銅墻鐵壁的聯(lián)邦監(jiān)獄中，三個蜈蚣士兵從天而降，以無窮的力量瞬間不到兩分鐘的時間打敗了看守員們，把一個犯人愛迪生·波前將軍劫走了，成他為sir.
斯凱覺得謝恩探員可能是自己的親身母親，一直在很激動的查探著，看是誰把她放入的孤兒院可是庫爾森知道這件事背后的答案卻又不能多說些什么。
庫爾森特工小組接受了關(guān)于蜈蚣劫人的案子，并且從中了解到蜈蚣士兵由陳浩然的血清已經(jīng)解決了會爆炸的問題，也就是說現(xiàn)在的蜈蚣士兵已經(jīng)不會爆炸，蜈蚣實(shí)驗(yàn)室又重新開始。
庫爾森決定要盡快找到波和這些蜈蚣士兵以免犯罪進(jìn)一步擴(kuò)大，同時庫爾森也找來一個人回來幫忙，以彼之道還施彼身，這人就是皮特森。皮特森重新以不同的身份進(jìn)入神盾局飛機(jī)，想和大家一起合作解決這個案子，皮特森不明白他的能力會用到什么地方，庫爾森告訴他會用在適當(dāng)?shù)牡胤健Ｎ髅伤购头破潕椭ぬ厣瓬y量一些身體的狀況，不明白他之前是如何穩(wěn)定下來爆炸的，皮特森告訴他們是他們原來設(shè)計(jì)的槍打中了皮特森穩(wěn)定住了血清，從而救了他，但是西蒙斯和菲茲羞愧不已。西蒙斯和菲茲重新為皮特森設(shè)計(jì)了一套戰(zhàn)服，以助于他能更好的的發(fā)揮力量而投入戰(zhàn)斗，這時候庫爾森已經(jīng)查到關(guān)于蜈蚣實(shí)驗(yàn)室的具體位置開始行動。
斯凱感謝梅也幫她找尋失散多年的父母，順便斯凱把監(jiān)獄的探監(jiān)的錄像調(diào)出來，從而知道了這件案子和千里眼有關(guān)系。潑和瑞納來到蜈蚣實(shí)驗(yàn)室，想要制造更多的蜈蚣士兵，并且準(zhǔn)備開始正面迎擊神盾局。
在實(shí)驗(yàn)室中，蜈蚣士兵與神盾特工正面戰(zhàn)斗，皮特森受了很嚴(yán)重的傷但是同時也制服了一個蜈蚣士兵，但是主謀用電腦控制蜈蚣士兵的死亡開關(guān)而殺死了他。
就在蜈蚣士兵死亡前的錄像中，瑞納和波發(fā)現(xiàn)了沒注射營養(yǎng)劑卻還沒有死的皮特森，他們都認(rèn)為皮特森是他們通向第三階段的鑰匙。庫爾森問為什么自從上次聯(lián)合車站見兒子一面以后就再也沒見過，庫爾森鼓勵皮特森讓他有勇氣重新面對兒子。皮特森好不容易鼓足勇氣給兒子艾斯打電話，卻發(fā)現(xiàn)瑞納就在兒子旁邊并提出人質(zhì)交換。可就在人質(zhì)交換過程中，他們發(fā)現(xiàn)，瑞納的目標(biāo)并不是皮特森而是死過一次的庫爾森，皮特森很內(nèi)疚決定回頭救出庫爾森的時候，爆炸了，皮特森支離破碎。
庫爾森被瑞納綁架走以后36小時，庫爾森手下的特工小組開始展開全面的行動實(shí)行營救計(jì)劃，找到和蜈蚣組織相關(guān)的范查德，想借助他的信息而找回庫爾森，就在開會的時候，有人黑進(jìn)了神盾局的系統(tǒng)。斯凱提議說，資金流向是找到庫爾森的關(guān)鍵她想從范查德的資金賬戶追查到庫爾森的所在地。漢德特工認(rèn)為她違反規(guī)定要把她趕下飛機(jī)，咨詢梅，梅也說要趕下飛機(jī)讓其他人非常不理解。原來，梅認(rèn)為只有下了飛機(jī)斯凱才能發(fā)揮自己的長處不受限制的幫助他們找到庫爾森。
庫爾森做著美夢，想象自己還在大溪地的樣子，醒來后發(fā)現(xiàn)波在自己旁邊，波一直在用儀器強(qiáng)行進(jìn)入庫爾森的大腦想要探知當(dāng)初當(dāng)時庫爾森死亡時候所遇到的事情在這期間庫爾森飽受折磨。庫爾森還不容易逃出一次，卻發(fā)現(xiàn)這里是在沙漠的中央，一個迷你的小鎮(zhèn)，全部是假的玩偶。
斯凱由交通事故，車主信息，拉士滿先生等等，還假扮特工梅，好不容易通過調(diào)查范查德的資金找到蜈蚣組織藏身處。漢德特工責(zé)怪我的沃德沒有按規(guī)矩審問犯人，同時她也不明白為什么一個8級特工會會有如此大的影響力動用這么多的資源，沃德告訴她庫爾森就是這么的重要。
庫爾森一步步受著折磨，就在這個時候，千里眼打來電話讓瑞納接電話，原來千里眼要遠(yuǎn)程殺死波，瑞納全權(quán)接手波的一切工作。瑞納告訴庫爾森，要恢復(fù)他的深層次潛意識記憶，如果再次反抗他的腦子將會燒毀，告訴他神盾局一直再隱瞞他真相。瑞納不停的在旁邊這時已經(jīng)很受刺激的庫爾森，庫爾森終于點(diǎn)頭同意開啟儀器。
就在這儀器開啟以后，慢慢的，庫爾森死亡時痛苦的回憶一點(diǎn)點(diǎn)的回憶起來，很是痛苦不堪，就在崩潰的邊緣，救援小組終于趕到救下了庫爾森，但是庫爾森也知道了他死亡時候的細(xì)節(jié)。
在神盾學(xué)校的一個游泳池里，一個學(xué)生在旁邊用著電腦，三個學(xué)生為考試完成而在慶祝著。突然，從泳池一邊開始快速冰凍著，速度難以想象，兩個在水里的學(xué)生趕緊出來，但還是有個學(xué)生的腳被凍在里面，但幸虧玩電腦的唐尼急中生智用角落的棍子敲開冰面救出同學(xué)。神盾局特工小組開始就這一事件進(jìn)入學(xué)校展開調(diào)查，認(rèn)為是學(xué)校中的壞種子造成的。
庫爾森一種為記憶中的事耿耿于懷，因?yàn)樗洸黄饋砹耍挥浀盟魈釐u，只有痛苦的印象卻沒有記憶，梅勸說庫爾森放下。梅對庫爾森說她已經(jīng)找到當(dāng)年把斯凱放在孤兒院被槍殺的艾弗里特工的搭檔理查德·拉姆利，他已經(jīng)出現(xiàn)，梅梅和庫爾森決定找到他。在逮捕的后，理查德告訴庫爾森這件事情的經(jīng)過并且還說明了一些0-8-4和斯凱的關(guān)系，斯凱就跟死神般周圍的人一個個的都死了。
菲茲和西蒙斯在母校進(jìn)行演講，他們的成功使得他們深受學(xué)生們的歡迎。就在演講過程中，突然間，一個學(xué)生被冰凍起來，菲茲和西蒙斯成功找到解救學(xué)生的方法并且獲得熱烈的掌聲。被冰凍的學(xué)生唐尼是一個高智商的學(xué)生，但是由于他的性格和遇上的事情，讓沃德決定開始著手調(diào)查他。菲茲看著這個孤僻有性格的小伙子唐尼就想起來曾經(jīng)在學(xué)校的自己，在交談的過程中卻意外的幫助他找到了制造超級風(fēng)暴機(jī)器的能源方法。
原來，唐尼和賽斯是這次冰凍事件的主謀，他們想把這個裝置賣給幕后黑手奎恩，唐尼主攻技術(shù)，賽斯聯(lián)系買家，奎恩騙賽斯要在神盾局面前展示這個裝置的威力，唐尼因?yàn)榘踩珕栴}動搖，但是賽斯為了金錢很是堅(jiān)持。
裝置被啟動，它造成的結(jié)果是唐尼和賽斯難以想象的，在以學(xué)校為中心的地方形成了暴風(fēng)中心，他們創(chuàng)造了一個超級風(fēng)暴，唐尼想要收手，兩個人趕緊想辦法解除裝置，但是為時已晚，在這過程中賽斯被電死，唐尼被救走但是因?yàn)橘愃沟乃辣粌?nèi)疚纏身，唐尼被帶到沙盒監(jiān)視，意外具有了點(diǎn)物成冰的本事，而在科爾森與奎因的通話中，發(fā)現(xiàn)奎因也屬于千里眼的組織。