信長打敗今川義元的桶狹間之戰已過去四年。在京都，三好長慶掌權，將軍足利義輝完全成了傀儡。義輝已失去干勁兒像變了一個人似的。在藤孝等人企劃下，光秀被叫到京都，陪義輝談話。為了讓將軍恢復權力，光秀約定會說服如今勢頭正健的信長上洛。另一方面，駒和東庵圍繞新藥的研制發生爭吵，從診所沖了出去。在和伊呂波太夫造訪大和時，駒遇到了正在布施窮人的僧侶覺慶。她很關心這個僧人。

光秀帶著將軍義輝的信前往信長處。但是，信長正陷于攻打美濃的苦戰中，說話的空兒都沒有。光秀轉而拜托藤吉郎，卻聽他說，京都流傳說三好長慶的兒子們計劃刺殺義輝。光秀得知在背后穿針引線的人是松永久秀后，備受打擊。很快，他去大和拜訪松永，詢問松永的真實意圖。松永表示：“義輝沒有當將軍的器量，如此下去世道無法太平，我們不準備殺他，而是打算流放他?！?/p>

三好、松永的兒子們發動政變，將軍義輝被害。圍繞突然空缺的將軍寶座，京都分裂成義輝之弟覺慶的擁立派與義榮的擁立派。三好要取覺慶的性合，松永、藤孝幫助覺應從大和脫身，并把他藏了起來。另一方面，光秀聽聞義輝的死訊，前往松永處，激烈地譴責暗殺義輝的行徑。松永把朝倉義景寫來的信拿給光秀看。信上說，如果覺慶有將軍之器量，那朝倉家就做好準備藏匿他，為了向光秀確認這一點，所以才寫了信。光秀對此并不感興趣，松永則問他是否真的愿意像這樣置身事外，在越前壓抑地活下去。