蔡斯的秘密身份曝光，連超查組也加入到了抓捕行動之中，萊拉成為這次行動的聯(lián)絡(luò)官。但蔡斯太狡猾，超查組與綠箭小隊成員的幾次聯(lián)合行動都撲了空。奧利弗已不再披綠箭戰(zhàn)袍，僅是穿著防彈武裝服，配上黑色面具。標(biāo)志性的弓箭也不再使用，手里只有一把手槍。
作為市長，奧利弗受到媒體記者以及普羅米修斯受害者家屬的強烈質(zhì)疑。市政廳幾乎天天被記者包圍，奧利弗面對那些犀利的問題，有時都不知該怎么回答，只能以案件正在偵查中為借口敷衍過去。更難面對的可能是受害者家屬，讓連環(huán)殺手成為檢察官這的確是政府的失職，奧利弗難辭其咎。只有抓住蔡斯，才能向市民有所交待。
費莉希蒂仍必須求助于“螺旋”，只是她沒發(fā)現(xiàn)螺旋正在利用她達(dá)到不可告人的目的。費莉希蒂在不知情的情況下登陸超查組網(wǎng)絡(luò)，發(fā)現(xiàn)超查組的無人機(jī)系統(tǒng)正將蔡斯的行動軌跡發(fā)到某個探員的手機(jī)上。螺旋正是以此定位探員的位置，黑入電梯控制系統(tǒng)，導(dǎo)致電梯突然下墜探員身亡。而探員隨身攜帶的安全密鑰落入了螺旋的手中。
就在大家都以為是蔡斯的報復(fù)行為時，費莉希蒂發(fā)現(xiàn)了電梯控制系統(tǒng)中的秘密代碼，便知道是螺旋所為。她沒有聲張，而是自己去找了螺旋的負(fù)責(zé)人，阿萊娜。阿萊娜這才承認(rèn)自己真正目的，救出被超查組羈押的螺旋創(chuàng)始人凱登·詹姆斯。凱登是個前無古人后無來者的黑客，因非法入侵超查組網(wǎng)絡(luò)而被秘密關(guān)押。關(guān)押凱登的地點使用的是雙密鑰開關(guān)，還必須得到另一個密鑰才能開展救援行動。費莉希蒂原本不想卷入其中，但阿萊娜提出了交換條件，只要費莉希蒂幫忙救出凱登，就可以得到凱登被抓之前編寫的生物特性追蹤代碼。有了這段代碼，蔡斯就算逃到天涯海角，也會被搜索到。這讓費莉希蒂心動了。
萊拉也察覺到襲擊探員事件不像蔡斯的手法，以防萬一，超查組中持有安全密鑰的人都被安全隔離，只有一人還在趕來總部的路上。綠箭成員即刻上路前往護(hù)送，半路上發(fā)現(xiàn)有武裝份子已劫持了探員乘坐的車輛。黑金絲雀和蒙面奧利弗要打倒這幾個螺旋找來的雇傭兵并不困難，可隨后趕來的斯巴達(dá)阻止了奧利弗的行動，將手機(jī)遞了過來。電話里費莉希蒂請求奧利弗不要插手此事，雖然不知道原因，但奧利弗還是選擇相信費莉希蒂，讓雇傭軍取走探員的安全密鑰。
回到基地的費莉希蒂無疑會遭到萊拉的質(zhì)疑，而奧利弗和約翰在這件事上也并沒有站在她這一邊。顯然費莉希蒂把抓住蔡斯放在首位，而萊拉則更看重超查組的安全。在這樣的分歧下，費莉希蒂憤而離開基地，回到螺旋，完成接下來的營救任務(wù)。
奧利弗可能沒有想到綠箭小隊有一天會去阻止費莉希蒂，各成員分散在超查組總部周圍，時刻準(zhǔn)備螺旋來襲。哪知萊拉隱瞞了凱登的關(guān)押地點，凱登被關(guān)押在十九公里外的黑監(jiān)獄，而不是在總部。等黑監(jiān)獄發(fā)來遇襲警報，眾人才發(fā)現(xiàn)被自己人耍了。
萊拉確實沒想到螺旋如此神通廣大，居然會查到秘密黑監(jiān)獄的地點。費莉希蒂和阿萊娜各持一部平板，關(guān)閉監(jiān)獄設(shè)置的自動炮塔和激光防護(hù)網(wǎng)，余下的守衛(wèi)人員由雇傭兵解決。為了不再傷及人命，阿萊娜特意使用了橡皮子彈。黑監(jiān)獄里是堆積如山的集裝箱，用雙密鑰打開一個集裝箱，阿萊娜攙扶蒙著頭的凱登撤離。這時綠箭小隊趕到，費莉希蒂挺身擋在槍口前，并重新開啟了激光防護(hù)網(wǎng)。奧利費只有眼睜睜看著阿萊娜帶著凱登開車逃走。
因為超查組關(guān)押凱登未經(jīng)過任何法律程序，對外從未公開承認(rèn)，因此萊拉對費莉希蒂的行為也無法采取法律措施。可當(dāng)費莉希蒂再次來到螺旋時，發(fā)現(xiàn)已人去樓空。她和綠箭的關(guān)系讓阿萊娜不放心，只能選擇事成后離開費莉希蒂。不過阿萊娜沒有食言，提供了凱登開發(fā)的生物追蹤代碼?；氐交睾?，費莉希蒂顧不上理會奧利弗的反應(yīng)，迫不及待的運行代碼。屏幕上快速的刷新著各個方位，最后定位在一個地點，顯示蔡斯就在這里。正當(dāng)奧利弗和費莉希蒂詫異時，面前的服務(wù)器突然發(fā)生爆炸，將兩人重重的拋了出去。
基地完全失去了電力，一片漆黑。弗莉希蒂躺在地上無法動彈，奧利弗跳起來摸黑在四周搜索了一下，并沒有發(fā)現(xiàn)蔡斯的身影。他這才稍微定心，查看費莉希蒂的傷勢。費莉希蒂并沒有受傷，而是植入脊髓的輔助行走裝置失效，以致于雙腿失去了知覺。可以斷定，這次威力不大的爆炸是電磁脈沖，地堡里的所有電路因此受損，包括費莉希蒂體內(nèi)的輔助芯片?，F(xiàn)在面臨著很大的問題，地堡內(nèi)的電梯、安全門都無法使用，緊急出口也被焊死，再加上通風(fēng)系統(tǒng)停止運作，奧利弗和費莉希蒂都不知道能在這個幾乎封閉的地堡里支持多長時間。奧利弗覺得蔡斯此舉的目的并非是要置自己于死地，而僅僅是為了困住。這讓他不禁懷疑蔡斯在外面策劃著什么陰謀，最讓奧利弗擔(dān)心的就是自己的兒子威廉。
奧利弗和費莉希蒂被困在地堡里，無法向外界求救，只能自己想辦法脫困。奧利弗看了地堡的平面圖，打算從電梯井爬出去。費莉希蒂認(rèn)為蔡斯費盡心思布下這個圈套，不可能留下這么明顯的漏洞，其中必有陷阱。果然不出所料，一意孤行的奧利弗剛爬上電梯井頂部就被高壓電擊中摔了下來，腰上被突出的螺絲扎出了一個洞。費莉希蒂坐在輪椅上，幫著清理傷口，做了簡單的包扎。既然電梯井走不了，就只能采用費莉希蒂的辦法，利用奧利弗的摩托車發(fā)電，嘗試恢復(fù)核心控制模塊。但也不順利，受損的模塊在通電后反而過載，導(dǎo)致旁邊的甲烷輸氣管破裂，有毒易爆的甲烷嗤嗤的冒了出來。
看著破裂的管道，倒是讓奧利費想到可以從鋪設(shè)管道的通道逃生。重新調(diào)整了爆炸箭中的火藥量后，奧利弗將箭精準(zhǔn)的從通道大門通氣孔中射到大門后，即炸開了通道門，又沒有引爆甲烷。隨后奧利弗背著費莉希蒂拉著繩索慢慢下到管道通道。剛才的劇烈運動讓血不斷從傷口流出，又吸入不少有毒甲烷，再看到通道盡頭是個死胡同，奧利弗終于堅持不住，昏了過去。
此時在地堡外，約翰等人也發(fā)現(xiàn)了異常。柯蒂斯察覺地堡內(nèi)沒有電力，就猜到了原因。但也出現(xiàn)了一個問題，放在地堡內(nèi)的T形球受損無法收到他發(fā)出的指令。眼看著時間慢慢流逝，眾人不知道里面的情況萬分著急。雷內(nèi)試著用電焊切割電梯，差點被地堡內(nèi)噴出的甲烷火焰燒傷。見情況緊急，萊拉拿出了另一個T形球。在柯蒂斯詫異的目光中，萊拉不得不解釋，超查組還負(fù)責(zé)對新技術(shù)的監(jiān)視，所以才會仿制T形球，以便日后有所防備。約翰本來就對超查組非法拘禁有所不滿，如今看到超查組還盜取他人技術(shù)，更是不知道超查組到底還有多少見不得人的勾當(dāng)。
可現(xiàn)在不是追究這些事的時候，當(dāng)務(wù)之急是救出奧利費和費莉希蒂。T形球從通風(fēng)管道進(jìn)入地堡，撞開一堵堵圍墻后終于在地下通道內(nèi)發(fā)現(xiàn)了奧利弗和費莉希蒂。此時奧利弗的傷口已經(jīng)凝結(jié)，恢復(fù)了意識。但事情并沒有結(jié)束，柯蒂斯發(fā)現(xiàn)地堡里的發(fā)電機(jī)有保險設(shè)置，遭遇災(zāi)難性攻擊后會觸發(fā)防篡改保護(hù)，即強行恢復(fù)電力?；謴?fù)電力時，很可能會產(chǎn)生電火花，引爆地堡內(nèi)的甲烷。
事不宜遲，約翰、雷內(nèi)和蒂娜進(jìn)入通風(fēng)管道尋找奧利弗和費莉希蒂，柯蒂斯則試著入侵市政供電系統(tǒng)，為通風(fēng)系統(tǒng)供電，排出地堡的甲烷氣體。奧利弗背著費莉希蒂吃力的沿著通風(fēng)管道前進(jìn)，終于在豎井見到了前來接應(yīng)的約翰。
危險過去了，大家都松了口氣?？伤麄兌紱]想到蔡斯已經(jīng)找到了隱姓埋名生活在其他地方的威廉，另一場危機(jī)即將到來。
因大法官批準(zhǔn)重審蔡斯經(jīng)手的所有案件，大批重刑犯被獲準(zhǔn)保釋。這讓奧利費很頭疼，只好命昆汀派人監(jiān)視那些重獲自由的犯人，而最危險的犯人桑普森則由費莉希蒂負(fù)責(zé)。奧利弗邊走進(jìn)市政大樓，邊給昆汀安排任務(wù)。這時他接到特勤人員的通知，市長辦公室收到可疑木箱，寄件人叫西蒙·莫里森。西蒙·莫里森是蔡斯的真名，奧利弗相信他不可能使用郵寄炸彈這樣的低級手法，所以奧利弗不顧勸阻，直接撬開木箱。讓人吃驚的是，木箱里是一段混凝土方塊，中間赫然嵌著具干尸。黛娜根據(jù)牙科記錄查到死者叫亨利·古溫德，是名區(qū)議員，2002年失蹤，次年被批準(zhǔn)死亡。2002年蔡斯還未成年，那亨利、蔡斯和蔡斯父親賈斯汀之間有什么關(guān)系，還需要黛娜繼續(xù)調(diào)查。
西婭聽說蔡斯的真實身份后也趕回了星城，希望能給哥哥一些精神上的支持。但她和奧利弗都沒想到，已故的父親也會牽涉其中。黛娜從死者指甲下提取到DNA，經(jīng)匹配屬于羅伯特·奎恩。檢測報告里顯示包裹尸體的混凝土是由奎恩集團(tuán)的子公司生產(chǎn)，費莉希蒂對比周邊雜質(zhì)和02年奎恩集團(tuán)的建筑施工地圖，大致確認(rèn)了案發(fā)地點，就在廢棄的奧利弗公司。這個公司是羅伯特以兒子的名字命名，因毒氣泄漏，已關(guān)閉一個月。其他成員在監(jiān)視桑普森，只有斯巴達(dá)和蒙面的奧利弗前往調(diào)查。結(jié)果失足跌入陷阱，水泥不停的從噴泄口涌了過來。危急之下，黛娜和柯蒂斯只能放棄監(jiān)視，前往救援。獲救后的奧利弗冷靜思考后，確定蔡斯是在與桑普森合謀。調(diào)查發(fā)現(xiàn)桑普森已竊取大量化學(xué)品，正是賈斯汀研發(fā)的生化武器材料，現(xiàn)在還差一樣最關(guān)鍵的原料，環(huán)三氮烷。
黛娜和柯蒂斯繼續(xù)追查桑普森，昆汀和雷內(nèi)則查到亨利議員在失蹤前最后見到的人是律師達(dá)倫·考夫曼。達(dá)倫與是蔡斯父親賈斯汀的代理律師，或許這就是兩者之間的關(guān)聯(lián)。達(dá)倫被請到市政大樓會議室，奧利弗和西婭以非正式的方式與他見面。哪知蔡斯早知會有這次見面，事先給了達(dá)倫一個U盤轉(zhuǎn)交給奧利弗。U盤里是父親羅伯特的罪行，奧利弗不想和蔡斯再玩這種心理游戲。
這時費莉希蒂打來電話，黛娜和柯蒂斯在生產(chǎn)環(huán)三氮烷的化工廠發(fā)現(xiàn)了桑普森。在奧利弗前往抓捕時，西婭打開了U盤，想看父親到底是什么樣的人?；S的行動失敗，桑普森搶走了所需的化學(xué)品。奧利弗沮喪的回到辦公室，看到的是西婭悲痛的臉。U盤里正是父親與亨利發(fā)生爭執(zhí)，亨利意外墜入水泥澆灌立柱的監(jiān)控錄像。父親的形象在西婭心中崩塌，奧利弗卻無從安慰。而在費莉希蒂的勸說下，奧利弗擺脫了父親的陰影，決定重新披上綠箭戰(zhàn)袍。
費莉希蒂從環(huán)三氮烷釋放出的氣體追蹤到桑普森很可能就在帕爾默科技大樓，斯巴達(dá)和卓越在大樓底層見到綠箭回歸，都是精神一振。此時黑金絲雀和野狗在樓頂發(fā)現(xiàn)了桑普森，在通往樓頂?shù)臉翘蓍g，綠箭與普羅米修斯狹路相逢。綠箭單獨留下對付普羅米修斯，斯巴達(dá)和卓越繼續(xù)上樓協(xié)助黑金絲雀和野狗解除即將引爆的生化炸彈。
蔡斯這么做的目的，就是為了緬懷自己的父親，證明自己和奧利弗是同一類人，都是殺人犯的兒子?？蓨W利弗說出了一個讓他無法接受的事實，賈斯汀曾找達(dá)倫商量解除與蔡斯的父子關(guān)系。原因并在于蔡斯是私生子，而是他也察覺到蔡斯是個瘋子。蔡斯與奧利弗并不相同，羅伯特以兒子為榮，賈斯汀卻以兒子為恥。聽到這話，蔡斯心灰意冷，棄械投降。
蔡斯被關(guān)進(jìn)了超查組的牢房。奧利弗也毫不隱諱的在記者發(fā)布會上承認(rèn)了父親羅伯特的罪行，并希望自己有機(jī)會彌補父親的過失，建設(shè)更美好的星城。