在莎莉娜的提議下大家一起去拜訪布拉塔諾博士，就在大伙開開心心吃馬卡龍時，火箭隊突然闖入并抓走了博士，在他們的威脅下博士交出了讓神奇寶貝超進化的資料，于是超級喵喵誕生！而此時的小智等人也在哈力栗的引導下趕來營救，豈料超級喵喵異常強大，就連哈力栗和皮卡丘一起作戰都難以攻破，就在這時，超級火焰雞再次現身！

小智、希特隆等人一起在竹林里享受午餐的時候，突然冒出了兩只頑皮熊貓，它們吃光了所有人的食物，這時，火箭隊出現并抓走了神奇寶貝們，可是卻因為起內訌引起爆炸使皮卡丘它們得以逃脫，在與小智會和之前，哈力栗將流氓熊貓最為重要的竹葉破壞，致使它一蹶不振，之后，大家在頑皮熊貓的帶領下找到了新的竹葉，沒想到火箭隊卻將流氓熊貓綁架。

旅行途中，小智等人撿到了被神奇寶貝賣家達茲掉落的粉蛹，當大家從君莎小姐那里得知達茲的丑惡行徑后，決定救出其他被抓的粉蛹，于是，大伙兒制定了偽裝大作戰計劃，他們將哈力栗裝扮成粉蝶蛹并依此為誘餌找到了達茲的藏身之地，然而，有所覺察的達茲卻將希特隆等人一網打盡，只剩小智一人與他進行戰斗，所幸在關鍵時刻粉蝶蛹進化成了碧粉蝶。