芬奇和里瑟成功保護了“機器”核心并在根的幫助下重建了“機器”，與此同時“撒馬利亞人”組織對他們一伙人的追殺仍在持續(xù)著。在“機器”的掩護下，他們繼續(xù)隱藏身份維持正義，制止犯罪。肖被“撒馬利亞人”控制著并試圖通過她找到“機器”的下落，但肖通過頑強的意志成功逃了出來并與根他們會合。芬奇不小心暴露了行蹤，“撒馬利亞人”的殺手對他們展開了窮追不舍的追殺，最終芬奇的好友根和以利亞在保護芬奇的途中犧牲。悲痛的芬奇決定放棄自己那一直謹守的規(guī)則與“撒馬利亞人”正式開戰(zhàn)，他盜取了電腦病毒冰封9來對抗“撒馬利亞人”，最終在里瑟和肖的幫助下他成功開啟了病毒，為了解決掉“撒馬利亞人”的最后備份，芬奇和里瑟做出了最后的努力，最終“撒馬利亞人”被徹底摧毀，而“機器”用自己留存下來的備份重獲新生并繼續(xù)著自己的使命。