一股來歷不明的勢力阻止機器洞察一件即將發生的災難事件的全貌,機器同時吐出五個不同的號碼,Finch的團隊只能自行調查相關線索并解開這個謎團。與此同時,Root的黑客團隊抵達紐約。
邪惡的人工智能項目“Samaritan”即將上線運行,Finch和他的團隊會成為它的首批目標,這迫使他們采取一切可能的行動來阻止這件事情的發生。與此同時,他們與反監控“恐怖”組織Vigilante長達數月的戰爭有了一個令人震驚的結局。