陳獨秀獨自坐在房間的椅子上，點燃的煤油燈一直照耀著他嚴肅的臉龐。清晨，起來的延年拿起一捧米喂給鴿子，看著父親的房間掃著地。陳獨秀光著腳衣衫不整的躺在桌子上熟睡，手里緊握的稿子寫的是《研究室與監獄》，對社會文明的存在和發展發起了尖銳的探討。
李大釗站在街上進行宣講，天津和上海的學生實施罷課以支援北京學生運動，北大學生要求嚴懲賣國賊，青島不簽字，不接受胡仁源出任北大校長，并立志非允后不散。北洋政府暴力鎮壓學生運動的暴行激起了人民群眾的極大憤慨，北京數十家高校師生及工人、商人等各階層群眾紛紛發起游行，五四運動迅速蔓延，像一座座火上在全國各地爆發。
代理教育總長傅岳棻和吳炳湘等著錢能訓，上海已經出現了三罷，且歐洲巴黎東京都已出現了大規模的抗議活動，各外國勢力都在要求北洋政府馬上控制局勢。段祺瑞要求想盡一切辦法務必穩住北京的局面，徐世昌決定撤離步兵、憲兵等軍隊，由京師檢察廳全權負責北京的治安。吳炳湘對此頗有微詞，軍隊都不在了光靠警察有何用，但事已至此，傅岳棻要求釋放被捕學生并且軍警不得再摻和學生的事情。為此，吳炳湘又和傅岳棻嚷嚷了起來，錢能訓氣憤地阻止了二人的爭執，讓他們馬上去處理各自的事務，吳炳湘拿著裁撤軍隊的命令無奈地嘆著氣。
徐世昌發布總統令，宣布釋放被關押的學生，并撤離所有警察。但看著被打開的房門，學生們無一人走出。北京學聯向全國發出電文，政府如此無理關押愛國學生，蔑視人權，這樣何以為國，他們決不能自行散去，他們要求罷免曹汝霖、章宗祥和陸宗輿，如此他們才會走出“監獄”。面對學生的要求徐世昌召開會議，眼下巴黎中國代表團的駐地已被圍得水泄不通，再不釋放學生，代表團的成員恐怕就會被當作賣國賊被圍攻。錢能訓提出不能因為這么幾個人而不顧大局，徐世昌看著眾人紛紛響應錢能訓的提議，這才慢吞吞地要副總統代為向學生致歉，并發布了對曹章陸三人的罷免令。學生們得知曹章陸三人的罷免命令，高呼中國學界萬歲的口號，慶祝他們獲得的勝利。
陳獨秀同李大釗、胡適、魯迅等人在編輯部喝著茶，談起學生運動和巴黎和約，魯迅提出是時候打掉國民性中逆來順受的奴性，但胡適卻認為第一要務是上課，愛國和救國應是長久之計。陳獨秀對此深為不認同，他打斷這一話題，提起《新青年》下一步的打算。眾人皆覺得應該趁熱打鐵拒絕簽訂巴黎和約，如此腐朽的政權應該和他斗爭到底。但胡適卻不主張暴力革命，與眾不同的想法讓他和編輯部的同仁已是接任不同。
陳獨秀和李大釗提起要考慮胡適的感受，不要對他太過批駁讓他覺得受到孤立，李大釗只是將胡適當做自己人所以才直言以對。陳獨秀和李大釗對馬克思主義已經有了一定的傾向，二人對馬克思主義有了進一步深入地認識和理解。但中國目前還尚未有全部的馬克思主義著作，他們決定將現有的資源同中國的實際相結合，李大釗越來越肯定馬克是主義是中國的唯一出路，更覺得俄國十月革命是先進的革命，它是無產階級社會主義的革命。列寧認為社會主義革命可以在帝國的薄弱處爆發，李大釗深以為然，覺得像中國這樣積貧積弱的國家也可以走社會主義道路。
陳獨秀邀請李大釗和胡適來家中吃飯，延年拿著鄒永成將軍送來的兩壺酒，陳獨秀倒出酒來想和他們慶祝學生被釋放，五四運動獲得勝利的喜悅。喬年氣憤地看著延年進去和父親、先生一起吃飯，未成年的自己卻要和弟弟妹妹們坐在院子里吃飯，抗議這也是封建禮教。陳獨秀拿出自己編寫的《北京市民宣言》，交由延年進行念讀，提出五條宣言，要求民眾擁有集會自由等權益，陳獨秀就此要將學生運動拓展為社會運動，并要公開宣稱若政府不同意便將斗爭進行到底。李大釗對此當然是非常高興，更是提出自己要親自上街去發傳單。胡適勸他已經是北大的青年導師，不必做這些自毀學術前程的事情。三人的思想矛盾已經越來越大，胡適自知和陳李二人的想法已漸行漸遠，喝得大醉的他推開眾人獨自踏上回家的路。李大釗知道陳獨秀已不再方便出面，對于這篇宣言的印發他決定由自己全權負責。
延年跑來認真地詢問陳獨秀是否會去發傳單，陳獨秀回復他自己已經安排好一切，并囑咐他不用做任何事情。張豐載看出了傳單中陳獨秀的字跡，他提出要吳炳湘馬上派出警察對發傳單的人進行抓捕，目標直接鎖定陳獨秀。
李大釗準備好要發的傳單和要穿的衣裳，看著懷表默默地坐著等待著時間的到來。易群先即將離開北京，臨行前向陳獨秀辭別，陳獨秀將自己曾在杭州寫下的詩送給易群先，意在表達作為革命者就要不害怕失敗，始終保持不屈不撓的意志，易群先收下詩詞感念先生對自己的勉勵。
天橋新世界游藝場內，陳獨秀和高一涵喝著咖啡，等待著李大釗等人來撒傳單，按計劃他們撒完傳單就會到紅樓圖書館匯合。李大釗和鄧中夏、趙世炎等人走入游藝場內的戲院，安排好了各自的位置就行動起來。陳獨秀和高一涵站在二樓準備撒傳單，高一涵叮囑陳獨秀不要在二樓撒傳單，這樣目標太過明顯不安全。陳獨秀說著明白，就讓高一涵先下樓去，自己隨后就到。
李大釗也登上戲院的二樓，陳獨秀緩緩打開裝著傳單的包裹，戲曲鼓點一陣陣急促地奔向高潮，英雄氣短，但必須為所當為之事。陳獨秀和李大釗將傳單揚起，并高喊要抵制簽訂巴黎和約，堅決驅逐賣國賊出京。在外圍盯著的學生看著跑來的警察趕緊進來報信，并拉著李大釗離開躲進了演出的后臺。陳獨秀淡定看著張豐載帶著的警察上樓來，絲毫都沒有要逃離的念頭，就此，陳獨秀被捕入獄。
延年和柳眉白蘭等人在北大找尋了一通都沒有找到陳獨秀，卻等來了陳獨秀破壞社會治安的拘捕令。面對警察的囂張氣焰，君曼絲毫沒有退縮，她將孩子們護在身后，冷靜地面對著警察的搜查。延年跑來向李大釗報信，陳獨秀被捕李大釗就是下一個抓捕的對象，高一涵力勸讓他回老家避避風頭。陳獨秀是社會名流政府并不能將他怎樣，但李大釗情況特殊，在眾人的規勸和拖拽下李大釗總算是離開了北京。
陳獨秀帶著手銬腳鐐被警察拖來吳炳湘的面前，吳炳湘佯裝生氣大怒他們如何能用這樣的方式對待社會名流和新文化的領袖，并親自蹲在地上為陳獨秀解開腳鐐。陳獨秀是因為愛國而被捕，他的被捕已成了報紙報刊的頭條，吳炳湘聲稱自己已經做好了一切準備，他既然能把陳獨秀請到這里就不會半途而廢。陳獨秀提出自己在監獄里也要讀書和寫作，即使不發表也可以。吳炳湘說這監獄里沒有名字，他以后就只能被稱為178號。
鄧中夏將孫中山同徐世昌、段祺瑞的代表會談時說的話傳達給眾位學生，對于徐世昌和段祺瑞的無恥行為孫中山十分氣憤，學生們也就此提出抗議政府無端抓人，立即釋放陳獨秀的要求。回到來家的李大釗心中十分記掛陳獨秀的情況，他每日都找來報紙閱讀關注著北京的動態。磨墨提筆，李大釗致信鄧中夏感激學生們對陳獨秀的營救，并再次強調了要實現強迫政府拒簽巴黎和約的最終目的。
胡適叫來編輯部的同仁商討對策，他提出由自己暫時來承擔《新青年》和《每周評論》的主編，但錢玄同、魯迅等人都認為《新青年》只有陳獨秀可以領導，現下先行暫停出版。至于《每周評論》則可由胡適暫時擔任主編，繼續辦下去。
全國各地都在積極開展營救陳獨秀運動，上海已經成為全國運動的中心，李大釗來信提議將全國學聯設立在上海，以此可增強學生運動的影響力。各地學子都匯聚北京，巴黎和會的簽字時間即將到來，北洋政府已經電告巴黎表示若抗議無效就在合約上簽字。北京巴黎兩地將聯合行動，各省請愿代表隨后將到總統府請愿，巴黎也將有三萬華人包圍中國代表團駐地和陸征祥住所，不達目的決不罷休。
錢能訓對于陳獨秀被捕一事實在是不能再承受，學生運動已成洪水猛獸，這已經不是他們能夠阻止的了。徐世昌感嘆這世道是要大變了，秀才造反了也會攪得天翻地覆，錢能訓告訴他，陳獨秀他們是要用外國的理論來改造中國，他不清楚這是什么理論，但他知道自己已經落伍，若能急流勇退還能抱有一絲顏面，但若死扛到底就只能遺臭萬年了。錢能訓哭著拿出辭職信，他懇求徐世昌饒了自己。徐世昌收下了辭呈，讓他離去保自己的顏面，隨后揚天長嘆自己已是難以脫身，只能遺臭萬年了。
1919年6月27日北京城內諸多請愿代表要求北洋政府拒絕在合約上簽字，講過兩天一夜的斗爭，28日晚徐世昌被迫接見了實名代表，陜西代表屈武以頭撞地，以死抗爭，史稱“血濺總統府”，徐世昌被迫接受學生的要去。
周恩來等人帶領著天津學界進京進行請愿，如愿以償的他們回到休息處很是高興，但同時天津學界沒有統一的一個組織，女協得到通知晚了差點沒能趕上集會。周文來提出要將學聯和女協的優秀學生匯集到一起，成立一個更為嚴密的組織同時出版一個刊物以成為天津學界的思想引領，并為這一組織起名為“覺悟社”。
巴黎，代表團們聽著樓下華人的怒吼，法國人對中國人如此血性都刮目相看，華人們甚至阻止起敢死隊聲稱要用三個人的命換一個大使的性命。而樓上的代表們都很想沖下樓去，也說出他們自己內心的真實想法。
1919年6月28日，在全中國人民的堅決抗議下，中國代表團拒絕在巴黎和約上簽字，這是中華民族偉大覺醒的一個重要標志。中日兩國也簽訂了協約，山東問題得到了一定程度的緩解，但日本在山東仍然占有很大的權益。
湖南長沙，毛澤東光著腳站在水桶中，汗流浹背的印刷著《湘江日報》的文稿，他認真地念著創刊號的文章，滿手油墨一身汗的他，十幾天內一人編輯、排版、印刷，將創刊號全部完成。他念及陳獨秀為了喚醒民眾意識不惜入獄，只覺得自己的這點犧牲根本不算什么。他讓會員們將創刊號加緊印刷出來，好發到各個學校中去宣傳。1919年青年毛澤東在長沙組織湖南學聯和救國十人團，深入社會、街頭進行演講，廣泛發動群眾掀起拯救陳獨秀的活動。他指出陳獨秀是中國思想界的明星，科學和民主的大旗不會倒下，新文化的思潮更會越發閃耀。在天津，同為青年的周恩來也在積極發表有關營救陳獨秀的文章，力求動用全社會的輿論力量來拯救這位新思想的領袖。
吳炳湘端著煤油燈給陳獨秀送來，私下他還是得尊稱一聲陳教授，還將陳獨秀入獄后的報道交給他，現在他們二人簡直成了新聞報道的主角。吳炳湘同陳獨秀聊起這報道中的虛虛實實，并旁敲側擊的提醒陳獨秀小心被捧殺。陳獨秀看著《湘江評論》中毛澤東的文章，笑著說以后或許就是像毛澤東這樣的青年會推翻舊社會的封建，他對于斷頭流血尚且不怕，更何況是吳炳湘的威脅。陳獨秀拒絕了吳炳湘提出的同警察廳合作的建議，聽著陳獨秀豪邁地唱著蘇軾的《定風波》，碰了一鼻子灰的吳炳湘只好帶上帽子離開。
陳獨秀每天泰然自若的在監獄中徘徊思索，筆耕不輟地寫著文章，一個有信仰的人是不會輕易向現實磨難妥協的。君曼帶著一摞書同孩子們一起來獄中探望陳獨秀，對丈夫深為了解的君曼還悄悄為他拿來了馬克思主義的書籍。現在全國人民都在為了營救陳獨秀而努力，但獄中的陳獨秀只每天認真地讀書寫作，可看著胡適接手后的兩期《每周評論》報刊，陳獨秀怒斥這簡直就是杜威的研究專刊，國內和國際事態的研究板塊也全然沒有了，憤怒地陳獨秀要求立刻將胡適叫來，自己要見他。
胡適來見陳獨秀，看著憔悴地陳獨秀，胡適撇過頭將眼中的淚水擦干，但陳獨秀一臉地冷漠只將寫好的詩贈與吳炳湘，而詩的背面卻寫著“諸惡莫作，眾善奉行”。胡適的孩子已經滿百日，但陳獨秀身陷囹圄沒能到場慶賀，為此他也很是愧疚。陳獨秀同胡適談論起《每周評論》的情況，胡適解釋吳炳湘一再威脅和強調若再出現言辭尖銳的政治導向型文章，就要立即停刊還要加重對陳獨秀的罪行，他不得已只能改變報刊風格。陳獨秀覺得現在最要緊地就是要鼓動群眾大力發展五四運動，以此來喚起民眾的思想，胡適卻覺得清談誤國，李大釗和胡適的思想已經出現很大的分歧，眼下李大釗是俄國派，胡適是美國派，而陳獨秀現在也已經傾向于俄國派，他主張對此問題開展辯論。胡適同意，但他現在和李大釗已經是對立的，問起陳獨秀的立場，陳獨秀起身摘下墻上的黃紙，說著也要給胡適寫一幅字。
延年收拾行李決定去找李大釗救父親，柳眉也要一同前去，但延年拒絕了她并要她盡快回去上海，陳家現在的情況對她已無任何好處，甚至還會連累她的家人。柳眉沒有說話轉身離開，延年來不及吃飯就提著行李趕往車站。河北，李大釗幫著家里耕地，農民們趕上了豐收，卻仍舊是吃不飽飯，甚至只能平時少吃點，艱難時候竟然得出去要飯，農民們覺得這當牛做馬就是他們的命，但李大釗卻說道命要自己來定。延年提著行李來找李大釗，平時同父親鬧得不可開交，關鍵時候卻還是血濃于水。李大釗告訴延年，陳獨秀的事情是雖有遠慮但無近憂，他現在成了三方勢力爭奪的焦點，他人在監獄還能少些是非麻煩，倒也是好事。現如今鄧中夏等人通過學聯引導了社會的輿論，營救陳獨秀的事情很快就會有眉目，很快趙世炎等人也會來到李大釗的家中，他們又能一起為五四運動和新文化運動做出貢獻了。
京師警察廳召開記者會，對陳獨秀在獄中的情況進行了匯報，吳炳湘對陳獨秀在獄中的特殊優待進行了大肆宣揚，聲稱陳獨秀甚至在獄中胖了四斤，但立案偵查期間陳獨秀仍舊不能接受采訪，也不能發表文章。河北韓文公祠內，李大釗帶著學生們一起來參觀并為他們講解了韓愈的生平。他對于外人評價他為批儒大師的稱呼很不認同，他非常尊崇儒家的教育，甚至就住在韓文公祠內，對于韓愈慷慨陳詞的文章更是深有感觸，他所批駁的只是腐朽地孔教三綱。眾學生就此在李大釗的落腳處幫忙收拾起來，燒火做飯很是熱鬧。
蔡元培已放棄辭職，警察廳也未找到陳獨秀的具體罪證，過幾天陳獨秀就能出獄，巴黎和約拒簽后全國學聯也已經決定結束罷課，暑假結束后就正式開課。南北兩個政府的和談雖然不太樂觀，但五四運動已經喚醒了全體中國人民的意識，外媒紛紛評論東方巨獅已經覺醒。李大釗高興地拿出酒來，慶祝五四運動的全面勝利，隨后就坐下來和同學們討論起五四運動究竟偉大在什么地方的問題。