輔國大將軍劉弘基剛從賽外回來，原本一直駐扎在城外，可是突然進到長安城里，聽說這劉弘基張揚跋扈得很。凡舍里面有一個叫寧采臣的窮書生，他早上暈倒在北村，被人看見，送到了凡舍。書生醒來，稱自己去了蘭若寺，里面有一具干尸，還有一個叫聶小倩的女子。這時，傳來消息，北村村口也死了人，大理寺調查組便帶著書生一同去北村查案。
死者名為姜振，是刑部侍郎，他的頭上有被鈍器敲打的痕跡，應該是先被人打暈，然后捆住手腳，割開血管，失血過多而死，再被拋尸到河邊，死亡時間是半夜，死者穿著便服，看起來是匆忙出門的。薩摩在尸體身上發現了麻黃草，那是蘭若寺特有的植物，于是大家動身去寺里，竟然在地洞里真的發現了許多干尸！這些干尸死去已經近十年了。據紫蘇回憶，十年前蘭若寺起了一場大火，從此以后就一直傳聞鬧鬼。雙葉查看干尸，發現都是胡人，而且都是女人。姜振的老仆人說，主人昨晚睡下的時候，把所有下人都遣走了。另一位仆人說，自己看見姜振讀一張字條，神色擔憂，還放走了一只信鴿。
朝堂之上，李郅正在匯報姜振被害案，劉弘基提出愿協助大理寺共同查案，皇上欣然應允。劉弘基馬上就把人手駐扎在了蘭若寺，而且態度蠻橫。薩摩和紫蘇又在蘭若寺的河邊挖出了銅鏡和耳環。線索很亂，一切不知指向著什么真相。
第二天，薩寶府的康廣達也死了，死亡時間是昨夜，身上沒有傷痕，但頭在死后被砍了下來。尸體身上好像被蟲子咬過，下面有麻黃，一切又指向了蘭若寺。李郅很好奇，今天并不上朝，但死者卻穿了朝服，這是為什么呢？下人告訴李郅，康廣達有一個專門存放賄賂的秘密庫房，今天早上發現虛掩著，經過查看，發現珠寶沒有少，唯獨少了三幅陸探微的畫，那是康廣達的珍愛。
薩摩硬拉著寧采臣去看康廣達的尸體，寧采臣回來后就開始高燒。原來，薩摩在懷疑，寧采臣就是兇手，四娘便派人在書生房外守著。劉弘基沒有上早朝，李郅便來到蘭若寺拜訪。劉弘基見到李郅后，連馬都沒有下，薩摩注意到他的腿上滲出血跡，看來他不是因為驕傲，而是受了傷不能下馬。薩摩認為，無頭尸體雖然死在了康廣達的房間里，但一個官員必定養尊處優，怎么會被蟲子叮的滿身傷痕呢？所以，尸體不是康廣達，而那消失的畫，是康廣達自己偷偷拿走的。
可是，又有噩耗傳來，康廣達也和姜振一樣死在了河邊。紫蘇回憶前來，16年前，姜振和康廣達護送一隊胡姬，然而這隊胡姬半途逃亡了，薩摩正在冥思苦想，黃三炮突然告訴大家，寧采臣自首了。薩摩趕到大理寺，稱寧采臣并不是兇手。原來，兇手其實是一個從未露面的神秘女子——小倩，而寧采臣喜歡小倩，所以為她頂罪。
小倩走進大理寺，承認了一切罪責，她就是當年胡姬的后代，所以她殺人的目的就是為母報仇。當年，姜振、康廣達、劉弘基為了一己私欲，把胡姬偷藏了起來，轉移到蘭若寺，當蘭若寺發生火災時，三人并沒有施救，而是揚長而去，他們不知道，胡姬的后代小倩活了下來，一直蓄謀復仇。劉弘基這時闖入大殿，想拿下小倩，小倩飛身上去想刺死劉弘基，卻被侍衛亂箭射死，只剩寧采臣嚎啕大哭，而劉弘基后來則離開了長安。
李郅帶領大家意外發現了一處幽深的秦朝古墓，這古墓看起來從未被人開啟過，幾人便想走進去一探究竟，李郅帶頭在前面走，幾人來到一處別有洞天的地方，里面的棺材里赫然躺著一具懷胎的千年女尸，更令人毛骨悚然的是，這女尸腹中的嬰兒竟然在此時降生了！
從此之后，鬼魅附體在千年女尸身上的謠言就在長安城內傳開了，可公孫四娘不怕這些，她堅持收養了嬰兒，對嬰兒百般憐愛。黃三炮注視著嬰兒，覺得這孩子是在地下吸收精華，才得以活下來。雙葉認為這是絕對可能的事情，她決定向自己的師父求助。這時，刑部郎中蕭松遠派人來向李郅問好，據說這個蕭松遠很是神通廣大，曾經辦了幾個棘手的發冢案，還抓了一大批慣犯，這才得以在刑部高升。
李郅對這案子很頭疼，便拉上薩摩多羅一起幫忙。黃三炮來稟報，有人偷偷潛入過古墓，動了里面的東西，當務之急，是趕緊找到這個闖入者。經過一番調查，大家找到了潛入古墓盜取銅瓶的蕭海坤，他在銷贓時被捕，蕭海坤聲稱，其實在大理寺進入古墓之前，早已有人進去過，而且墓中真正有價值的東西早就被丁家人拿走了，因為他們家是摸金大戶，能夠打開古墓，又將古墓復原，只有他們能做到。
刑部郎中蕭松遠毛遂自薦，準備替李郅分憂，一起協助查案。于是，李郅欣然答應，讓蕭松遠提審蕭海坤。而當蕭海坤見到蕭松遠后，神色變得輕松，原來，他們兩人是叔侄關系。蕭海坤理直氣壯，他認為自己沒有錢可以度日，所以只能去盜墓討些生計，還讓侄子趕緊救自己出去，否則就把侄子和丁橈之間的秘密公布出去。蕭松遠很氣憤，自己的父親曾經立下過規矩，蕭家人不得再盜墓，這規矩是不能破壞的。
丁橈是丁家的新任掌門，是一個三十歲左右的女子，可是最近消失無蹤了。紫蘇查到，之前蕭家和丁家曾一同發冢，形影不離，直到有一次，丁家鬼迷心竅想私吞贓物，不惜出賣了蕭家，蕭家被抓了很多人，從此推出江湖，與丁家一刀兩斷。這時又傳來消息，昨晚丁宅起了大火，一家人非死即傷。
李郅故意放了蕭海坤，他前腳剛出監獄，就馬上來到蕭松遠家里，對其勒索，李郅偷偷躲在窗外，聽見了他們的談話，于是，李郅闖入房間內，蕭松遠坦白道，盜墓之事與自己毫無瓜葛，可七叔卻違背古訓去盜墓。
譚雙葉的師父驗尸解開千年女尸的謎團，有人在尸體上做了手腳，其實嬰兒出生前，這女尸才死了不到一個時辰。薩摩認為，真正殺丁橈的兇手，其實大家早已見過。大理寺準備上演一出裝鬼的好戲，引兇手出洞。原來，古墓里面的女尸就是丁橈，蕭松遠與她是一對戀人，但因為家族之間水火不容，二人的戀情被丁橈的大伯丁梁海阻撓，便把懷有身孕的丁橈關起來。丁橈好不容易逃出來，拉著蕭松遠進入古墓，只要把里面的玉璽交給丁梁海，他就不會再阻撓這段戀情。可是沒想到，當丁橈拿起玉璽后，就口吐鮮血，而墓門也將緩緩關上，丁橈死在里面，蕭松遠含淚離開，他為了報仇，一把火燒了丁家。
四娘的凡舍發生一樁可怕的命案，死者是一個男人，他的面皮被人殘忍揭去。禁軍前來督查，懷疑四娘開的店是黑店，這時，雙葉過來解了圍，李郅也前來尋找薩摩，稱三品大夫的獨女阿蘭失蹤了，需要趕快尋找，大家注意到，與失去臉皮的死者同居一室的女子竟也叫阿蘭，這真的會是巧合嗎？
阿蘭已經失蹤兩天了，她與大名鼎鼎的聞家公子聞勵定有親事，不料阿蘭卻在婚前失蹤。三品大夫平時為人耿直，懷疑女兒被綁架了，但無論如何，也總該有個動靜，而且阿蘭溫良賢淑，絕不會是招蜂引蝶的女子。薩摩要來了阿蘭的畫像，交給四娘仔細端詳，四娘認真辨認后，斷定當晚在自己店里入住的就是阿蘭。李郅認為，阿蘭很有可能為了逃避婚事，故意把未婚夫約出來，再蓄意謀殺。但是，一個出身名門的大小姐怎會下手如此狠辣呢？
李郅一行人拜訪聞家，聞夫人爾朱離是位金發碧眼的外邦人，他們看見聞家二公子聞涵在家中大發脾氣，隨后，大家又找到了聞勵，發現他活得好好的，并沒有死。聞勵還熱情邀請大家參加自己明日的婚禮。雙葉驗尸發現死者雙頰與頸部有麻藥殘留，說明兇手在動手前先用麻藥，然后冰敷，再下刀，刀法穩準狠，長安城內，幾乎沒有人能完成這種刀法。調查組意外得知，聞家二公子聞涵也喜歡阿蘭，而阿蘭似乎也對聞涵有情意。
大婚前夜，失蹤許久的阿蘭突然歸家，聞家與唐大夫家的婚禮照常舉行，可是，婚禮當天卻傳來聞家二公子聞涵的死訊，只見二公子的馬如同發瘋一般，拖著一個人在地上前行，那人的臉皮也被剝走了。薩摩認為，這不是聞涵，真正的聞涵，早已死在凡舍了，之前見到的聞涵二公子，不過是個假冒的罷了。
另一邊的新婚洞房里，聞勵溫柔地想要掀開阿蘭的頭紗，阿蘭給聞勵倒了茶，自己也喝了一杯，可是兩人都暈過去了，雙葉及時解救了他們，原來，婚禮上的阿蘭是奴婢綠桃假冒的。這場畫皮大戲的幕后元兇是聞夫人爾朱離。綠桃喜歡聞涵，可聞涵心里只有阿蘭，于是，爾朱離殺了阿蘭，再攛掇綠桃換成阿蘭的臉，約聞涵到凡舍一起私奔，可聞涵看出了破綻，綠桃失手殺了他，爾朱離設計剝下二公子的臉皮，找書童冒充二公子，之后又殺了書童。而爾朱離的動機，就是她和聞勵曾經有私情，不料聞勵卻移情別戀，愛上了阿蘭，爾朱離因愛生恨，痛下殺手。