小榔頭夜里上茅房時看到奇怪的身影，聽到小女孩兒的哭聲后悄悄過去，沒走到跟前就被一頭巨大的猛獸嚇跑，思琪經過老婆婆的房間時啥也沒聽到，她見到小榔頭后聽他說起鬼怪之說，小榔頭勸她不要過去。思琪在老和尚房門前沒聽到任何響動，小榔頭聽到對面有人撒尿，起身看時被思琪嚇了一跳。

思琪發現圓清寺的每個地方都很安靜，她什么也沒看到，小榔頭一口咬定就在去大雄寶殿的路上。周新一早吃早飯時被和尚問起法事，他們要匆忙趕路，老婆婆帶著孫女出現時他們上前打招呼，她的大孫女還沒找到，周新帶人先行一步離開圓清寺，在出門時聞到肉味。

周新遇到方丈后思琪被送了一件開過光的佛珠，老婦人和孫女要走時被方丈送至大門口，方丈也送給她孫女一串佛珠。周新和老婦人在圓清寺門口告別，還提醒她在回家的路上注意安全。小榔頭發現圓清寺的老和尚總是盯著思琪看，周新在前面走時聽到他們的談話。

老婦人和孫女一同在山林間趕路，因勞累兩人坐下休息。周新路遇亭子后休息，小榔頭躺下不想起身，思琪看周新一直在想事情，周新也感覺那老和尚有些奇怪，藥拖延了他們的行走速度，小榔頭身體不適，思琪去取水時周新被一群蒙面人追殺，思琪及時趕回救了周新，她在打斗之時發現其中一人是和尚，蒙面歹徒被思琪趕走，思琪奉周新之命趕去營救老婦人和她孫女。

周新和小榔頭先行來到處州官府見到莫文淵，莫文淵已準備好飯菜招待他們，周新向莫文淵問起治安問題，莫文淵再三表明自己的的決心，周新要查看各縣呈上的卷宗并一一對照，圖上畫圈處都是少女失蹤之地，圓清寺成了最大的嫌疑之地。

思琪向周新匯報說老婦人和孫女被人追殺，老婦人被人發現在山中無人處，她的小孫女墜崖。周新推斷所有這一切都是圓清寺的方丈背后指使，莫文淵按周新的要求派出衙役趕往圓清寺，他們在途中被蒙面歹徒襲擊，思琪帶人及時趕到制服歹徒，歹徒是那些和尚，其中一人還是圓清寺老方丈的徒弟。

周新帶人來到寺院時讓和尚們十分驚慌，老方丈假裝鎮定，他認出處州知州莫文淵，周新自稱是談生意而來，小榔頭拿出腰牌給老方丈看，老方丈要借機離開時被周新叫住，周新帶他們來到那棵梧桐樹下，還懷疑樹葉和失蹤的少女有關，老方丈失口否認。周新命衙役將那棵樹刨開，衙役發現那個無辜少女的尸首，老方丈將責任推在徒弟身上。

周新要將寺院從里到外搜查一遍，莫文淵提醒他寺廟的牌匾曾是皇上親筆提字，周新要讓寺院地覆天翻，閑雜人等被趕出大殿，大殿和藏經閣沒發現可疑之處，老方丈質問周新。思琪來到老方丈房中仔細搜查，發現暗道后進去查看。周新看到一群可疑人員后讓小榔頭截，小榔頭認出菊花，老方丈出手和衙役們打斗起來，小榔頭趁機拉菊花離開。

老方丈不敵眾人被擒，周新發現那些穿著和尚衣服的少女們，小榔頭向她們問起情況，但她們都不能說話，周新讓莫文淵馬上去找解藥，思琪將發現的地洞口告訴周新。周新帶人來到地道中查看情況，他發現里面的藏獒和老方丈犯下惡行的地方，老方丈失口否認，還拿出皇上御賜的免死金牌。

周新揭露了江洋大盜黑胡子的真實面目，黑胡子只得認裁，他不明白周新為何看破那一切，周新解釋落葉之謎。失蹤的少女和家人相認，有些只剩下尸骨，老百姓對周新做法深表感謝，周新又踏上新的征途趕往下一個州縣，莫文淵因碌碌無為被革職。段無極來到京城南京找紀綱狀告周新阻攔財路，紀綱在皇上面前說起周新破案之事，皇上打算當著文武百官的面夸獎周新，紀綱的目的是一箭雙雕，他清楚皇上最擔心的是建文帝。

皇上召回周新，周新向眾人談起案情的前后經過，皇上命他將黑胡子帶到京城詢問，還命周新對杭州的幾大名寺加以勘察，紀綱推薦段無極協助周新辦理，周新只得遵從皇命。周新返回處州押著囚犯黑胡子趕往京城，思琪想隨行時被他拒絕。周新途中收到杭州案情后趕了過去，小榔頭和衙役們押著黑胡子向京城走。

黑胡子背后中箭死在囚車里，紀綱向皇上說明周新被騙走的原因，皇上派紀綱動用錦衣衛在全國的幾個大寺院里搜查，是紀綱故意用假消息調開周新，紀綱派段無極在杭州名寺搜查并買回相中的那塊兒地。小榔頭端著點心給思琪送去，余人杰進門后找她單獨聊天。

余人杰感覺最近要出大亂子，段無極帶人從各大寺院搜出不少寶貝，湖邊的漁家住戶也被搜查。吳之問聽到府前告狀的百姓后悄悄從后門溜出，思琪女扮男裝看到后將情況告訴小榔頭。小榔頭不想讓周新知道情況，周新得知老丈人梁御史突然病重時趕回京城，吳之問來到時周新已經離開。

周新回京后見到岳父大人已經藥到病除，他明白回京之意，岳父勸他回京任職，但周新想繼續查案。錦衣衛的人在湖邊霸地占房逼得一些百姓無家可歸，有人無奈自殺，思琪來到湖邊了解情況，余人杰也跟隨前來。