中宗得知皇后下令要求長今做長今寧死也不愿意做的事情，便下令任命長今為中宗的主治醫官，引起宮廷軒然大波。閔政浩與長今準備搭船離開時，副官和右議政快馬加鞭趕來，阻止閔政浩去路，右議政對閔政浩曉以大義，希望閔政浩和長今都回到宮廷，而且要求長今拒絕皇上的任命，閔政浩卻堅持希望長今接受中宗旨意，唯有這樣長今才是做原來的自己，當長今接受中宗的旨意，果然朝廷一片混亂，眾多儒生群起反抗，中宗卻堅持己見，不愿意改變心意，連生被太后和皇后叫到中宮殿，太后厲聲責問連生為甚么安排中宗與長今單獨對談之事，連生一時心急緊張不安，引起早產，幸好長今細心照料連生度過生死難關順利產下小公主，宮中洋溢一片喜悅……

慶源大君突然生病，高燒不退，引起內醫院一陣驚慌，而長今堅持婉拒擔任中宗的主治醫官，閔政浩對長今如此輕易放棄感到遺憾，此時京城已經開始傳出痘瘡病癥，長今深入乞丐的住處，愿意一個人和患有痘瘡的小朋友被隔離在茅屋，專心替孩童治病，內醫院稟報中宗和皇后，慶源大君的癥狀正是痘瘡，皇后痛哭流涕，親自出宮找尋長今，此時雖然長今已經治好痘瘡的孩童，但是并不知道確切的病因，奉皇后之命回宮之后，與所有內醫院醫官和醫女一心一意同心協力，治療慶源大君，慶源大君終于康復，完成困難的使命，皇后對長今另眼相看，對過去自己所犯下的錯誤請求原諒，而中宗也不顧朝廷眾臣反彈，執意要任命長今為從六品主簿……

中宗執意命長今為主治醫官，引起宮內不小波動，不只朝廷眾臣議論紛紛，太后娘娘甚至在大殿門口跪席待罪，中宗無法承受不孝的罪名，答應太后收回任長今為主治醫官的成命，但是對于自己的懦弱和無能甚為感嘆無奈，由于中宗心事繁重憂心忡忡，因此長今時常勸中宗要如何打開心門，將自己內心的苦悶向最信任的人傾訴，中宗和長今接觸頻繁，太后認為既然中宗喜愛長今，就應該立即封長今后宮牒紙才是，消息傳出，長今再次陷入無盡的痛苦深淵，立即求見皇后娘娘，希望皇后娘娘了解自己的心意不要下賜后宮牒紙……