新沃德對黛西和其它追隨他的異人們，講述了他當年被克里人捕獲后做實驗的經過。新沃德還說，克里人也改造了異人們的祖先。所以，這些人建立了九頭蛇，迎接他的歸來。現在，他要回報這些人的忠誠，在他們身上重現當時克里人的實驗。
菲茲研究出了能抗蜂巢毒素的物質，這是能救回黛西的唯一辦法了。可是，克蒙斯又又擔心使用過程中會造成黛西出現其它不好的癥狀。林肯聽了，主動要求要自己身上先做實驗。但菲爾得知如此做可能會摧毀被實驗者免疫系統的風險后，命令菲茲另外尋找辦法。他不想失去林肯這個神盾局新加入的特工。林肯見多說無益，為救黛西，他自己注射了抗毒素。
菲爾和邁克居然通過神盾局的系統，尋找到了黛西蹤跡。菲爾認為這是陷阱，而邁克卻感情用事地以為也許黛西故意這樣做，好讓昔日的同事前去救她。菲爾盡管一直將黛西視作自己的女兒，但卻認為邁克錯了。有了線索，但不能掉以輕心，如果此次前往，務必將蜂巢一舉消滅。
博士為新沃德的設想所吸引，幫他們將泰瑞根水晶用于實驗，將正常人轉化成異人。但教授的實驗失敗了。他對新沃德說如果要成功，他需要一個活著的克里人的基因，新沃德差點殺掉教授，但最后還是放了他一馬。
神盾局的特工們全副武裝地出發了，大家下定決心要救回黛西，摧毀蜂巢，尤其邁克，黛西是他的搭檔，而他居然對黛西的變化一無所知，他內心對此感到內疚，一心要彌補。特工們趕到后，梅發現了詹姆斯，她假意套近乎，得知了新沃德抓走博士的真正目的，幫他將普通人改造成異人，然后建立異人軍隊。當得知了新沃德的確切所在地后，梅擊暈了詹姆斯。
為了得到活的克里人的血液。新沃德召喚來了克里獵殺者，然后讓黛西去對付他們。艾麗莎很快死于獵殺者之手，這時，黛西出現了，一直躲在暗處觀察的神盾局特工們執行著菲爾的命令，可邁克卻想違令去幫黛西。
獵殺者被黛西制服，教授抽到了足夠的血液。這時，邁克出現要救回黛西，而黛西卻將他擊倒在地痛毆。另一個獵殺者最終被新沃德所殺，特工們的武器顯然也傷不了新沃德，神盾局只得火速撤離。
新沃德因黛西未能如約扯出邁克的心臟而對她的忠誠表示懷疑。黛西為了證明自己，告知他自己體內就有克里人的血液，有助于實驗。
格倫代表總統來跟菲爾談話。總統希望神盾局能走入公眾視野，這就需要菲爾將神盾局信息透明公開，包括下轄的所有異能人士。這對異能人士來說是很危險的，因為公眾對他們的仇恨不知何時便會點燃，這無異于將他們置于險地。
菲爾決定說服他。他這次毫無保留地帶他參觀基地。但當格倫看到鞭笞時，卻突然間憤怒起來。菲爾告訴他，鞭笞的存在是有用的，也許他就是為了殺蜂巢而出現的。菲爾還讓西蒙斯告訴了格倫所有真相。格倫了解到了蜂巢正在行動，他已掌握了將人快速轉化成異人的辦法。
博士抽取了黛西的血液，用于制造異人。黛西盡管失血過多，但她依然十分樂意，甚至不惜為此獻出生命。這一次，博士沒有讓蜂巢失望，他將人轉化成了異人，但因為某種因素沒有控制好，新轉化的異人極其丑陋，可蜂巢顯然對此很滿意。他告訴博士不必改進，就這樣造出大批量的異人就行。因為異人們顯然只是他利用的工具，他對之毫不在意。
黛西不停地攻入神盾局的系統，她想掌握神盾局的每一個動向。林肯一直被關著感到很煩燥，但菲爾擔心他失去黛西后將采取不理智措施，所以暫時不想還他自由。黛西攻入了神盾局系統，通過他房間的屏幕跟他交談。在她的幫助下，林肯逃出了神盾局。
正在參觀的格倫得知了這個消息，正在怪罪神盾局的時候，梅揭開了真相。事實上，林肯沒有逃，這只是神盾局安排好的反擊，是鞭笞代替林肯，乘飛行器去了蜂巢所在小鎮。
鞭笞果然像是為毀滅蜂巢而存在的，別的異人在蜂巢面前只有乖乖就范的份兒，而鞭笞一出手即致蜂巢重傷。蜂巢倒地無還手之力。新轉化的丑陋異人們襲擊鞭笞，被鞭笞一一干掉。因抽血過多正休息的黛西看到情況，趕去幫蜂巢襲擊鞭笞，只進行了一輪進攻就無力地躺倒在地上。
鞭笞顯然記得所有往事，他走過去不但沒有難為黛西，反而幫她恢復了體力重獲自由。他將她抱到飛行器上想帶她離開，這時，詹姆斯突然從背后進攻，火鞭穿透了鞭笞的心臟，鞭笞倒地而亡，沒來得及結果蜂巢。清醒了的黛西打退了詹姆斯的進攻，重新返回了神盾局。所有的老同事們歡迎著她的歸來。
邁克埃琳娜和梅駕駛飛行器趕往太平洋地區美軍發射井，他們想搶在蜂巢趕到之前。因為那兒的導彈發射裝置，很可能被蜂巢用來高空散播病毒，感染正常人轉化成被他控制的異人。但五小時前，發射井的工作基地人員就已經失聯。
情況緊急，格倫向國防部高官索要停止發射的代碼，高官不同意，而要因循守舊地按程序來，如果真的那樣做，得耗時兩周。在他們視頻談話時，菲茨根據談話內容，將代碼存放地址通知了菲爾，并假扮高官通知下屬將代碼交給菲爾。
邁克他們已在發射井降落，他們抱著不成功便成仁的決心。千鈞一發之際，發射被及時中止。憤怒的蜂巢知道又是神盾局作梗，他一面讓博士想辦法解決發射問題，一面決定報復神盾局。
林肯以身犯險，將蜂巢引到邁克所在的地方。邁克安裝了專門對付蜂巢的裝置。他們想用這裝置燒壞蜂巢的大腦。趁蜂巢陷入混亂之時，他們趕去解救人質。博士也趁機脫困。甚至在蜂巢追出來的時候，他們還將蜂巢困在玻璃艙內凝膠塊中帶回了神盾局。
格倫對此十分滿意，感到事情有了巨大進展。但裝滿感染人類病原體的彈頭被蜂巢藏起來還沒找到。
回來的黛西盡管提供了大量情報，對神盾局抓捕蜂巢十分有幫助，但她陷入對往事的自責和擺脫蜂巢的不適矛盾中，難以理性。邁克寬恕原諒讓她感動。她及時控制了心中陰暗面的擴展。
菲茨被原始異人襲擊，幸虧西蒙斯及時打開門才得以逃脫。但那些原始異人將蜂巢救了出來。蜂巢從黛西那兒了解到了神盾局的一切，他很快發現，通過和風也照樣能起到散播病毒的目的。這時，黛西來到他面前，慢慢跪下，求他再次接納她。