德川茂茂被人暗殺，真選組一眾出席他的葬禮。組長近藤在蕭條的真選組辦事處約見銀時，兩人對飲片刻，見回組的今井帶人押走了近藤，近藤臨走前將傳達給真選組組員的話托付給了銀時。松平和近藤被判以斬首之刑，真選組自此解散，真選組的時代宣告結束，土方等人成了無家可歸之人……

松平和近藤的處刑定在五日后，土方等人與銀時在微笑酒館借酒消愁，見回組的佐佐木和喜喜將軍突然出現，還諷刺真選組全是喪家犬。喜喜包下了整個酒館，接連挑釁土方，還濫殺無辜。就在土方準備出手時，銀時一拳揮向了喜喜。佐佐木準備逮捕銀時，假發男扮女裝來救場。

桂與近藤在監獄里重逢，曾經的死對頭現如今成了一起革命的戰友。真選組全員與攘夷志士聯手，打算里應外合救出二人，但總悟的一番話讓大家產生了新的想法。近藤不愿大家背上叛國的罪名，因此并不愿配合桂。陷入迷茫的土方打開真選組的大門，真選組全員早已集合在此，等待著土方的指揮。真選組完全復活，營救計劃開始。