允賢跟隨王道士學醫，大有青出于藍而勝于藍的勢頭。允賢打聽得知奶奶及父親并沒有回老家，又聽王道士說祁鈺因她而一病不起。為了開解允賢，王道士說出了自己之所以出家為道，行走江湖的原因——他曾與一官家小姐相識相愛，但就在他們私定終身準備成親之時，該小姐的家人找到他并告訴他他的心上人即將嫁作他人婦，他以為自己遭到了愛人的背叛，一氣之下去親戚家散心，不久，竟聽說了心愛之人在成親當晚自盡而亡的消息，他因此而悔痛不已。允賢聽了師父以身說法，為了不讓自己的人生留下大憾，決定回京城尋找心愛之人——祁鈺。
太后大病后身子未大好，軍事大權回到皇上手中，皇上決定立即發兵征討安南。允賢回到京城，得知父親及奶奶已被義父于東洋接到府上照料，且義父已去河南上任巡撫，父親及奶奶亦隨同前往，而祁鈺則被皇上接到宮里居住。皇宮張出皇榜，欲尋民間圣手給太后治病，可一般民間郎中沒有推薦函又無法進入內宮。鄭國公家的小兒子患上了“厭食癥”，訪遍名醫仍不見好，允賢扮成道姑去國公府上為小公子治好了“相思病”，允賢不求重金，但求鄭國公為她寫“薦書”讓她進宮給太后治病，繼而尋找祁鈺。國公因允賢來歷不明有所遲疑，而來國公府上給小公子治病的太醫劉平安卻愿意為允賢作保，并與國公合力安排允賢以“醫婆”身份入宮為太后診病。
各位受薦進宮的民間圣手依次進仁壽宮給太后看診后，為如何加減調藥討論起來，允賢說出自己的見解，卻被眾男大夫調笑為女流之輩。大夫們將調好的藥呈給太后服用，太后因藥苦而大動肝火，下令將眾大夫都拖出去打二十大板后趕出宮去，允賢則說自己能做出不苦的藥。
為了讓太后相信自己的確能做出不苦的良藥，允賢先將一香包呈給太后，太后聞后覺得心曠神怡。允賢請命再次為太后看診，以求診斷確實。給太后診斷出病情，允賢說去熬藥，實際上卻是給太后做了幾道“藥膳”，太后吃了之后，覺得的確爽口舒心，于是心情大好，賞賜給允賢一袋金瓜子。允賢將太后賞賜的金瓜子贈給了宮女玉香及太后身邊的其他宮女，以謝玉香告知她郕王在宮中的住處——北五所。錢皇后亦欲賞賜允賢，允賢卻稱不要任何賞賜，而只想去北五所見郕王一面，玉香在旁邊咳嗽提醒，允賢欲言又止。皇后來給太后請安，又受到太后一頓訓斥，允賢以遞茶為由打斷太后訓斥，將太后的火氣轉移到自己身上，又“耍寶”化解了太后的怒氣。
太后眼疾發作，允賢假稱可以將太后眼上的疾病轉移到腳上，并讓太后蒙眼數日，同時勸太后放寬心不要過于操心朝政。幾日后，太后的眼疾固然除去，腳上也并無毛病。因允賢用“祝由之術”為太后醫好眼疾甚得太后歡心，太醫院沸然，程十三首先言語抨擊允賢，村霞及眾太醫亦附和，而劉平安則挺身為允賢辯白，勸眾太醫承認自己技不如人。錢皇后勸太后好好休養身子，不要過度操勞朝政，且以當年太皇太后壓制太后作比，勸太后看到皇上已經成年，放手朝政讓皇上諸事都能親力親為。太后聽了錢皇后的一番勸解加之一病想通了許多事情，決定與皇上重修母子情分，還政于皇上，退居后宮頤養天年，但仍與皇上“約法三章”。允賢拿著藥方去太醫院取藥，藥方上卻無端多了一味“朱砂”，犯了國諱，因而被御藥房的侯太監借故重罰。眼見允賢受罰，太后又去了青羊觀還愿，玉香急忙去找皇后幫忙，卻在路上撞見了皇上，皇上聽說了允賢的名姓，立馬去一看究竟，并與允賢相認將允賢救走。
皇上將允賢從御藥房救出，允賢這才知道原來自己之前交的那個好朋友“鄭齊”竟是當今皇上。皇后擔心皇上將允賢納入宮中，繼而壞了皇上與祁鈺的兄弟情分，自作主張派人將允賢還活著的消息通知祁鈺，祁鈺得知心愛之人歷劫生還，立即恢復了精神，健步如飛趕到殿上與允賢相見，二人久別重逢深情相擁，雨中互訴衷腸。皇上早知二人兩情相悅，于是召來祁鈺的母親吳太妃，打算給祁鈺賜婚，吳太妃以為皇上是要給祁鈺和安和君主汪美麟賜婚，喜出望外，連連答應，可見了允賢，吳太妃才明白過來原來皇上這是要給祁鈺和允賢賜婚，堅決拒絕，稱允賢曾上過公堂，有失清譽，且曾拋頭露面給男人診病，有違婦德，故寧愿抗旨也絕不讓允賢成為自己的兒媳。
吳太妃因賜婚的事情在殿上暈倒，允賢當即為吳太妃把脈發現太妃的身子并無大礙根本就是假裝暈倒，但允賢并未戳破吳太妃的把戲。吳太妃回到住所，太醫劉平安為其診病亦覺得吳太妃身子并無什么毛病，可就在這時，太后卻帶著程十三來給吳太妃看病，吳太妃給程十三使眼色，程十三則支開眾人借診病之名，行給太妃出主意之實。太后斥責祁鈺“見色忘孝，是為大恥”，祁鈺因此而心生愧疚。祁鈺聽了太妃的貼身太監的建議，想讓允賢改名換姓，以此掩飾允賢真實身份，改名換姓原是恥辱之事，可允賢為了不讓祁鈺為難，勉強答應，祁鈺也向允賢保證以后再不會讓允賢受一點委屈。允賢求見皇上，雖說了自己或將改名換姓的事情，卻并非要為自己叫屈，而是借此說出杭家多年前的那樁舊案，并請求皇上徹查此事，找出真兇，為杭家平反冤情，恢復她譚家舊姓。
祁鈺帶允賢正式拜見母親，吳太妃表面答應重新看待允賢，見了允賢卻又對允賢橫加侮辱，說她清白有辱，不守婦德，還禁止允賢以后再研習醫術，行醫治病，允賢滿腹委屈，忍無可忍，說太妃若是看不慣她習醫行醫，她也不會勉強嫁入郕王府，說完轉身離去。祁鈺埋怨允賢在母親面前態度強硬，還表明雖同意允賢繼續研習醫術，但不愿意允賢以后再出去給人治病，允賢質問祁鈺是否忘了當初在繡樓對她說過的話，許下的承諾——支持她的醫學夢想。