薩姆恩·肖被“撒馬利亞人”組織抓住，并被他們在耳后植入芯片，借此來控制肖。“撒馬利亞人”通過對肖進行虛擬現實模擬實驗來追尋肖的同伙及“機器”的下落，在一次模擬實驗中，肖成功逃了出去。肖假裝搶劫一家超市，借此讓“機器”追蹤到她并給她的同伴發送信號。

“機器”能截獲的信息“撒馬利亞人”同樣能夠截獲，一伙殺手前往超市抓捕肖，緊急關頭，根及時趕到救了她。由于擔心“撒馬利亞人”在追蹤肖，里瑟他們并沒有帶肖回到“機器”那里。幫肖取出被植入的芯片后，芬奇解析了芯片發現只是安慰劑，同時肖的行為也有些異常。

里瑟對根說出了自己對肖的懷疑，他懷疑肖已經被“撒馬利亞人”策反，不料他們的談話被肖監聽，氣憤的肖當面暴露行蹤與“撒馬利亞人”開戰。肖的舉動成功引出了頭目格里亞，她們將格里亞囚禁起來，并在他身上找到了毀滅裝置。

肖突然再次意識不清起來，她殺了約翰并告訴里瑟所謂的毀滅裝置其實是木馬病毒，擔心芬奇他們有危險，肖帶著里瑟前往芬奇和“機器”處。途中肖再次神志異常起來并槍殺了里瑟，根趕到后肖為了不繼續傷害同伴選擇了自殺。一切回到現實中來，原來之前發生的事情都只是發生在肖的虛擬世界中…

里瑟正在實時犯罪中心觀察著新“號碼”——伊森·加文，加文是一名尋槍系統的聲音分析師，主要工作是在出警前從各種噪音里剔除誤報。在結束了12個小時的??夜班之后，加文對女友撒謊取消了約會…芬奇將一個與“撒馬利亞人”類似核心代碼負責到了“機器”上，并在一系列控制模擬下讓他們互相接觸，讓“機器”的代碼在“撒馬利亞人”的代碼里尋找弱點。

加文下班后闖入一個名叫克魯帕的女大學生宿舍，并朝壁爐開了3槍，原來三天前的凌晨兩點，尋槍系統的麥克風在克魯帕??住的這座樓里接受到三聲響聲，程序說那只是爆竹聲，但加文堅信那是槍聲，他告訴里瑟他懷疑克魯帕已經遇害。

一切證據都暗示著食品公司的老板卡里克買兇殺??人，但芬奇分析出其實這一切都是“撒馬利亞人”設計出來的誘餌，目的就是引出并抓住他們。“機器”與“撒馬利亞人”的模擬已經運行了超過一百億次，“機器”一次都沒有贏…

在“撒馬利亞人”組織對肖進行7000多次的模擬后，肖依舊憑借著她驚人的意志力讓他們沒有半點收獲，組織首腦覺得換個方式對肖進行模擬，讓她親眼目睹“撒馬利亞人”是如何打擊罪犯的，借此希望能夠拉攏肖。新“號碼”指向了一對新人，新娘是億萬賽馬帝國的繼承人，而新郎只是一名普普通通的律師。

因此芬奇??認為很可能是某些家庭成員不希望這場婚禮的舉行，芬奇和里瑟假扮身份混進的婚禮現場進行調查，最后根也趕過來幫忙。里瑟他們在婚禮現場發現了可疑人員，根和里瑟制服了他們，但是里瑟從殺手身上的照片發現殺手的目標并不是婚禮的新人，而是新娘家的家族攝像師——瑪姬。

由于瑪姬在一次拍照中不小心拍下了新娘妹妹簡娜給賽馬喂禁藥的照片而被簡娜派人追殺，雖然瑪姬已經答應刪除照片，但簡娜依然不愿留活口。弗斯科獨自調查著人口失蹤案件，最后從一次電話錄音中找到了線索，前往一座廢棄的地下管道，發現了那些失蹤人員。而正在此時，管道發生了爆炸…