皇上聽宮女丁香說(shuō)起吳太妃及祁鈺竟這般作踐允賢，氣憤不已，立即去安慰允賢，告知允賢吳太妃一心只想巴結(jié)太后，與汪國(guó)公結(jié)為親家，好借他們的勢(shì)力讓祁鈺成為新君，自己就可以當(dāng)上皇太后。聽完皇上的解釋，允賢明白了吳太妃為何百般刁難于她，對(duì)她如此不滿，允賢也向皇上表明自己的原則和初衷，即無(wú)論如何也要沖破一切困難和束縛成為女醫(yī)。皇上想將允賢安頓在宮中，但眼下允賢既非宮女又非女官，況且允賢也向往在宮外與萬(wàn)寧他們共同研習(xí)醫(yī)術(shù)，并可以為百姓治病的自由。但皇上仍覺得允賢現(xiàn)在有家不能回，孤身一個(gè)女兒家在宮外實(shí)在不妥，且與祁鈺的婚事也還懸而未決。況且宮內(nèi)的太醫(yī)院也能為允賢精進(jìn)醫(yī)術(shù)、成就醫(yī)學(xué)事業(yè)提供有力支持，于是特許允賢參加太醫(yī)院的考試。允賢欲拜太醫(yī)院的劉平安為師，劉平安雖對(duì)允賢頗為欣賞，但仍要求允賢通過(guò)太醫(yī)院的考試后方可拜他為師。
太醫(yī)院眾人聽說(shuō)允賢身為女子竟要來(lái)報(bào)考太醫(yī)院十分抵觸，幾乎一致認(rèn)為若是允賢一介女流之輩考上了太醫(yī)院有違醫(yī)道，對(duì)他們亦是一種侮辱。而劉平安身為太醫(yī)院院判，卻同意允賢來(lái)參加太醫(yī)院的考試，并以允賢曾經(jīng)參與醫(yī)治霍亂以及治好太后眼疾為由力排眾議，且以皇上特許堵住了他們的嘴。劉平安還說(shuō)，如果他們當(dāng)真質(zhì)疑杭允賢的才能，大可對(duì)五日后的入院考試嚴(yán)格把關(guān)，認(rèn)真出考題，且將出題的任務(wù)交到了對(duì)允賢尤為抵觸的村霞身上。
太醫(yī)院的考試并非小兒科，不認(rèn)真下一番功夫是難以過(guò)關(guān)的，允賢雖有真才實(shí)學(xué)但也還是為此頗為頭疼，于是皇上特地從宮外請(qǐng)來(lái)與允賢私交甚好的萬(wàn)寧來(lái)為允賢做些指點(diǎn)，萬(wàn)寧將考試形式及考試范圍都一一告訴允賢，并給允賢指出重點(diǎn)，幫助允賢復(fù)習(xí)備考。
允賢連日以來(lái)秉燭夜游專心備考。到了考試當(dāng)日，村霞出的筆試題是讓允賢在一炷香之內(nèi)答完六道書卷之題，允賢沉著作答，以一等成績(jī)過(guò)關(guān)。程十三又加試問(wèn)答題為難允賢，允賢亦成功過(guò)關(guān)。到了實(shí)證考察，村霞先是在第二題找來(lái)不愿扎針動(dòng)刀的老爺子讓允賢為其醫(yī)治膿瘡，允賢巧用銀釵刺破膿瘡為老爺子敷藥。第三道題，村霞又找來(lái)裸身太監(jiān)來(lái)讓允賢為其扎針，且最后一針出在敏感部位，允賢實(shí)在難以下手施針，那么，允賢最后到底能否通過(guò)太醫(yī)院的考試呢？
程村霞出題惡意為難允賢，逼她在男子身體的隱秘部位扎針。允賢為了過(guò)這太醫(yī)院考試的最后一關(guān)，準(zhǔn)備硬著頭皮扎針。見此情形，劉平安卻制止允賢施針，讓她放棄這最后一題，而當(dāng)眾宣布收她為關(guān)門弟子。皇上封允賢為司藥女官掌管御藥房，并將御藥房遷到長(zhǎng)壽殿讓允賢領(lǐng)著御藥房獨(dú)占一殿，允賢就此在宮內(nèi)安下身來(lái)，并且可以跟著其師父劉平安潛心學(xué)習(xí)醫(yī)術(shù)。
錢皇后召見允賢，說(shuō)允賢現(xiàn)在是宮中的紅人，叮囑她對(duì)后宮嬪妃多加提防，不要輕易為后宮嬪妃診病以免滋生事端。允賢則因?qū)m中流傳她與皇上關(guān)系親近的傳言，對(duì)皇后立下重誓，說(shuō)自己對(duì)皇上絕無(wú)半點(diǎn)不該有的心思，且杭家曾受過(guò)錢皇后父親的恩惠，在宮中皇后又對(duì)她多有照顧，自己無(wú)論是因?yàn)檫^(guò)去還是現(xiàn)在都對(duì)皇后心存感激。二人互相敞開心扉，就此以姐妹相稱。
小馬子偷偷告訴祁鈺，他聽到吳太妃與程十三說(shuō)話中氣十足，不像是有病在身的樣子，祁鈺這才對(duì)允賢當(dāng)日說(shuō)母親裝病的事有所醒悟，祁鈺繼而向劉平安詢問(wèn)究竟，劉平安暗示太妃當(dāng)日確實(shí)身體無(wú)恙，祁鈺這才徹底明白過(guò)來(lái)自己委屈了允賢。
波羅洲的渤泥國(guó)王攜王妃來(lái)朝，但剛住進(jìn)會(huì)同館就因水土不服雙雙病倒，腹瀉不止，太后命允賢三日之內(nèi)治好王妃的病，否則就對(duì)允賢罷官免職且杖責(zé)一百，程村霞為了打壓允賢，自動(dòng)請(qǐng)命醫(yī)治國(guó)王與允賢比試。渤泥王妃寧死也不愿服用外族的藥，允賢于是從禮拜寺買來(lái)酸酪漿給王妃吃下，王妃吃了這酸酪漿腹瀉竟真的就好了。程十三原是要布下這個(gè)局整允賢，借機(jī)將允賢趕出太醫(yī)院，可允賢竟成功用一碗酸酪漿先于程村霞醫(yī)治好了王妃，程十三當(dāng)場(chǎng)被氣得臉都綠了。
程村霞因與允賢比試輸給了允賢，心里極度不平衡。祁鈺知道自己錯(cuò)怪了允賢，來(lái)向允賢道歉，二人拋開嫌隙，重歸于好，皇上來(lái)找允賢欲給她贏過(guò)程村霞之事道喜，卻正好撞見了二人含情脈脈的一幕，轉(zhuǎn)身回宮。
權(quán)麗妃派人來(lái)請(qǐng)?jiān)寿t去她宮中“說(shuō)說(shuō)話”，丁香則告訴允賢，皇上登基十多年既無(wú)皇子也無(wú)公主，平日后宮嬪妃都拿太醫(yī)院開的助孕藥當(dāng)水一樣喝，眼下宮內(nèi)來(lái)了允賢這樣一位“女神醫(yī)”，眾嬪妃都想讓允賢幫助她們?cè)缛諔焉淆堊印Ｔ寿t去到權(quán)麗妃宮中，見小宮女被罰跪，問(wèn)權(quán)麗妃何故，權(quán)麗妃說(shuō)是因?yàn)閷m女毛手毛腳打濕了她的飛云丹，得知權(quán)麗妃近來(lái)都用飛云丹美容，允賢用實(shí)驗(yàn)演示了飛云丹的毒性，權(quán)麗妃看了大驚失色并請(qǐng)?jiān)寿t為她診脈，允賢告知權(quán)麗妃其身體并無(wú)大礙，還給她另外開了美容養(yǎng)顏的方子，權(quán)麗妃甚為歡喜且對(duì)允賢信賴有加，允賢因此事更加成了后宮的紅人。一太醫(yī)就允賢奉命掌管御藥房卻大肆給后宮嬪妃診病搶了太醫(yī)院的“生意”向程十三告狀，程村霞聽到此事，竟提議上書參奏允賢，其師父劉平安聽到他如此言論，斥責(zé)他毫無(wú)同門情誼之余，還勸他試著與允賢好好相處。
吳太妃提議將允賢納為祁鈺的側(cè)妃，太后因允賢治好渤泥王妃的事對(duì)允賢頗為賞識(shí)，亦點(diǎn)頭同意。太后將欲讓允賢做祁鈺側(cè)妃的事告訴汪美麟，汪美麟因此同太后吵鬧，回到家更是哭鬧不止，其父汪國(guó)公發(fā)覺太后已經(jīng)不會(huì)再幫他們，決定另尋他法——抓住允賢與皇上關(guān)系密切之事來(lái)做文章。
允賢給皇后做午膳，皇后請(qǐng)?jiān)寿t勸皇上不要過(guò)分親信王振倚重東廠，并同允賢說(shuō)起皇上與太后之間的“殺母”仇怨，將自己對(duì)此事的疑慮說(shuō)出——皇上的生母據(jù)說(shuō)不識(shí)字后來(lái)卻憑空被王振找出一封其留下的血書；且皇上的生母死時(shí)，皇上已經(jīng)為孫貴妃即當(dāng)今太后代為撫養(yǎng)一年多，太后若真想毒死她又為何等了這一年多才下手呢？說(shuō)罷，允賢發(fā)現(xiàn)皇后平日胃口很小，立即給皇后把脈，診斷出皇后是因?yàn)槠⑻摱鴮?dǎo)致氣血不足，故而難以懷胎，于是給皇后換了藥方，還給皇后做了“暖宮湯”，好讓皇后調(diào)理好身子早日懷上龍嗣。
允賢得知宮中的宮女太監(jiān)生病后都無(wú)處就醫(yī)，于是在長(zhǎng)壽殿開門看診，一時(shí)之間御藥房門庭若市。小馬子來(lái)替祁鈺送信，聽到前來(lái)看病的小太監(jiān)背后議論允賢并想占允賢便宜，將此事告知祁鈺，祁鈺聽后又急又氣，但知道允賢現(xiàn)下正在開門看診的熱頭上，只是暗中護(hù)允賢清白。
皇上來(lái)找允賢，說(shuō)起二人相約每年一起看煙花之事，一時(shí)放松，將雙手搭在了允賢的肩上，這一幕卻不巧被祁鈺看到。