祁鈺為了與皇上取得聯系，生出妙計——讓汪美麟代他宮絳傳信。允賢因為羅大娘慘死的事茶飯不思，終日將自己關在房間念經祈禱。皇上再次出宮希望見允賢一面，又從紫蘇口中得知允賢因羅大娘慘死的事悲傷不已，因而為允賢打抱不平并大罵徐侍郎，紫蘇聯想到上次就是這位“鄭公子”請動王振為允賢公堂之上說情，問鄭齊是不是看上了她家小姐，鄭齊雖嘲笑紫蘇自作多情，卻又不禁反問自己是否真的喜歡那個“臭丫頭”。
皇上得信后派人救出祁鈺，祁鈺不解為何上次他回京之時，皇上與太后尚且母慈子孝，如今卻勢同水火，皇上遂向祁鈺道出，孫太后曾經為了奪子繼而當上皇后不惜下毒害死了他的生母的真相，但皇上念及太后對他的養育之恩，原本打算息事寧人，等親政后放她入冷宮養老，可如今太后竟欲奪權篡位，皇上再也無法視若無睹。撇開煩心事，皇上轉而想到祁鈺讓汪美麟代他“宮絳傳信”的事，誤以為祁鈺對汪美麟有情義，祁鈺急忙否認，情急之下道出自己早有心上人。皇上追問祁鈺的心上人是哪家“美女”，還要為祁鈺做主促成姻緣，皇上怎么也不會想到，祁鈺的心上人正是他口中那個總是愛多管閑事的“臭丫頭”。
祁鈺再次勸諫太后放棄扶立新君的念頭，說此等奪權篡位的事終是難逃百姓史官的悠悠之口，也請太后念及皇上的一片孝心，認清王振等J人的挑撥，太后亦決定重新考慮此事。
靜慈師太寫信到杭家請允賢到永慶庵做客，可為何靜慈師太的一封信就能讓杭綱放女兒出家門呢？允賢只知靜慈師太與皇室大有淵源，父親當是對師太心存敬畏。而靜慈師太之所以請允賢前來，是想讓允賢為庵中收留的難民們治病，可此時的允賢還未能走出自己“治死過人”以及間接牽連羅大娘慘死的陰影，崩潰痛哭。就在這時，鄭齊又出現在永慶庵，對允賢一頓當頭棒喝，才讓允賢打開心結，重拾信心，為庵內難民醫治傷病。次日，允賢為了此事向鄭齊當面道謝，二人談及朝政，允賢暗指當今皇上昏庸，鄭齊遂將女子行醫治病貶作青樓女子亦嫌棄的職業，一對冤家又不歡而散。
鄭齊知道自己口不擇言得罪了允賢，又不知道該怎樣向允賢賠禮道歉，于是托靜慈師太將一套銀針轉交給允賢，允賢便可拿這套銀針給病人針灸，這樣或許能讓允賢心里舒暢些。允賢聽靜慈師太說起鄭齊自幼失去生母，且其母是一個同允賢一樣懂得許多醫術的女子，因此鄭齊對允賢格外有一種親近感，允賢頓時覺得她與鄭齊都自幼喪母也算同病相憐。為了給鄭齊回禮，允賢親自做了桂花蜜送給鄭齊，鄭齊（皇上）將桂花蜜收在柜子里，命任何人不得擅動。
黃河發大水，二十四縣受災，災情嚴重。因為發大水而流離失所的災民來到永慶庵請求靜慈師太收留，靜慈師太將他們收留庵中，卻發現一部分災民身體不適，允賢見他們的病癥多為眼窩深陷，腹瀉嘔吐，穢物還如同水一樣，初步診斷這些災民是感染了霍亂。霍亂是大疫，靜慈師太將情況傳遞給有關部門希望疫情能夠得到有效的控制和應對。太醫院亦快速判斷出流民中霍亂病癥橫行，并果斷將大量流民集中到太醫院進行診治。京城百姓得知城中流民感染霍亂，都到藥鋪瘋搶治瀉肚子的藥材。順天府的人為了片面安撫城中百姓，竟下令關城門，阻止流民進入城中避難，允賢義父于東洋極力阻撓，但亦無濟于事，關鍵時刻，皇上趕到現場，當眾殺死濫殺百姓的官兵，下令開城門迎接百姓，并命于東洋統籌治理黃河水災。
惠民藥局的人到永慶庵幫忙，萬寧見允賢給病人治病的法子有違尋常醫理，遂與允賢辯論，辯論之余，萬寧認出紫蘇曾將他帶到公堂之上使他遭受非議，而允賢雖然已做男兒打扮，亦驚懼萬寧識出自己，幸好靜慈師太及時出面打斷二人的談話，但事情并沒有就此結束。
朝堂之上，幾個小官“供認”黃河毀堤之事確是受太后指使，太后反駁，說皇上讓幾個雞毛小官誣陷于她，于是皇上命人將范弘——這個太后最倚重的太監帶上殿來，并將范弘認罪畫押的供紙放到太后面前，太后無可辯駁，但范弘大喊自己是屈打成招，后氣絕，死前喊冤，百官也心存疑慮，但仍有眾多官員支持皇上。皇上通過“毀堤事件”幾乎扳倒太后，拿回玉璽，到永慶庵向靜慈師太“報喜”，并帶來大量醫治霍亂的藥材，但靜慈師太一眼就看出皇上此行還另有心思。鄭齊正與允賢說著話，小廝前來報告其夫人得知他前往重疫區，十分擔心，催他回去，允賢因此知道鄭齊已經成婚。
萬寧對允賢懷有偏見，故意道出允賢的女子身份，災民因此而誤解允賢，不但不感激允賢的救命之恩，反而將她指作醫婆，大加唾棄，不愿再讓允賢醫治，允賢百口莫辯。而這時來路不明的“朝鮮商人”（瓦剌人）卻愿意讓允賢醫治，但惠民藥局的人卻針對允賢，不肯讓允賢抓藥，無奈之下，允賢就地取材制成偏方，竟真的治好了那個“朝鮮商人”。災民知悉此事，又一窩蜂地去請允賢為他們診病，允賢面對大起大落，不驕不躁，說惠民藥局的大夫醫術高明，也一定能治好大家的病，于是一半災民又自動分流到惠民藥局的大夫們那邊去，這些大夫們也因此對允賢有所改觀。允賢煎藥時扇子著了火，差點燒到自己，萬寧及時提醒允賢當心，并為自己曾經誤解針對允賢道歉，還虛心向允賢討教治病“偏方”，二人自此化干戈為玉帛。
祁鈺受皇上詔令運送糧食進京賑災，并臨時調整計劃率先送糧食到永慶庵救急。聽說永慶庵外有一位公子正在分發糧食，紫蘇和允賢以為是鄭齊又來輸送物資，遂跑去看看熱鬧，到了之后，才發現原來這次來的是朱公子朱祁鈺，祁鈺見允賢戴著他送的珠花，心內歡喜。祁鈺與允賢約定再見，并將自己的隨身香包贈送給允賢。面對祁鈺和鄭齊兩個人分別贈送的香包，允賢將鄭齊送的香包收進了柜子，而將祁鈺的香包拿在手中，少女情懷悸動著。