沃德他們因為無法打開加密文件而回到了神盾局的秘密基地，沃德說自己是被加勒特打成重傷但是還是沒有能阻止他逃跑，庫爾森一行人因為團結和信任相信了他。寒冰監獄被摧毀大范圍的逃犯逃走其中包含很多的精神病和超能力者，這對社會和民眾都是強大的威脅。
其中有個超能力罪犯叫做丹尼爾斯，這個人不僅具有強大的超能力，并且是個心理變態的人，殘忍心細是個極具危險的人。庫爾森他們想要離開基地去阻止這個人，可是基地管理者并不讓他們離開，除非他們能通過一項測謊儀，這個高端測謊儀包含96種精密測試。沃德心理很是擔心，于是他在自己的手指中插入一根極細的針，這根針可以讓他異常的疼痛，這樣就會干擾測謊儀，但是在測謊儀中還是顯示出了他的不太對勁，管理者拿出手槍逼問他，沃德說他回來是為了斯凱，不是他愛戀斯凱而是加勒特讓他帶斯凱回來，他給管理者造成了這樣的誤解逃脫一劫。
斯凱想要利用電腦黑客進去把衛星云圖掉入進來，可是一旦這樣做加特勒的位置也將會曝光，沃德痛下殺手把埃里克殺了藏了起來。斯凱之前無意識間發現埃里克在每個人的進出卡上安裝了追蹤儀器，斯凱就利用這個找到了被殺害的埃里克，斯凱震驚萬分，這時候在儀器中還看到了沃德往這個方向來，斯凱知道了原來沃德是內奸，但是斯凱知道現在不能輕舉妄動假裝沒事發生，但是沃德現在要把斯凱帶到加勒特那里去，斯凱只能跟隨。
丹尼爾斯的超能力被其他組織的人刻意放大，這對他造成了不小的傷害燒壞了他的腦袋，其中奧黛麗·內森是丹尼爾斯極度在意的人，庫爾森覺得找到這個女人就能找到丹尼爾斯。庫爾森千鈞一發救出了奧黛麗·內森，可是因為丹尼爾斯超能力很是強大他們無法對其進行追捕。菲茲建議說利用丹尼爾斯對奧黛麗的癡迷對她進行抓捕，本來庫爾森并不同意，因為奧黛麗對庫爾森有很深的的愛戀，庫爾森也不忍心傷害她，但是這也是沒有辦法的事情。丹尼爾斯終于出現，最后還是庫爾森出馬救出了奧黛麗，但是他卻沒有辦法解釋自己為什么死而復生，只能繼續隱瞞他的存在。
梅來找希爾特工，想讓她幫助庫爾森，當初富瑞局長也是受人指示，那么這幫人修改了庫爾森的記憶，她的擔心就很明確了，她還前去庫爾森的墓地找到了秘密文件但是機密等級十級她打不開文件。
庫爾森他們回到基地，所有的錄像都被清除，凱尼格消失不見，梅先離開基地，后來沃德和斯凱手拉手離開基地，庫爾森迷惑了，他懷疑內部有內鬼。西蒙斯發現了凱尼格尸體，經過尸檢，人確實是沃德殺死的，菲茲他們都無法相信沃德是內奸。因為斯凱和沃德手拉手離開基地，庫爾森也懷疑斯凱一直在演戲她也是內奸。庫爾森囑托菲茲盡快修復追蹤系統追尋他們的下落，他不明白為什么沃德回來了卻不是回來要他們的命，除非他們手上有什么東西，原來沃德回來是為了斯凱的，斯凱對機密文件加了密碼。托爾伯特上校來到基地找庫爾森，是希爾特工帶他們來的，要和他們做交易，希爾特工不知道沃德已經叛變，她知道以后決定彌補自己的過失打暈了上校和他們一起去救斯凱。
斯凱本來想要利用混亂逃離，可是沒想到邁克也來了親手抓住了她，斯凱很心痛他們一起經歷了那么多的事情，怎么能背叛我們，背叛我們的感情呢沃德保證他絕對不會傷害斯凱的，他是真的喜歡斯凱的。沃德的真心現在對于斯凱就是個笑話，斯凱怎么能夠在這個時候原諒他呢。
希爾的飛機拖延了沃德他們的飛機，庫爾森利用這個機會潛入了沃德的飛機，利用之前的騎車飛下了飛機上，成功救出了斯凱，沃德不要邁克傷害斯凱，可是邁克堅持要完成任務。神盾局已經解散，他們都好像是無家可歸的孩子一樣。
梅回來找庫爾森，把機密文件帶給他，打開文件原來塔希提實驗的庫爾森，出于良心的譴責他決定終止這個實驗，并且利用記憶移除的方法拯救那個復仇的人。
十五年前，在少管所加特勒把沃德從里面弄出來，鍛煉他考驗他，才造就的今天能力超凡的他，可是他唯一的弱點就是善良，那僅存的一點點善良。
死亡戰士在波哥大摧毀了和九頭蛇有關的毒梟，庫爾森分析他們這樣做的原因，很有可能是他們想要獲得資料讓他們能夠利用GH325來復活他和他的蜈蚣士兵們，而斯凱硬盤上的資料是至關重要的一部分。
庫爾森他們想利用斯凱編寫的程序入侵千里眼的系統中，他們把目標定在了賽博科技，只要他們能成功假扮混入奎恩公司那么他們就有找尋資料的機會。
庫爾森和梅成功進入公司，可是沒想到的是他們把資料都是弄成紙質資料，全組人互相配合成功潛入進去把一個巨大的箱子偷了出來。
他們發現原來加勒特是第一個死亡戰士試驗品，他找尋GH325的目標還是為了自己可以返老還童，而這時候的加勒特已經越來越控制不住自己身體的發作，他只有兩個月的生命，他所有的器官不斷衰竭。在加勒特生命岌岌可危的時候，瑞納給加勒特注射了最后一劑組成品，GH325但是沒有任何人能估計它的后果是什么，雖然加勒特暫時活了但是未來有很多不確定。
加勒特在生命受到威脅的時候給沃德下命令，讓他殺了菲茲和西蒙斯，他們堅信沃德還有良知還有善良，就像當初他放走了曾經陪伴他的狗一樣，沃德因為有令再身還是選擇打開機艙，讓菲茲他們躲藏的倉庫從飛機墜下，掉入海洋。