在去往映雪市的路上，柚麗嘉發現自己的包里藏著一只小小的綠色神奇寶貝。神奇寶貝圖鑒無法識別它，所以她將其取名小軟。不一會兒，一行人遇到了他們的朋友翔太和他的森林蜥蜴。這次重逢很快就被一群穿著紅色衣服，帶著奇怪眼睛的人們打斷了，他們想要染指柚麗嘉的新朋友！這些壞人是閃焰隊，小軟則是他們神秘的Z行動中不可或缺的一環。小智和翔太聯手趕走了他們，然而他們再度碰頭重新計劃，卻被火箭隊盯上了……翔太建議一行人在前往映雪市的路上從終端洞窟稍作停留，小軟格外同意這個計劃——所以小智一行人的下一站確定了！

小智一行人向法桐博士報告有關小軟的事，而火箭隊得知此事，決定去捕獲小軟。之后，他們在某處的草原休息。野生的胖胖哈力經過小智他們時，看見了正在梳毛的莎莉娜的伊布而一見鐘情。于是，它向伊布使用心形的藤鞭和滾動表示愛意。莎莉娜的頑皮熊貓和希特隆的哈力栗前來阻止胖胖哈力。失敗后，胖胖哈力決定以打敗莎莉娜的頑皮熊貓和希特隆的哈力栗來奪得伊布的心。胖胖哈力會成功嗎？

小智一行人在穿越森林的時候聽到了求助的聲音！他們發現了一位腿卡在了巖石裂隙之中的女子，成功救出了她。她向一行人展示了自己正在尋找的超進化石，并揭露了自己的真實身份，護士喬伊，并將一行人帶去與法桐博士在神奇寶貝中心相會。在神奇寶貝中心，喬伊和自己的助手差不多娃娃爭了起來！每個人都想要幫忙來讓二人和好，博士同時也指出羈絆是超進化的必要前提。二人一起努力治愈了一只受傷的幕下力士——在火箭隊襲擊之時，差不多娃娃超進化將火箭隊再次打飛，展現了她們強有力的羈絆！在見到小軟后，法桐博士表示自己也不了解它是什么，隨即決定回到自己的實驗室再做研究。一行人告別博士，再度朝向映雪市進發！