芬奇前往和女友第一次約會的咖啡店回憶往日的時光，不料他的這一舉動卻暴露了他，里瑟接到“機器”的報警和根一起前去保護芬奇?；氐桨踩莺?，“撒馬利亞人”的殺手緊隨而來，以利亞依靠以往的人脈將芬奇送往安全地并隨行保護他。

可是“撒馬利亞人”仍然找到了他們，在護送芬奇的途中以利亞中槍身亡，芬奇被帶走。在芬奇被“撒馬利亞人”轉移的途中，根與肖及時趕到救下了芬奇，在肖的掩護下根帶走芬奇駕車離開。逃亡路上，根和芬奇依舊不斷被追殺，根勸芬奇不能再像現在這樣一味的防守了，是時候用“機器”開展反擊了，但芬奇仍然猶豫不決。

在一次被伏擊中根中槍了并且他們的車被警察攔下，芬奇被帶往市中心的警察局，根被送往了醫院。在警察局的芬奇回想到身邊的好友一個個的倒下，他終于決定放棄自己那一直謹守的規則，他決心向“撒馬利亞人”開戰！“機器”解放了全警察局的囚犯幫助芬奇趁機越獄，與此同時，根犧牲的噩耗傳來…

芬奇獨自一人前往根的家鄉得州，似乎是打算前往她的出生地悼念她，“機器”一直陪伴著他。里瑟和肖正打算去尋找芬奇，卻接到新的“號碼”——美國總統！總統即將出席一個高級別的籌資晚會，里瑟和肖混進了晚會現場對總統實施保護。

里瑟及時發現了定時爆炸裝置解除了危機，可是晚上現場的電視劇機屏幕上卻出現了警告語，在抓住了一名假扮的服務生后，肖對其一番審問候假裝放走他并順藤摸瓜的找到了恐怖分子的老巢，原來是參議員的妻子為了反對政府對公民的監控行為，而決定為自由而戰。

肖在“機器”的幫助下成功脫困，弗斯科發現恐怖分子計劃用無人機襲擊總統的座駕，最后肖成功延緩了總統上車的時間避免了這次危機。但肖、里瑟、弗斯科都被特勤組逮捕，這時候三位以前的“號碼”分別出現救出了他們三人。芬奇前往根家鄉的途中來到了一所軍事基地，盜取了里面封存的電腦病毒——冰封9，這時芬奇他們唯一能擊潰“撒馬利亞人”的機會…

“機器”知道芬奇一直在猶豫是否要釋放冰封9病毒，因為芬奇深知冰封9可以消滅“撒馬利亞人”但同時“機器”也將一同消亡?！皺C器”給芬奇放映著里瑟、肖、弗斯科這些芬奇身邊伙伴以前的模擬，給他看一個沒有“機器”的世界借此幫他做決定，但最終還是得芬奇自己拿主意。

在“機器”的幫助下，芬奇進入了國家安全局，他將在里面的機房釋放冰封9。由于國安局里設置了靜電屏蔽場，“機器”只能暫時切斷與芬奇的聯系，它給里瑟和肖發送信息讓他們前來幫助芬奇。就在芬奇即將輸入最后的語音密碼釋放冰封9時，“撒馬利亞人”的特工找到了他并控制了他，頭目格里亞將自己和芬奇困在密封的房間，在得知只有他一人知道語音密碼后，格里亞下令抽空房間的空氣打算與芬奇同歸于盡。

緊急關頭里瑟和肖接通了連接外界的路由器，“機器”重新激活救出了芬奇。最終，芬奇說了出語音密碼釋放了病毒。