定說(shuō)服他。他這次毫無(wú)保留地帶他參觀基地。但當(dāng)格倫看到鞭笞時(shí)，卻突然間憤怒起來(lái)。菲爾告訴他，鞭笞的存在是有用的，也許他就是為了殺蜂巢而出現(xiàn)的。菲爾還讓西蒙斯告訴了格倫所有真相。格倫了解到了蜂巢正在行動(dòng)，他已掌握了將人快速轉(zhuǎn)化成異人的辦法。
博士抽取了黛西的血液，用于制造異人。黛西盡管失血過(guò)多，但她依然十分樂(lè)意，甚至不惜為此獻(xiàn)出生命。這一次，博士沒(méi)有讓蜂巢失望，他將人轉(zhuǎn)化成了異人，但因?yàn)槟撤N因素沒(méi)有控制好，新轉(zhuǎn)化的異人極其丑陋，可蜂巢顯然對(duì)此很滿意。他告訴博士不必改進(jìn)，就這樣造出大批量的異人就行。因?yàn)楫惾藗冿@然只是他利用的工具，他對(duì)之毫不在意。
黛西不停地攻入神盾局的系統(tǒng)，她想掌握神盾局的每一個(gè)動(dòng)向。林肯一直被關(guān)著感到很煩燥，但菲爾擔(dān)心他失去黛西后將采取不理智措施，所以暫時(shí)不想還他自由。黛西攻入了神盾局系統(tǒng)，通過(guò)他房間的屏幕跟他交談。在她的幫助下，林肯逃出了神盾局。
正在參觀的格倫得知了這個(gè)消息，正在怪罪神盾局的時(shí)候，梅揭開(kāi)了真相。事實(shí)上，林肯沒(méi)有逃，這只是神盾局安排好的反擊，是鞭笞代替林肯，乘飛行器去了蜂巢所在小鎮(zhèn)。
鞭笞果然像是為毀滅蜂巢而存在的，別的異人在蜂巢面前只有乖乖就范的份兒，而鞭笞一出手即致蜂巢重傷。蜂巢倒地?zé)o還手之力。新轉(zhuǎn)化的丑陋異人們襲擊鞭笞，被鞭笞一一干掉。因抽血過(guò)多正休息的黛西看到情況，趕去幫蜂巢襲擊鞭笞，只進(jìn)行了一輪進(jìn)攻就無(wú)力地躺倒在地上。
鞭笞顯然記得所有往事，他走過(guò)去不但沒(méi)有難為黛西，反而幫她恢復(fù)了體力重獲自由。他將她抱到飛行器上想帶她離開(kāi)，這時(shí)，詹姆斯突然從背后進(jìn)攻，火鞭穿透了鞭笞的心臟，鞭笞倒地而亡，沒(méi)來(lái)得及結(jié)果蜂巢。清醒了的黛西打退了詹姆斯的進(jìn)攻，重新返回了神盾局。所有的老同事們歡迎著她的歸來(lái)。
邁克埃琳娜和梅駕駛飛行器趕往太平洋地區(qū)美軍發(fā)射井，他們想搶在蜂巢趕到之前。因?yàn)槟莾旱膶?dǎo)彈發(fā)射裝置，很可能被蜂巢用來(lái)高空散播病毒，感染正常人轉(zhuǎn)化成被他控制的異人。但五小時(shí)前，發(fā)射井的工作基地人員就已經(jīng)失聯(lián)。
情況緊急，格倫向國(guó)防部高官索要停止發(fā)射的代碼，高官不同意，而要因循守舊地按程序來(lái)，如果真的那樣做，得耗時(shí)兩周。在他們視頻談話時(shí)，菲茨根據(jù)談話內(nèi)容，將代碼存放地址通知了菲爾，并假扮高官通知下屬將代碼交給菲爾。
邁克他們已在發(fā)射井降落，他們抱著不成功便成仁的決心。千鈞一發(fā)之際，發(fā)射被及時(shí)中止。憤怒的蜂巢知道又是神盾局作梗，他一面讓博士想辦法解決發(fā)射問(wèn)題，一面決定報(bào)復(fù)神盾局。
林肯以身犯險(xiǎn)，將蜂巢引到邁克所在的地方。邁克安裝了專門(mén)對(duì)付蜂巢的裝置。他們想用這裝置燒壞蜂巢的大腦。趁蜂巢陷入混亂之時(shí)，他們趕去解救人質(zhì)。博士也趁機(jī)脫困。甚至在蜂巢追出來(lái)的時(shí)候，他們還將蜂巢困在玻璃艙內(nèi)凝膠塊中帶回了神盾局。
格倫對(duì)此十分滿意，感到事情有了巨大進(jìn)展。但裝滿感染人類病原體的彈頭被蜂巢藏起來(lái)還沒(méi)找到。
回來(lái)的黛西盡管提供了大量情報(bào)，對(duì)神盾局抓捕蜂巢十分有幫助，但她陷入對(duì)往事的自責(zé)和擺脫蜂巢的不適矛盾中，難以理性。邁克寬恕原諒讓她感動(dòng)。她及時(shí)控制了心中陰暗面的擴(kuò)展。
菲茨被原始異人襲擊，幸虧西蒙斯及時(shí)打開(kāi)門(mén)才得以逃脫。但那些原始異人將蜂巢救了出來(lái)。蜂巢從黛西那兒了解到了神盾局的一切，他很快發(fā)現(xiàn)，通過(guò)和風(fēng)也照樣能起到散播病毒的目的。這時(shí)，黛西來(lái)到他面前，慢慢跪下，求他再次接納她。