伏苓和葛根到蠟廠追查金贊購買的蜂蠟，查出御醫殷福致曾買下一批下價貨。杜仲發現有人貪財，將舊藥丸用下價蜂蠟重新包裝，當作新藥賣給太醫院賺取利潤，期間因為包裝過程出錯令藥丸變壞。錫庚要脅福致要分一杯羹，約定在廟中交錢。福致帶懷安來殺錫庚，杜仲將懷安、福致繩之于法。良濟贊堂解封重開，由百合打理。光緒有感太醫院腐敗，需進行改革。
載灃強奪世凱軍火
百合得悉杜仲破案是伏苓暗中幫忙，又認為杜仲留在太醫院，實為留于宮中與伏苓相見，因而對伏苓更恨之入骨。載灃和幼蘭完婚，慈喜促他們為皇族開枝散葉。太醫院重建落成，由光緒主持搬遷儀式，光緒建議引入西洋醫學，并交由杜仲全權執行，各御醫對西醫有保留，只有錫庚替杜仲高興。世凱向載灃追問添購的軍火何故會落在他手中，載灃稱取去軍火是為加強保衛京師，令世凱氣上心頭。
伏苓離京杜仲惆悵
伏苓遇見玉貴與乞丐糾纏，她追趕時被失明的老乞丐阻撓，待她追至山神廟，突然被人從后偷襲，赫見偷襲者正是剛才的老乞丐。武功高強的老乞丐把伏苓制服，又逼她供出組織名單，伏苓視死如歸。老乞丐向伏苓擲出三把飛刀，最后一把刀竟把綁著伏苓的麻繩割斷。原來此人就是組織的負責人徐扁，徐扁收到線報，得知載灃得了一批軍火，組織要伏苓協助劫走。
伏苓在頤和園遇見杜仲，告知翌日離開京師南下廣州，杜仲看著伏苓的背影感到惆悵。杜仲到王府為幼蘭胎兒把脈，聽見玉貴向載灃報告革命黨要劫他的軍火。杜仲擔心伏苓，立即坐車趕去倉庫，至山腰時看到倉庫爆炸。
伏苓失蹤下落不明
倉庫共撿出八具被炸至面目全非的死尸，推測是革命黨搶軍火引致爆炸，伏苓卻生死未卜。杜仲晚上再到倉庫尋找線索，最終被他找到伏苓的玉珮。杜仲和百合過著平靜安穩的生活，百合明白不能留住杜仲的心，但愿留住他的人，其他事一概不重要。杜仲為已有八個月身孕的幼蘭把脈，載灃只關心胎兒健康。慈喜與各妃嬪吃過茶點后，囑咐幼蘭到廟里祈福。隆裕、瑾妃和瑜貴妃眼見幼蘭受慈喜關愛，心中妒忌。拜畢菩薩，幼蘭一時失足竟在石階上跌倒……
杜仲為幼蘭把脈，認為有難產危險，決定請泰來神父為她剖腹產子。載灃回來知悉幼蘭要開刀生子，大為震驚，此時已傳出嬰孩哭聲，得知幼蘭已誕下小阿哥。載灃責備杜仲找外籍神父接生，更不準他向外透露。
三年后，溥儀長得趣致可愛，瑜貴妃建議留溥儀在宮中陪伴慈禧，載灃贊成。光緒向杜仲透露有意推行君主立憲制，可惜載灃已非真心助他改革朝政。杜仲認為他可向慈禧言明一切，但光緒心中懼怕慈禧。
光緒吸食大麻壯膽
百合將藥店打理妥當，已不再介懷自己能否站起來，更坦言只要杜仲留在身邊便心滿意足。杜仲與泰來神父教年輕醫師學習人體器官位置，當泰來解剖尸體時，涴佳和年輕醫師看得膽顫心驚。涴佳意外見到葛根在彈琴，便鼓勵葛根到外面見識。
杜仲發現光緒吸食大麻，於是立即勸止。光緒解釋他知道慈禧約見各國公使，遂吸食大麻只為壯膽，好讓他在殿上提出君主立憲。杜仲擔心光緒成癮，損害健康。光緒到了大殿，主動提出推行君主立憲方案，滔滔不絕，竟得公使支持，慈禧卻面露不悅之色。
伏苓現身杜仲激動
杜仲給光緒吃多劑瀉藥，志在清除大麻毒性。慈禧在載灃陪同下到了瀛臺，她責備光緒擅自離開瀛臺和服食大麻，光緒激動，身體突然抽搐暈倒。慈禧被光緒氣至心力交瘁，有意廢除光緒。載灃一方面暗里高興，一方面反勸慈禧假意依光緒意思而行，實則施以緩兵之計，慈禧心動。葛根遇見杜仲，請他為戴娣把脈。杜仲輕描淡寫地問伏苓近況，見到葛根神情閃縮，料他有事隱瞞。杜仲躲在街上暗角，果見伏苓離家。杜仲上前跟她相認，更激動地剖白多年思念之情，并交還在倉庫拾獲的玉珮。
伏苓離開杜仲遇襲
伏苓意想不到玉珮竟被杜仲拾得，拿著玉珮泣不成聲，杜仲上前安慰。載灃向光緒匯報已派多位大臣出使西方，考察憲法大綱，光緒詢問群臣意見，世凱提議增設軍備和愿意出使日本，卻被光緒一一推倒。世凱向載灃表明留在軍機處猶如投閒置散，意興闌珊，決意解甲歸田，載灃樂意成全。伏苓已安排返回廣州，約杜仲游山玩水，二人游玩后到市集閒逛，不約而同看中一款同心結。杜仲細意欣賞同心結時給百合看到，杜仲轉贈給她。杜仲返太醫院途中突然遇襲……
組織要刺殺光緒，伏苓怕杜仲受牽連遂將他打暈，不讓他返瀛臺接近光緒。杜仲知道光緒將被刺殺，堅決入宮救他，伏苓思量后決定跟杜仲一起營救光緒。來到光緒寢宮外，伏苓即取出匕首沖入寢宮刺殺光緒，寢宮內原來空無一人。原來杜仲早對伏苓起了疑心，遂趁光緒在養心殿議政時，將計就計帶伏苓到瀛臺，果然揭穿伏苓要殺光緒。
百合服毒昏迷不醒
百合相約伏苓見面，坦言伏苓回來后擾亂夫妻平靜生活。伏苓表明不會破壞她和杜仲，百合仍堅稱不會原諒她。她請伏苓飲酒，從此二人恩斷義絕。當伏苓與百合取起酒杯時，杜仲趕至并指伏苓的酒有毒，百合聞言傷心，認為杜仲不信任她，接著便將毒酒一飲而盡。
百合經杜仲引吐后已無生命危險，杜仲請假陪伴昏迷不醒的百合。慈禧患消渴癥后身體日漸衰弱，慈禧也自覺油盡燈枯，溥儀乖巧地安慰慈禧，豈料慈禧竟說讓他做個好皇帝，各人聽見后各懷鬼胎。
伏苓親手殺害杜仲
世凱巴結載灃，又提醒他倘若慈禧比光緒早逝，光緒將重掌政權。載灃早料有此一著，坦言會讓慈禧早走一步。他反而提醒世凱當日令慈禧軟禁光緒於瀛臺，光緒重掌政權后必然對他報仇，世凱面露不悅。
虛弱的光緒再染風寒，身體狀況更差，卻不捨得放棄君主立憲之事。杜仲對著昏迷的百合，不斷訴說從前的開心事，杜仲自責傷透妻子的心，希望百合勿丟下他讓他一生內疚。徐扁冒認伏苓相約杜仲見面，企圖趁機殺他。伏苓及時來到救走杜仲，徐扁連伏苓也不放過，伏苓逼於無奈求徐扁讓她殺杜仲，繼而將匕首刺入杜仲腹中，杜仲昏厥……
杜仲查案被追殺
光緒病情急轉直下，杜仲趕往瀛臺，鼓勵光緒勿放棄。杜仲開了重藥，可惜未及給光緒服食便已收到駕崩消息。慈禧命杜仲徹查光緒死因，杜仲趕返瀛臺遇見世凱，世凱勸杜仲與他合作，杜仲稱要徹查光緒死因，為他討回公道。杜仲返回光緒寢宮，見已清理得乾乾凈凈，卻拾獲屬於伏苓的玉珮。杜仲懷疑伏苓害死光緒，趕往存仁館，途中忽然遇到黑衣人追殺，給伏苓救走。伏苓推測黑衣人殺杜仲是要阻止他調查光緒的死因。