在戰(zhàn)斗訓練的小智一行，和受傷的三平相遇了。三平的任務(wù)是把卷軸送到館里在途中遇到了神秘的“假面忍者”的襲擊。小智一行和三平，一起向這個館護送卷軸為目標。然而假面忍者出現(xiàn)了進行戰(zhàn)斗。咦？小智的呱呱泡蛙發(fā)生了變化？

路過牧場的小智一行人和莎莉娜的薩琪相遇了。盡管薩琪想要把莎莉娜培養(yǎng)成一流的鐵甲犀牛騎手，莎莉娜卻決意傳達出的是想要成為“神奇寶貝表演家”的想法?？墒敲鎸Σ豢铣姓J自己夢想的媽媽，莎莉娜提出進行“如果咩咩羊比賽能取得勝利就希望媽媽能承認她的夢想”的比賽的方案。到底莎莉娜的想法有沒有傳達給媽媽呢？！關(guān)乎莎莉娜命運的咩咩羊比賽勝負去向究竟如何？！

小智一行人在旅行中遇見了之前在發(fā)電站的君莎小姐，后來，火箭隊和小智等人被烏賊王發(fā)現(xiàn)并被抓走。為了破壞烏賊王的最終計劃，希特隆和小次郎得到了當?shù)匦【`的幫助。但是，小次郎的豪喇花枝的樣子......