祁鈺為了與皇上取得聯(lián)系，生出妙計——讓汪美麟代他宮絳傳信。允賢因為羅大娘慘死的事茶飯不思，終日將自己關(guān)在房間念經(jīng)祈禱。皇上再次出宮希望見允賢一面，又從紫蘇口中得知允賢因羅大娘慘死的事悲傷不已，因而為允賢打抱不平并大罵徐侍郎，紫蘇聯(lián)想到上次就是這位“鄭公子”請動王振為允賢公堂之上說情，問鄭齊是不是看上了她家小姐，鄭齊雖嘲笑紫蘇自作多情，卻又不禁反問自己是否真的喜歡那個“臭丫頭”。
皇上得信后派人救出祁鈺，祁鈺不解為何上次他回京之時，皇上與太后尚且母慈子孝，如今卻勢同水火，皇上遂向祁鈺道出，孫太后曾經(jīng)為了奪子繼而當(dāng)上皇后不惜下毒害死了他的生母的真相，但皇上念及太后對他的養(yǎng)育之恩，原本打算息事寧人，等親政后放她入冷宮養(yǎng)老，可如今太后竟欲奪權(quán)篡位，皇上再也無法視若無睹。撇開煩心事，皇上轉(zhuǎn)而想到祁鈺讓汪美麟代他“宮絳傳信”的事，誤以為祁鈺對汪美麟有情義，祁鈺急忙否認(rèn)，情急之下道出自己早有心上人。皇上追問祁鈺的心上人是哪家“美女”，還要為祁鈺做主促成姻緣，皇上怎么也不會想到，祁鈺的心上人正是他口中那個總是愛多管閑事的“臭丫頭”。
祁鈺再次勸諫太后放棄扶立新君的念頭，說此等奪權(quán)篡位的事終是難逃百姓史官的悠悠之口，也請?zhí)竽罴盎噬系囊黄⑿模J(rèn)清王振等J人的挑撥，太后亦決定重新考慮此事。
靜慈師太寫信到杭家請允賢到永慶庵做客，可為何靜慈師太的一封信就能讓杭綱放女兒出家門呢？允賢只知靜慈師太與皇室大有淵源，父親當(dāng)是對師太心存敬畏。而靜慈師太之所以請允賢前來，是想讓允賢為庵中收留的難民們治病，可此時的允賢還未能走出自己“治死過人”以及間接牽連羅大娘慘死的陰影，崩潰痛哭。就在這時，鄭齊又出現(xiàn)在永慶庵，對允賢一頓當(dāng)頭棒喝，才讓允賢打開心結(jié)，重拾信心，為庵內(nèi)難民醫(yī)治傷病。次日，允賢為了此事向鄭齊當(dāng)面道謝，二人談及朝政，允賢暗指當(dāng)今皇上昏庸，鄭齊遂將女子行醫(yī)治病貶作青樓女子亦嫌棄的職業(yè)，一對冤家又不歡而散。
鄭齊知道自己口不擇言得罪了允賢，又不知道該怎樣向允賢賠禮道歉，于是托靜慈師太將一套銀針轉(zhuǎn)交給允賢，允賢便可拿這套銀針給病人針灸，這樣或許能讓允賢心里舒暢些。允賢聽靜慈師太說起鄭齊自幼失去生母，且其母是一個同允賢一樣懂得許多醫(yī)術(shù)的女子，因此鄭齊對允賢格外有一種親近感，允賢頓時覺得她與鄭齊都自幼喪母也算同病相憐。為了給鄭齊回禮，允賢親自做了桂花蜜送給鄭齊，鄭齊（皇上）將桂花蜜收在柜子里，命任何人不得擅動。
黃河發(fā)大水，二十四縣受災(zāi)，災(zāi)情嚴(yán)重。因為發(fā)大水而流離失所的災(zāi)民來到永慶庵請求靜慈師太收留，靜慈師太將他們收留庵中，卻發(fā)現(xiàn)一部分災(zāi)民身體不適，允賢見他們的病癥多為眼窩深陷，腹瀉嘔吐，穢物還如同水一樣，初步診斷這些災(zāi)民是感染了霍亂。霍亂是大疫，靜慈師太將情況傳遞給有關(guān)部門希望疫情能夠得到有效的控制和應(yīng)對。太醫(yī)院亦快速判斷出流民中霍亂病癥橫行，并果斷將大量流民集中到太醫(yī)院進行診治。京城百姓得知城中流民感染霍亂，都到藥鋪瘋搶治瀉肚子的藥材。順天府的人為了片面安撫城中百姓，竟下令關(guān)城門，阻止流民進入城中避難，允賢義父于東洋極力阻撓，但亦無濟于事，關(guān)鍵時刻，皇上趕到現(xiàn)場，當(dāng)眾殺死濫殺百姓的官兵，下令開城門迎接百姓，并命于東洋統(tǒng)籌治理黃河水災(zāi)。
惠民藥局的人到永慶庵幫忙，萬寧見允賢給病人治病的法子有違尋常醫(yī)理，遂與允賢辯論，辯論之余，萬寧認(rèn)出紫蘇曾將他帶到公堂之上使他遭受非議，而允賢雖然已做男兒打扮，亦驚懼萬寧識出自己，幸好靜慈師太及時出面打斷二人的談話，但事情并沒有就此結(jié)束。
朝堂之上，幾個小官“供認(rèn)”黃河毀堤之事確是受太后指使，太后反駁，說皇上讓幾個雞毛小官誣陷于她，于是皇上命人將范弘——這個太后最倚重的太監(jiān)帶上殿來，并將范弘認(rèn)罪畫押的供紙放到太后面前，太后無可辯駁，但范弘大喊自己是屈打成招，后氣絕，死前喊冤，百官也心存疑慮，但仍有眾多官員支持皇上。皇上通過“毀堤事件”幾乎扳倒太后，拿回玉璽，到永慶庵向靜慈師太“報喜”，并帶來大量醫(yī)治霍亂的藥材，但靜慈師太一眼就看出皇上此行還另有心思。鄭齊正與允賢說著話，小廝前來報告其夫人得知他前往重疫區(qū)，十分擔(dān)心，催他回去，允賢因此知道鄭齊已經(jīng)成婚。
萬寧對允賢懷有偏見，故意道出允賢的女子身份，災(zāi)民因此而誤解允賢，不但不感激允賢的救命之恩，反而將她指作醫(yī)婆，大加唾棄，不愿再讓允賢醫(yī)治，允賢百口莫辯。而這時來路不明的“朝鮮商人”（瓦剌人）卻愿意讓允賢醫(yī)治，但惠民藥局的人卻針對允賢，不肯讓允賢抓藥，無奈之下，允賢就地取材制成偏方，竟真的治好了那個“朝鮮商人”。災(zāi)民知悉此事，又一窩蜂地去請允賢為他們診病，允賢面對大起大落，不驕不躁，說惠民藥局的大夫醫(yī)術(shù)高明，也一定能治好大家的病，于是一半災(zāi)民又自動分流到惠民藥局的大夫們那邊去，這些大夫們也因此對允賢有所改觀。允賢煎藥時扇子著了火，差點燒到自己，萬寧及時提醒允賢當(dāng)心，并為自己曾經(jīng)誤解針對允賢道歉，還虛心向允賢討教治病“偏方”，二人自此化干戈為玉帛。
祁鈺受皇上詔令運送糧食進京賑災(zāi)，并臨時調(diào)整計劃率先送糧食到永慶庵救急。聽說永慶庵外有一位公子正在分發(fā)糧食，紫蘇和允賢以為是鄭齊又來輸送物資，遂跑去看看熱鬧，到了之后，才發(fā)現(xiàn)原來這次來的是朱公子朱祁鈺，祁鈺見允賢戴著他送的珠花，心內(nèi)歡喜。祁鈺與允賢約定再見，并將自己的隨身香包贈送給允賢。面對祁鈺和鄭齊兩個人分別贈送的香包，允賢將鄭齊送的香包收進了柜子，而將祁鈺的香包拿在手中，少女情懷悸動著。