在神奇寶貝中心時，由于莉姆的大意，把裝著皮丘的背包和柚麗嘉裝著咚咚鼠的背包弄混了，看見柚麗嘉的皮丘嚇得使出絕招，莎莉娜保護了柚麗嘉，皮卡丘也用十萬伏特穩定了皮丘，之后小智等人在神奇寶貝中心問了皮丘主人的詳細情況決定一起去找。在路上，正在尋找莉姆的她的姐姐蕾娜與小智等人碰面了，皮丘跑到蕾娜的懷里，之后，大家一起找到了莉姆，原來莉姆是因為姐姐送自己的皮丘被自己弄丟的才溜走的。

正在前往下一個道館的所在地遙香市的小智一行人，遇到了神秘的少年忍者和呱頭蛙。面對擁有呱頭蛙小精靈的少年忍者三平，小智對三平提出了對戰的請求，于是小智的呱呱泡蛙對戰三平的呱頭蛙的比賽就此開始。對戰開始呱頭蛙就展現出了高超的忍術將呱呱泡蛙和小智成功壓制。面對忍術高超的呱頭蛙，被壓制的呱呱泡蛙最終反敗為勝。

來到古木鎮的小智一行人，一進入城門就聽到了一陣奇怪的噪音。在一番了解之后，小智等人得知原來是因為今年卡比獸未被喚醒而一直沉睡。為了喚醒時不時發出噪音的卡比獸，希特隆拿出了自己發明的叫醒器，結果卻對卡比獸一點用也沒有。于是為了喚醒沉睡的卡比獸，小智一行人只好尋找城主了解情況，最終成功喚醒卡比獸。