看到這些生化機器人以戰(zhàn)友們的面目在身旁走來走去，西蒙斯緊緊拉著菲茲的手，十分緊張。她擔(dān)心著這些生化人會將他和菲茲殺死或者隔離，菲茲安慰她使她鎮(zhèn)靜下來，他們必須裝作若無其事，因為他們現(xiàn)在唯一的優(yōu)勢是發(fā)現(xiàn)了真相，這些生化人還沒意識到被他們發(fā)現(xiàn)了。

這時，生化人菲爾、邁克、黛西、杰弗瑞走了進(jìn)來，菲爾要菲茲召集全球異人，菲茲假意同意了，杰弗瑞想拆開西蒙斯和菲茲，菲茲找借口拒絕了他。杰弗瑞和菲爾商量著要趕緊下手，干掉并用生化人替換掉西蒙斯和菲茲，菲爾說先謹(jǐn)慎行事。

悠悠球是神盾局最有價值的異人之一。生化異人邁克先跟她取得聯(lián)系，引她上鉤。生化菲爾去找到生化梅，當(dāng)梅發(fā)現(xiàn)了菲爾不是原來那個，表現(xiàn)得很抗拒。她跟生化菲爾的設(shè)計程序不同，她原來一直以為自己就是梅，很久后才發(fā)現(xiàn)自己不是，這種自我否定讓她難受。生化菲爾是一開始就明白他是什么。他欣賞并向往博士創(chuàng)造的框架，認(rèn)為那是個新世界，沒有傷痛和遺憾的新世界。他說服梅接受這個框架，在這個框架里，他可以和生化梅在一起。

西蒙斯和菲茲一起來到工作室，可是西蒙斯突然發(fā)現(xiàn)儀器檢測他倆之中有生化人，西蒙斯大驚失色，迅速掏出槍指住了菲茲，她讓菲茲豁腕證明，菲茲割腕后流出了大量鮮血，看到血西蒙斯覺得菲茲不是生化人，急忙奔過去幫他，結(jié)果菲茲反手將刀刺進(jìn)了她的小腿。原來這個菲茲也是生化人。

博士醒來后，艾達(dá)告訴他，四個生化人已在神盾局就位，很快她也要用生化人替換掉西蒙斯和黛西了。

生化菲茲正在掃描西蒙斯的大腦額葉時，西蒙斯清醒過來，她掙扎著去拿了大錘，砸傷了菲茲，并用匕首扎死了生化菲茲。

黛西進(jìn)入樓下的隔離室時，發(fā)現(xiàn)了滿屋里都是跟自己一模一樣的黛西模型，她馬上明白發(fā)生了什么。等生化邁克起來時，黛西急忙裝成模型，一動不動地站在里面。邁克提著槍一一察看，趁其不備，黛西襲擊了他并跑出了模型屋。

黛西躲到暗處，打開平板查看，發(fā)現(xiàn)了菲爾、杰弗瑞和邁克都是生化人，生化人菲茲躺在地上。這時，黛西發(fā)現(xiàn)西蒙斯也躲在這個房間，她們彼此成為了依靠，緊緊擁抱在一起。

艾達(dá)觀察人類越多，越感覺自己的思維出現(xiàn)了悖論。她被博士設(shè)定的兩個主參數(shù)發(fā)生了矛盾。一個主參數(shù)是保護(hù)框架，另一個是保護(hù)博士，但她現(xiàn)在認(rèn)為，博士是框架最大的威脅。因為他讓她為每個進(jìn)入框架的人彌補一個遺憾，這說明博士自控力很差，她認(rèn)為博士如果有一天后悔創(chuàng)造了框架，就會修改參數(shù)拆毀框架。博士說這不可能，因為他堅信框架是真實的，可以替代原來充滿遺憾的所謂真實人生。

艾達(dá)聽了他的話露出了笑容，說這個解釋解決了悖論。她割破了博士的手腕，將他也置于框架之中，博士掙扎了兩下就昏迷了過去，和梅、菲爾等原來被他們控制的那些人一模一樣。

菲爾和杰弗瑞將神盾局特工們?nèi)空偌饋恚蛩麄冃迹髅伤购枉煳鞅唤壖懿⑻鎿Q成了生化人。他們下令要殺死倆人。

這點黛西和西蒙斯想到了，她們商量著下一步該怎么做。聽西蒙斯說框架的源信號無法查找，黛西說那我們必須黑進(jìn)去，接入框架，然后找到我們自己人喚醒他們。

黛西用催眠氣體弄暈了所有特工，只剩下杰弗瑞等四個生化人了。黛西好容易才戰(zhàn)勝了生化杰弗瑞，卻被隨后趕來的邁克和菲爾射中。趁他們以為勝券在握時，黛西積聚起所有力量，一擊而中，倆人同時被震碎，他們的身體碎片落地后，清醒了的其它特工們才明白了西蒙斯和黛西才是沒被替換掉的人。

黛西和西蒙斯安排大家搶救同事，并準(zhǔn)備啟動和風(fēng)。她們推著硬件準(zhǔn)備離開，一開門卻發(fā)現(xiàn)生化梅正堵在前面，手握著巨型炸彈的開關(guān)。黛西和西蒙斯說服了這個比其它生化人更像梅的生化梅，她放走了她倆。

已修好的生化菲茲又將生化菲爾修復(fù)好，生化菲爾準(zhǔn)備啟動隔離室里的黛西戰(zhàn)隊。他趕到生化梅呆的地方，發(fā)現(xiàn)她放走了黛西和西蒙斯。梅告訴菲爾，她被設(shè)計的程序是拿回《黑暗戰(zhàn)書》，欲望是接近菲爾保護(hù)菲爾，而面前的這個菲爾不是真的。聽聞此言，菲爾迅疾地掏槍指向梅，梅按下了炸彈的開關(guān)，熊熊的火焰吞沒了他們。

火焰席卷而來之前，西蒙斯黛西和特工們乘坐的和風(fēng)一號起飛離開了。劫后余生的她們將手緊緊握在一起。

她們把下一步的計劃告訴了特工們，悠悠球不安地聽著，不停地走來走去。特工們意識到，如果倆人在框架里待得太久，她們的身體會衰竭。事實上情況更嚴(yán)重，如果倆人在框架中死了，那么在現(xiàn)實中也就真的死了。但顧不上那么多了，黛西告訴大家要立即行動。

倆人被接入了框架之中。生化黛西醒來，發(fā)現(xiàn)收到了一條短信，讓她叫醒林肯，因為神盾局在召集他們。這一直是真正的黛西內(nèi)心最大的遺憾，現(xiàn)在在框架世界里，這遺憾正在被彌補。

生化黛西走進(jìn)臥室，床上躺著的是她的林肯。從未失去的安然無恙的林肯。她的眼中馬上露出了充盈著幸福感的目光。在框架之中，菲爾邁克都是普通平凡的人，過著安寧幸福沒有遺憾的平常時光。