杜仲肯定光緒死於砒霜，各人提出殺光緒的可疑人，當(dāng)中載灃曾被光緒揭穿對(duì)君主立憲陽奉陰違，而玉貴則是推珍妃下井的真兇。玉貴所作所為令光緒怒不可遏，到頤和園對(duì)他拳打腳踢，弄致頭破血流，幸得慈禧制止。光緒更認(rèn)為是慈禧命玉貴殺害珍妃，激動(dòng)之下吐血暈倒。載灃除了故意供出玉貴殺害珍妃外，更曾在光緒病后與小林子一同帶藥給光緒服食。杜仲覺得玉貴和載灃均有可疑，決兵分兩路調(diào)查。
載灃連英藏有砒霜
隆裕、瑾妃在御花園陪伴溥儀玩耍，瑜貴妃帶來糕點(diǎn)討好溥儀，瑜貴妃得意地向皇后和瑾妃炫耀她與載灃感情深厚，并於溥儀登基后扶助他兩父子。載灃聽到瑜貴妃這番說話后甚為不滿，約見瑜貴妃表明與她劃清界線，話未說完便給她掌摑，二人恩情煙消云散。
涴佳等人質(zhì)問玉貴毒害光緒一事，玉貴斷言否認(rèn)，但他透露曾偷聽到慈禧吩咐連英下毒，懷疑是連英所為。涴佳轉(zhuǎn)變追查目標(biāo)，果然見連英鬼祟地將砒霜埋入泥土。杜仲與伏苓追查載灃，房外的幼蘭聽到光緒被毒殺，心中惶恐，因?yàn)樗l(fā)現(xiàn)載灃藏有老鼠藥，她更在房中找到一小布袋，袋中確有毒藥。
載灃世凱涉嫌殺光緒
載灃向幼蘭承認(rèn)袋中確是砒霜，為免瓜田李下，才將砒霜收起，幼蘭明白事態(tài)嚴(yán)重，答應(yīng)絕口不提。連英被葛根打暈后送到光緒寢宮里，醒來時(shí)見光緒身影閃過，并揚(yáng)言要連英填命，連英嚇得連忙解釋砒霜是用來毒殺慈禧愛犬，他反指光緒身邊兩個(gè)太監(jiān)嫌疑最大，其中小林子好賭成性，可能被收買殺害光緒。
小蔡子謂小林子失蹤前突然還清欠債，銀票是來自世凱。杜仲追問世凱，他只坦言小林子曾向他借錢。世凱到樹林找出小林子尸體，正想搜身時(shí)，杜仲追蹤而至，世凱悻悻然離開。杜仲檢查尸體時(shí)，伏苓發(fā)現(xiàn)小林子手中握著鼻煙壺，葛根認(rèn)出是載灃的物件。
光緒死在伏苓懷中
載灃否認(rèn)殺死小林子，但直認(rèn)曾收買小林子提供光緒消息，認(rèn)為是世凱刻意誣陷。涴佳發(fā)現(xiàn)幼蘭手指潰爛，杜仲懷疑幼蘭手指中砒霜毒，伏苓欲調(diào)查幼蘭，杜仲反質(zhì)問她為何插贓嫁媧載灃。原來他第一眼見小林子尸體時(shí)，其手上并無鼻煙壺，直至世凱離開后，小林子才手握鼻煙壺。杜仲直指伏苓有意離間載灃和世凱，更掩飾殺害光緒的真兇。伏苓否認(rèn)，指她潛入寢宮時(shí)光緒已毒發(fā)倒在地上，還誤會(huì)她是珍妃，在她懷中死去。她將光緒安放床上便離去，卻想不到慈禧命杜仲追查光緒死因……
杜仲用銀針為光緒驗(yàn)尸，證實(shí)光緒死於砒霜中毒，同時(shí)發(fā)現(xiàn)光緒左手手指潰爛，認(rèn)定他曾接觸過砒霜，而其右手卻沾有墨跡。杜仲回想起他返回瀛臺(tái)了解光緒駕崩之事，除發(fā)現(xiàn)光緒口中有異味，書枱上還有毛筆和墨硯，而且墨汁仍未乾涸，故肯定光緒死前曾寫下遺書。載灃提醒杜仲只有一天時(shí)間查出死因，否則人頭不保，伏苓知道后心感不安。杜仲返回寢宮，猜想光緒死前一刻曾做過的事。
伏苓交出光緒遺書
慈禧向外公布光緒因病駕崩，伏苓勸杜仲勿介懷他的死因。杜仲不認(rèn)同，并要為光緒伸冤。伏苓走到密室撬開一塊磚頭，取出光緒的遺書，原來當(dāng)日伏苓安置好光緒遺體后發(fā)現(xiàn)遺書，便將它收藏起來。她一方面想將遺書交給杜仲以救他一命，同時(shí)又怕此舉出賣組織，內(nèi)心矛盾。
杜仲如實(shí)告知慈禧光緒是服毒自盡，又感慨皇帝是被身邊的人活活逼死。慈禧不相信更反斥責(zé)光緒，杜仲從衣袖里取出光緒遺書。原來杜仲入宮面見慈禧時(shí)伏苓把遺書交給他，伏苓希望慈禧對(duì)杜仲網(wǎng)開一面。慈禧讀畢遺書后，傷心欲絕。
杜仲伏苓各奔前程
伏苓安排葛根接蓮子和百合到渡頭，又催促杜仲離開紫禁城，因?yàn)槎胖僦莱⑻嗝孛埽d灃絕不會(huì)放過他。杜仲離開前仍關(guān)心伏苓，伏苓卻要留下繼續(xù)革命事業(yè)，杜仲依依不捨離開。慈禧亦於光緒宣布駕崩后翌日歸天，溥儀登基，載灃得償所愿成為攝政王。
清朝積弱，載灃無力挽救，他原打算與世凱聯(lián)手對(duì)付革命黨，但世凱見將有機(jī)會(huì)成為大總統(tǒng)，早已不放載灃在眼內(nèi)，明言只要溥儀退位，他們?nèi)钥衫^續(xù)居於紫禁城。宣統(tǒng)三年，清朝終劃上句號(hào)。直至一九一五年，世凱稱帝，錫庚成為京城坊間醫(yī)師，以仁心仁術(shù)醫(yī)治平民百姓，他內(nèi)心卻仍掛念杜仲。
杜仲伏苓亂世相遇
在南方城鎮(zhèn)一處醫(yī)療站，杜仲忙碌救治傷兵，分身不暇。此時(shí)伏苓扶著葛根到醫(yī)療站治傷，但見護(hù)士忙於照顧病人，伏苓便自行找藥為葛根治傷，時(shí)穿著護(hù)士袍的涴佳經(jīng)過，更與葛根相認(rèn)，伏苓和杜仲也在同一時(shí)間相遇。四人聚舊，伏苓和葛根仍為革命奔波，涴佳則跟杜仲參與醫(yī)療工作。伏苓從葛根手上得到杜仲地址，來到門前見杜仲為小女孩敷藥，以為小女孩正是杜仲女兒，后來才知誤會(huì)一場。百合亦於半年前甦醒，除了記得自己是杜仲妻子外，其他事情一概忘記得一乾二凈……