清朝末年，面對時代洪流，棄舊立新似是當前大勢，作為末代御醫，救得了皇帝性命，卻無力主宰國家興亡！戊戌變法失敗，光緒被囚于瀛臺，慈禧太后再次垂簾聽政。北京城內一位醫師杜仲（郭晉安飾），生性自負，恃才傲物，對到來求醫之達官貴人也不屑逢迎，不時擺出臭臉，卻因醫術高明反而得到一眾權貴青睞。其時慈禧太后(羅蘭飾)身染怪病，杜仲奉命入宮，憑著敏銳觸覺迅速治好之。慈禧對杜仲大為欣賞，破格封杜仲為御醫。杜仲進入太醫院后，獲指派專責宮中奇難雜癥，憑著天賦一一拆解懸案。其后，杜仲又因揭破皇帝光緒（敖嘉年飾）遭人慢性下毒，得到皇上的信任。杜仲發覺光緒實是有為君主，可惜處處受人制肘，有志難伸，遂設法令他重新振作，自己卻不自覺卷入連場政治風暴……