在澳大利亞，約翰·加勒特特工和安托萬(wàn)·特里普利特入住安全屋，加勒特懷疑千里眼在被拒名單里面，半機(jī)器人邁克闖入。漢德特工等一些高級(jí)特工進(jìn)入庫(kù)爾森的飛機(jī)，他們停留在北極的正上方開(kāi)始關(guān)于千里眼的秘密會(huì)議，北極光可以阻止信號(hào)的傳遞。因?yàn)榍Ю镅劭偸强焖麄円徊剑运麄儾坏靡岩扇∵M(jìn)一步的行動(dòng)，尤其是那些被神盾局拒之門外的超自然能力者。庫(kù)爾森正式任命斯凱為神盾局特工，斯凱激動(dòng)不已。在這一過(guò)程中，沃德也改變了很多，斯凱改變了沃德，沃德也在團(tuán)隊(duì)中有了全新的視角。西蒙斯還是在不停的研究斯凱的血液，怕gh-325會(huì)有什么副作用，庫(kù)爾森在保密著，可是梅卻給總部秘密匯報(bào)著什么，gh-325看來(lái)沒(méi)有那么簡(jiǎn)單。所有特工開(kāi)始投入到搜尋千里眼的過(guò)程中去，一個(gè)個(gè)調(diào)查一個(gè)個(gè)排除。
邁克找到布萊克和梅，并且把布萊克打成重傷，死亡戰(zhàn)士的威力不容小覷，打槍已經(jīng)毫無(wú)用處，并且死亡戰(zhàn)士還具有強(qiáng)大的火力。西蒙斯要進(jìn)入總部對(duì)死亡戰(zhàn)士進(jìn)行更深一步的調(diào)查，離開(kāi)飛機(jī)，也就意味著要離開(kāi)菲茲，臨別臨近，菲茲感覺(jué)他有點(diǎn)舍不得她了。在追蹤死亡戰(zhàn)士邁克時(shí)，斯凱發(fā)現(xiàn)邁克的半身以上都由機(jī)器構(gòu)成簡(jiǎn)直已經(jīng)算不上人類了。
庫(kù)爾森一行人找到了類似千里眼的人，一個(gè)癱瘓只能靠機(jī)器說(shuō)話的人，說(shuō)出了斯凱和庫(kù)爾森之間發(fā)生的事，庫(kù)爾森也是很迷惑，但是知道的是斯凱絕對(duì)不是普通人，就在所有人仔細(xì)聆聽(tīng)的時(shí)候，沃德突然開(kāi)槍射殺了千里眼，所有人都很是詫異不明白沃德為什么那么做。庫(kù)爾森對(duì)納什產(chǎn)生了懷疑，覺(jué)得納什可能并不是千里眼或者納什本事就是假的。庫(kù)爾森突然意識(shí)到，千里眼并不是讀心術(shù)怎么樣的，只是有安全限制所以才會(huì)知道部分內(nèi)容，千里眼就是神盾局里面的人。菲茲在調(diào)查過(guò)程中，發(fā)現(xiàn)飛機(jī)上有多余的加密線在駕駛艙，這說(shuō)明梅在秘密和某個(gè)人聯(lián)系著。梅的秘密通話被菲茲暴露了，她向菲茲開(kāi)槍，庫(kù)爾森和斯凱趕到梅對(duì)他們解釋不是他們想的那樣。漢德特工下令要把飛機(jī)上所有人干掉只留下庫(kù)爾森特工，難道漢德特工才是千里眼？
庫(kù)爾森拿槍直指梅讓她放下槍，梅趕緊解釋說(shuō)她的加密線絡(luò)是通向富瑞局長(zhǎng)，而菲茲也用了一根加密通話和西蒙斯通話，其實(shí)西蒙斯一直都在檢查血液想要弄清楚來(lái)龍去脈，庫(kù)爾森趕緊調(diào)查看看西蒙斯通話時(shí)旁邊都有誰(shuí)，如果是不能相信的人西蒙斯就有危險(xiǎn)了。
如今現(xiàn)在神盾局網(wǎng)各處都是噪音，同時(shí)這個(gè)時(shí)候加勒特在空中也受到無(wú)人機(jī)的攻擊，加勒特尋求庫(kù)爾森的幫助，庫(kù)爾森千鈞一發(fā)打下無(wú)人機(jī)救了加勒特，加勒特也進(jìn)入了神盾局飛機(jī)。這個(gè)時(shí)候大家都在懷疑漢德就是千里眼，神盾局飛機(jī)癱瘓的系統(tǒng)上突然出現(xiàn)HYDRA字樣，這是九頭蛇組織的代號(hào)，可以肯定的是這些消息都是從神盾局內(nèi)部泄露出來(lái)的。特里普和西蒙斯都還在總部，這個(gè)時(shí)候總部大部分已經(jīng)被九頭蛇組織的人所攻陷，庫(kù)爾森一行人想解決辦法并且也想救出西蒙斯他們，庫(kù)爾森放出梅給富瑞局長(zhǎng)打電話可是這時(shí)候得知富瑞局長(zhǎng)已死的消息。其實(shí)從當(dāng)初組建隊(duì)伍到現(xiàn)在梅做這一切都是為了庫(kù)爾森。九頭蛇的人全面攻占庫(kù)爾森飛機(jī)，庫(kù)爾森他們知道九頭蛇的人是想要飛機(jī)上的資料，庫(kù)爾森下令斯凱把數(shù)據(jù)拷到硬盤并清除飛機(jī)上所有的數(shù)據(jù)資料。漢德特工找到西蒙斯，告訴西蒙斯庫(kù)爾森才是九頭蛇的人，說(shuō)出了庫(kù)爾森隱瞞的種種，西蒙斯混亂了不知道究竟是漢德是九頭蛇的人還是庫(kù)爾森是九頭蛇的人。沃德殺了假的千里眼其實(shí)都是為了斯凱，他怕斯凱受傷，斯凱說(shuō)如果我們能逃出去就去喝一杯好好聊聊，感情早在他們不知不覺(jué)中萌發(fā)。加勒特勸說(shuō)庫(kù)爾森找到漢德立馬殺了她，說(shuō)多錯(cuò)多，庫(kù)爾森無(wú)意間發(fā)現(xiàn)漏洞知道了原來(lái)八級(jí)特工加勒特才是九頭蛇的人。多虧了斯凱制造的混亂他們反敗而勝成功逃脫，可是這次事件加勒特的事情讓所有人都震驚不已。沃德請(qǐng)求親手把這個(gè)罪犯關(guān)進(jìn)監(jiān)獄，漢德絲毫沒(méi)有懷疑，可是在飛機(jī)上沃德突然發(fā)難把包括漢德在內(nèi)的所有人無(wú)情槍殺。
沃德在飛機(jī)上射殺了漢德特工救走了加勒特，并且放出了蕾娜，原來(lái)加勒特就是千里眼，他不是有真正的超能力而是有神盾局的高級(jí)權(quán)限而已。表面上九頭蛇的高官開(kāi)始四處著手反擊，神盾局特工也要開(kāi)始整頓特工對(duì)抗九頭蛇組織，可是如今全世界的政府都在尋找神盾局特工，神盾軍特工越來(lái)越少，神盾局飛機(jī)受了重傷，盡管一直在進(jìn)行恢復(fù)但是情況很不樂(lè)觀，庫(kù)爾森要斯凱把所有資料全部刪除，從此之后就再也不會(huì)存在神盾局特工了，斯凱她們此時(shí)還不知道沃德是千里眼的人還在給沃德通話，加勒特警告沃德不要因?yàn)楦星榈氖露⒄`任務(wù)。
加勒特之所以把蕾娜救出來(lái)是因?yàn)樗肓撕芏噢k法都無(wú)法把偷來(lái)的外星藥物讓人起死回生，但是蕾娜有這方面的天賦，加勒特給了蕾娜無(wú)盡的資源讓她著手開(kāi)始研究。加勒特還趕到要關(guān)押他的寒冰監(jiān)獄，攻破監(jiān)獄，加勒特覺(jué)得會(huì)有意想不到的東西。蕾娜問(wèn)沃德真的對(duì)庫(kù)爾森他們一點(diǎn)感情都沒(méi)有嘛，即使他所有的一切都是加勒特給的，庫(kù)爾森的看中，斯凱的感情，梅的執(zhí)著難道沒(méi)有一個(gè)人能夠給我的心里留下些什么嘛。沃德和加勒特攻破寒冰監(jiān)獄，沃德想把從西蒙斯那里的數(shù)據(jù)打開(kāi)可是斯凱弄得機(jī)密讓他們無(wú)可奈何，只得派沃德繼續(xù)潛伏到庫(kù)爾森身邊。
富瑞讓梅上飛機(jī)是因?yàn)樗麘岩蓭?kù)爾森的腦里植入脈沖被九頭蛇控制著。庫(kù)爾森一行人來(lái)到冰天雪地之地尋找神盾基地，可是走了很久卻沒(méi)有發(fā)現(xiàn)任何生命跡象，這是富瑞在臨死之前發(fā)給庫(kù)爾森的，庫(kù)爾森他用所有的一切代價(jià)來(lái)到這里終于找到神盾基地，這是他們能夠起死回生的唯一機(jī)會(huì)。駐守基地的人秘密告訴庫(kù)爾森富瑞局長(zhǎng)還活著，這在現(xiàn)在是最高機(jī)密。