杜仲趕往瀛臺(tái)，為已奄奄一息的光緒皇帝把脈并好言安慰光緒。御醫(yī)張正元反對(duì)杜仲開的藥藥性太猛，不適宜虛弱的光緒服用。他不理眾人反對(duì)，自己煎藥，當(dāng)他折返光緒寢宮，已見隆裕、瑾妃、載灃跪在床前痛哭，晴天霹靂光緒已駕崩。杜仲懷疑光緒死於砒霜毒，慈禧允許杜仲一天時(shí)間查出光緒死因。杜仲回到寢宮，已被清潔得乾凈，卻在椅腳下發(fā)現(xiàn)一個(gè)相識(shí)的玉珮。
伏苓寧死不嫁杜仲
追溯十年前，拿著玉珮的伏苓從外地回到家鄉(xiāng)，她卻在多年前鬧出過一件轟天動(dòng)地的大事。伏苓原本已有心上人佘鴻儒，奈何要嫁給杜仲為妾，鴻儒在她成親之日帶她出走，卻給杜仲親友撞破，被捉至廳前公審。伏苓不畏浸豬籠承認(rèn)與鴻儒相愛，揚(yáng)言比嫁給杜仲為妾更幸福。杜仲被伏苓激發(fā)，借意喝罵伏苓，驅(qū)逐他們離開家鄉(xiāng)，伏苓詫異。
來到存仁館，伏苓眼見跌打館變成賭坊，師弟葛根被師兄童鐵骨打罵，伏苓趕走賭客，鐵骨伸手打她時(shí)被葛根一手擋開至脫骹。伏苓跟葛根回家見嫲嫲戴娣和姑母伏明珠，明珠要伏苓贖回存仁館，屋契則仍在「那人」手上，伏苓聞言面有難色。她躲在暗角監(jiān)視杜府，并見杜仲出診時(shí)走入J院。
世凱邀請(qǐng)杜仲出診
伏苓偷入杜府書房尋找屋契，期間不慎打翻香爐，驚動(dòng)身處臥房的杜夫人百合，伏苓急忙逃去。百合不慎跌倒，伏苓於心不忍救出百合，方知她不良於行。百合謂自小患過大病，自此雙腳不能走動(dòng)。杜仲回來似乎不認(rèn)得伏苓。伏苓認(rèn)為杜仲好色，慶幸沒有嫁入杜家。
杜仲本為良濟(jì)贊堂名醫(yī)，求診病人不計(jì)其數(shù)。一天，兩名大漢奉袁世凱之命找他出診，杜仲到袁府時(shí)見到兩名面帶瘀傷的醫(yī)師，杜仲為世凱愛妾把脈，認(rèn)定她并非懷孕而是體內(nèi)積存血塊，開了一劑「滑胎藥」服用，世凱不信。
杜仲交還伏苓屋契
世凱愛妾果然藥到病除，世凱重賞杜仲卻被婉拒，同時(shí)對(duì)於杜仲不畏威名而留下好印象。伏苓知道存仁館要改為J院，唯有再次到訪杜家，以替百合做蒸腳為由，再潛入書房偷屋契，豈料被杜仲捉個(gè)正著。其實(shí)杜仲早已認(rèn)出伏苓，伏苓坦言要取回存仁館屋契，事敗后失望離去。眼見鐵骨拆存仁館，伏苓跟鐵骨理論不得要領(lǐng)，戴娣拿著屋契到來，鐵骨無(wú)奈交回存仁館。伏苓質(zhì)問杜仲有何居心，杜仲向她提出每日上門為百合按摩和蒸腳作為條件，伏苓答應(yīng)。
世凱使人送來輪椅贈(zèng)百合，更有意羅致杜仲擔(dān)任其新軍軍醫(yī)，杜仲推辭。杜仲到教堂與泰來神父交流醫(yī)術(shù)，神父請(qǐng)他為一位李姓好友醫(yī)治咳嗽。杜仲為他把脈后，始道出其病因并對(duì)癥下藥。
存仁館重新開張，伏苓和葛根戮力推銷秘製藥丸和藥酒，可惜無(wú)人問津。同時(shí)，債主到來追收鐵骨早前購(gòu)入名貴藥材的欠款。伏苓為欠債傷透腦筋，葛根稱愿意打擂臺(tái)賺錢還債，可是葛根在開賽后不足三分鐘就被俄國(guó)大力士打至重傷。
慈禧手腳無(wú)故瘀傷
葛根重傷倒地，伏苓喝停后即喂他服用「還魂丹」藥丸，葛根吐出一口瘀血后回復(fù)氣力，自行走下擂臺(tái)。伏苓為葛根治傷時(shí)再遇債主臨門，俄國(guó)大力士和擂臺(tái)主持打算向伏苓購(gòu)入大批「還魂丹」，債主亦稱愿意與伏苓合作賺錢，存仁館得以暫時(shí)解困。杜仲看過曾醫(yī)治咳嗽患者的名帖后，始得悉李姓友人正是李鴻章，鴻章讚賞杜仲醫(yī)術(shù)，并邀他為一位「貴人」治怪病。
杜仲來到頤和園樂壽堂后似有所悟，如他所料患者正是慈禧太后，并發(fā)現(xiàn)她的手腳出現(xiàn)無(wú)名瘀傷。杜仲細(xì)心檢查太后身體以及留意房中擺設(shè)，認(rèn)為慈禧所患的怪病全因邪風(fēng)入侵所致，要除去怪病，須連續(xù)作法七天及服藥七日，自然藥到病除。
慈禧夢(mèng)行癥發(fā)作
杜仲跟任錫庚到值班室，忽聞烏鴉凄厲叫聲，才知道牠們?cè)趯m中吃飽飼料便會(huì)飛走。翌日慈禧質(zhì)問杜仲她的手腳仍有瘀傷，杜仲指出瘀傷再現(xiàn)乃是體內(nèi)邪氣迫出所致，他為慈禧檢查腳部，卻發(fā)現(xiàn)慈禧腳有傷痕，但襪子卻乾凈如新。他跟隨涴佳格格到雜物房找尋慈禧的舊襪子，但見襪子上染有血跡和黏有烏鴉糞便。他們?cè)俚筋U和園的索倫桿，又發(fā)現(xiàn)有不少雀糞和飼料殘?jiān)Ｖ涟胍箷r(shí)，杜仲在慈禧寢宮外發(fā)出烏鴉叫聲，不久連英和玉貴伴著只穿睡衣的慈禧外出，慈禧邊行邊跌跌撞撞，來到索倫桿前，慈禧雙手做出挖掘動(dòng)作，似乎找到東西，慈禧雙手捧著返回寢宮，杜仲認(rèn)定慈禧患?jí)粜邪Y。
杜仲治愈慈禧心病
杜仲已想好法子治慈禧夢(mèng)行癥，這日他陪伴慈禧到花園散步，涴佳和幼蘭同在身旁，涴佳發(fā)現(xiàn)假山內(nèi)有一個(gè)人形布偶，布偶背后寫著慈禧姓氏，看來是對(duì)慈禧施了厭勝術(shù)，杜仲建議將布偶燒毀，詛咒便化為灰燼，慈禧的臉露寬容，她明白是杜仲治好她的心病。杜仲借機(jī)向慈禧道出只有親情永留心中，慈禧似有所悟。慈禧到瀛臺(tái)送光緒一瓶補(bǔ)藥，豈料光緒竟對(duì)慈禧囚禁珍妃表示不理解，惹得慈禧不滿，拂袖而去。
杜仲?gòu)耐鈿w來，百合向杜仲追問為哪位貴人治病，杜仲三緘其口。杜仲姑母杜秋萍擔(dān)心無(wú)子嗣，得知百合不反對(duì)杜仲納妾，遂帶少女金花到藥店給杜仲相親。杜仲在翻閱醫(yī)書之際似有發(fā)現(xiàn)，竟要秋萍帶金花再見他但不許她化妝。百合向伏苓傾訴杜仲納妾，伏苓替百合不值。
秋萍帶金花到酒樓與杜仲相見。伏苓冤家路窄遇著鐵骨，為避開鐵骨尋仇遂走進(jìn)酒樓其中一廂房躲藏，卻見杜仲、秋萍和金花正坐著，伏苓說代百合而來。伏苓向金花進(jìn)言，遭杜仲驅(qū)趕離去。
光緒觀戲珍妃滑胎
杜仲向百合道出再見金花是為其看病，發(fā)現(xiàn)她因?yàn)檫^於濃妝艷抹以致皮膚中汞毒。慈禧供奉文殊菩薩，在頤和園搭建戲棚，屬意端郡王載漪與子溥儁陪同觀戲。隆裕與慧貴妃、瑾妃求光緒出席，光緒為求早日與珍妃相見答允出席。豈料隆裕所選兩齣劇目掀動(dòng)光緒反叛之心，決不親選劇目以令慈禧難堪。
慈禧找溥儁挑選，直到禮佛儀式開始，慈禧要光緒返回瀛臺(tái)靜養(yǎng)，隆裕等人愕然。在北三所小房子里，珍妃求送飯菜的余嬤嬤下次帶開胃酸菜，余嬤嬤離開時(shí)看到珍妃作嘔狀，起了疑心。在北三所，珍妃睡不安寧并感到腹中不適，其后更發(fā)現(xiàn)滿手是血。
杜仲被薦入太醫(yī)院
慈禧知道珍妃滑胎大為震怒，以為是珍妃與她作對(duì)才隱瞞懷孕之事，涴佳推薦杜仲入太醫(yī)院。杜仲送了多種名貴食材到存仁館，拜託伏苓以后多加照顧百合。多位御醫(yī)見杜仲被慈禧賜封為御醫(yī)，妒忌之餘又擔(dān)心自己地位不保。錫庚介紹太醫(yī)院運(yùn)作，懷安交出奇難雜癥予杜仲跟進(jìn)。
榮親王女兒昇平格格，因?yàn)閷?duì)藥物敏感而不能服藥，杜仲使用蒸氣令格格吸入藥氣，果然藥到病除。成親王福晉誕下小貝勒，其舌頭伸出后無(wú)法縮回口腔內(nèi)，杜仲在福晉背后拿起花瓶并用力摔地上，發(fā)出砰然巨響，福晉大罵同時(shí)小貝勒舌頭已縮回口腔內(nèi)。
杜仲治愈珍妃心病
錫庚帶杜仲到珍妃住所卻被珍妃追逐棒打，涴佳勸止。涴佳謂珍妃自滑胎后，憶子成疾，精神恍惚。杜仲認(rèn)為除服用養(yǎng)心安神藥，還須醫(yī)治心病，讓她安葬死胎才是解決辦法。杜仲和錫庚為珍妃申請(qǐng)死胎，宗人府和太醫(yī)院互相推卸，杜仲只好以偷竊死胎交予珍妃安葬。慈禧召見各大臣商討溥儁登基之事，眾認(rèn)為應(yīng)三思而行，慈禧唯有擱置登基之事。載漪不忿，世凱進(jìn)言稱要贏必先要有實(shí)力，載漪聞言似有對(duì)策……