弗斯科在爆炸中幸存下來，里瑟一伙前去醫院探望他。根一直在試圖尋找肖的消息，她請求“機器”給她提供幫助，“機器”卻沒有直接給她提供信息，而是指引根前往一家廣播公司。該廣播公司有一檔名為《神秘傳送》的節目，主持人麥克思專門與來電的觀眾分享他們遇見的那些超出人們理解范圍的奇事。

在“機器”的幫助下，根偽裝身份在廣播公司給麥克思做搭檔。根接到一位名叫沃倫的聽眾的來電，他點名要與麥克思通話，沃倫聲稱這世上存在思想控制波，人們正被這種聲波控制著。根向麥克思打聽沃倫，麥克思告訴根他發現聲波中存在這某些特定的有規律的雜音，就像在傳遞某種信息一樣，他讓沃倫幫他調查。沃倫再次來電，稱他正被控制著，一股莫名的力量正要他自殺。

根讓里瑟去沃倫家中調查，里瑟趕到沃倫家，發現他已經死亡，但根那邊與沃倫的通話卻依然進行著！根意識到聲波中的代碼可能是“撒馬利亞人”給組織特工發送指令的方式，而麥克思和沃倫打算公開他們的這一發現從而導致被滅口。根用同樣的方式給肖發送了消息，而肖因為無數次的模擬已經漸漸分不清虛擬與現實了。

里瑟跟蹤著“號碼”孔——一名國際商人，他本應該坐飛機到倫敦，卻在中途因身體不適來到了急診室，醫生診斷孔得了流感并給他注射抗病毒劑治療他的病情。弗??斯科前往安全屋找卡爾尋求調查線索?？自谧⑸淇共《緞┖螅涝诹思痹\室，醫生們采取了緊急隔離措施，芬奇也趕來幫忙。

孔的血檢結果顯示他來急診室前就已經感染了禽流感，在醫生給他注射活性人流感病毒后兩種病毒融合產生了一種高致命高傳染性的新病毒！根通過調查發現給孔注射的那批抗病毒劑在運輸的途中被更改線路運送到了一間實驗室，顯然是有人制造了這起疫情。根讓“機器”分析了孔的血樣，在運行了五萬億次后才模擬出殺死孔的那種病毒的染色體，而能擁有同樣計??算能力的只有一位——“撒馬利亞人”。

最后“機器”分析出了治療疫情的抗體藥劑阻止了病毒的蔓延，但疫情過后，疾病控制及預防中心建議所有人接受體檢以便??政府確定誰需要注射疫苗，然而這一切都是“撒馬利亞人”為了采集人們DNA的行為，一場陰謀似乎正在醞釀著…

特里?伊斯頓正在一家處理上億資金賬戶的投資公司的門前圖謀不軌，芬奇分析這家公司肯定有價值不菲的絕密信息，特里就是來偷這些信息的。里瑟跟隨特里發現他手里竟然拿著炸彈，里瑟阻止了特里并將他帶回警局調查。

特里似乎非常害怕但他不敢開口透露任何消息，芬奇從特里的手機里恢復出他妻子被綁架的照片。原來是有人用妻子的性命威脅特里，但特里也不知道那人是誰，只能稱呼他為“聲音”。芬奇認出“聲音”就是他們之前遇到的一個罪犯，為了抓到他芬奇決定去尋求以利亞的幫助。

弗斯科抓到了一名叫阿米爾的殺人犯，警局也逮捕了一群名叫“圣堂武士”的混混幫派。里瑟調查處阿米爾曾為“聲音”效力過，并且試圖找出“聲音”的真身，而“聲音”為了除掉阿米爾派出“圣堂武士”進警局除掉阿米爾。最終“聲音”的真實身份被揭露——特里?伊斯頓，最后以利亞幫助芬奇除掉了特里。