小智一行人途徑朝氣蓬勃的古香水族館，在那里他們不光看見了來自各地的水系神奇寶貝，還看到了黃金的鯉魚王雕像。在海邊他們看到了正在垂釣的館長和鐵臂槍蝦，聽說了黃金鯉魚王的傳說后小智等人也加入了垂釣者的行列，而在一旁偷聽的火箭隊又開始了行動。在咚咚鼠遇到危險時，一向冷傲的鐵臂槍蝦伸出了援助之手。

前往遙香道館的小智等人遇到了三色堇小姐，而三色堇這次采訪的目的地——古香鎮化石研究所——引起了小智等人的興趣。來到化石研究所大冰庫的小智一行人遇到了喜歡親近人的冰雪龍與冰雪巨龍。然而，火箭隊趁眾人不備盜走了冰雪龍，暴露在常溫中的冰雪龍時刻存在著危險，小智等人和冰雪巨龍一起靠著極光的羈絆前往救援。

為了得到第二枚徽章，小智一行人終于到達了遙香市，迫不及待向查克洛先生提出道館戰的小智將要展現自己的特訓成果。登上絕壁的小智得到了查克洛的認可，特訓后的呱呱泡蛙用“巖石封閉”打敗了大巖蛇，但擁有卓越跳躍能力的寶寶暴龍卻打敗了小智的呱呱泡蛙和小箭雀，在這樣的情況下屬性不利的皮卡丘將迎接挑戰。