皇上聽宮女丁香說起吳太妃及祁鈺竟這般作踐允賢，氣憤不已，立即去安慰允賢，告知允賢吳太妃一心只想巴結太后，與汪國公結為親家，好借他們的勢力讓祁鈺成為新君，自己就可以當上皇太后。聽完皇上的解釋，允賢明白了吳太妃為何百般刁難于她，對她如此不滿，允賢也向皇上表明自己的原則和初衷，即無論如何也要沖破一切困難和束縛成為女醫。皇上想將允賢安頓在宮中，但眼下允賢既非宮女又非女官，況且允賢也向往在宮外與萬寧他們共同研習醫術，并可以為百姓治病的自由。但皇上仍覺得允賢現在有家不能回，孤身一個女兒家在宮外實在不妥，且與祁鈺的婚事也還懸而未決。況且宮內的太醫院也能為允賢精進醫術、成就醫學事業提供有力支持，于是特許允賢參加太醫院的考試。允賢欲拜太醫院的劉平安為師，劉平安雖對允賢頗為欣賞，但仍要求允賢通過太醫院的考試后方可拜他為師。
太醫院眾人聽說允賢身為女子竟要來報考太醫院十分抵觸，幾乎一致認為若是允賢一介女流之輩考上了太醫院有違醫道，對他們亦是一種侮辱。而劉平安身為太醫院院判，卻同意允賢來參加太醫院的考試，并以允賢曾經參與醫治霍亂以及治好太后眼疾為由力排眾議，且以皇上特許堵住了他們的嘴。劉平安還說，如果他們當真質疑杭允賢的才能，大可對五日后的入院考試嚴格把關，認真出考題，且將出題的任務交到了對允賢尤為抵觸的村霞身上。
太醫院的考試并非小兒科，不認真下一番功夫是難以過關的，允賢雖有真才實學但也還是為此頗為頭疼，于是皇上特地從宮外請來與允賢私交甚好的萬寧來為允賢做些指點，萬寧將考試形式及考試范圍都一一告訴允賢，并給允賢指出重點，幫助允賢復習備考。
允賢連日以來秉燭夜游專心備考。到了考試當日，村霞出的筆試題是讓允賢在一炷香之內答完六道書卷之題，允賢沉著作答，以一等成績過關。程十三又加試問答題為難允賢，允賢亦成功過關。到了實證考察，村霞先是在第二題找來不愿扎針動刀的老爺子讓允賢為其醫治膿瘡，允賢巧用銀釵刺破膿瘡為老爺子敷藥。第三道題，村霞又找來裸身太監來讓允賢為其扎針，且最后一針出在敏感部位，允賢實在難以下手施針，那么，允賢最后到底能否通過太醫院的考試呢？
程村霞出題惡意為難允賢，逼她在男子身體的隱秘部位扎針。允賢為了過這太醫院考試的最后一關，準備硬著頭皮扎針。見此情形，劉平安卻制止允賢施針，讓她放棄這最后一題，而當眾宣布收她為關門弟子。皇上封允賢為司藥女官掌管御藥房，并將御藥房遷到長壽殿讓允賢領著御藥房獨占一殿，允賢就此在宮內安下身來，并且可以跟著其師父劉平安潛心學習醫術。
錢皇后召見允賢，說允賢現在是宮中的紅人，叮囑她對后宮嬪妃多加提防，不要輕易為后宮嬪妃診病以免滋生事端。允賢則因宮中流傳她與皇上關系親近的傳言，對皇后立下重誓，說自己對皇上絕無半點不該有的心思，且杭家曾受過錢皇后父親的恩惠，在宮中皇后又對她多有照顧，自己無論是因為過去還是現在都對皇后心存感激。二人互相敞開心扉，就此以姐妹相稱。
小馬子偷偷告訴祁鈺，他聽到吳太妃與程十三說話中氣十足，不像是有病在身的樣子，祁鈺這才對允賢當日說母親裝病的事有所醒悟，祁鈺繼而向劉平安詢問究竟，劉平安暗示太妃當日確實身體無恙，祁鈺這才徹底明白過來自己委屈了允賢。
波羅洲的渤泥國王攜王妃來朝，但剛住進會同館就因水土不服雙雙病倒，腹瀉不止，太后命允賢三日之內治好王妃的病，否則就對允賢罷官免職且杖責一百，程村霞為了打壓允賢，自動請命醫治國王與允賢比試。渤泥王妃寧死也不愿服用外族的藥，允賢于是從禮拜寺買來酸酪漿給王妃吃下，王妃吃了這酸酪漿腹瀉竟真的就好了。程十三原是要布下這個局整允賢，借機將允賢趕出太醫院，可允賢竟成功用一碗酸酪漿先于程村霞醫治好了王妃，程十三當場被氣得臉都綠了。
程村霞因與允賢比試輸給了允賢，心里極度不平衡。祁鈺知道自己錯怪了允賢，來向允賢道歉，二人拋開嫌隙，重歸于好，皇上來找允賢欲給她贏過程村霞之事道喜，卻正好撞見了二人含情脈脈的一幕，轉身回宮。
權麗妃派人來請允賢去她宮中“說說話”，丁香則告訴允賢，皇上登基十多年既無皇子也無公主，平日后宮嬪妃都拿太醫院開的助孕藥當水一樣喝，眼下宮內來了允賢這樣一位“女神醫”，眾嬪妃都想讓允賢幫助她們早日懷上龍子。允賢去到權麗妃宮中，見小宮女被罰跪，問權麗妃何故，權麗妃說是因為宮女毛手毛腳打濕了她的飛云丹，得知權麗妃近來都用飛云丹美容，允賢用實驗演示了飛云丹的毒性，權麗妃看了大驚失色并請允賢為她診脈，允賢告知權麗妃其身體并無大礙，還給她另外開了美容養顏的方子，權麗妃甚為歡喜且對允賢信賴有加，允賢因此事更加成了后宮的紅人。一太醫就允賢奉命掌管御藥房卻大肆給后宮嬪妃診病搶了太醫院的“生意”向程十三告狀，程村霞聽到此事，竟提議上書參奏允賢，其師父劉平安聽到他如此言論，斥責他毫無同門情誼之余，還勸他試著與允賢好好相處。
吳太妃提議將允賢納為祁鈺的側妃，太后因允賢治好渤泥王妃的事對允賢頗為賞識，亦點頭同意。太后將欲讓允賢做祁鈺側妃的事告訴汪美麟，汪美麟因此同太后吵鬧，回到家更是哭鬧不止，其父汪國公發覺太后已經不會再幫他們，決定另尋他法——抓住允賢與皇上關系密切之事來做文章。
允賢給皇后做午膳，皇后請允賢勸皇上不要過分親信王振倚重東廠，并同允賢說起皇上與太后之間的“殺母”仇怨，將自己對此事的疑慮說出——皇上的生母據說不識字后來卻憑空被王振找出一封其留下的血書；且皇上的生母死時，皇上已經為孫貴妃即當今太后代為撫養一年多，太后若真想毒死她又為何等了這一年多才下手呢？說罷，允賢發現皇后平日胃口很小，立即給皇后把脈，診斷出皇后是因為脾虛而導致氣血不足，故而難以懷胎，于是給皇后換了藥方，還給皇后做了“暖宮湯”，好讓皇后調理好身子早日懷上龍嗣。
允賢得知宮中的宮女太監生病后都無處就醫，于是在長壽殿開門看診，一時之間御藥房門庭若市。小馬子來替祁鈺送信，聽到前來看病的小太監背后議論允賢并想占允賢便宜，將此事告知祁鈺，祁鈺聽后又急又氣，但知道允賢現下正在開門看診的熱頭上，只是暗中護允賢清白。
皇上來找允賢，說起二人相約每年一起看煙花之事，一時放松，將雙手搭在了允賢的肩上，這一幕卻不巧被祁鈺看到。