艾米莉X記得，1984年自己和母親外出度假，用假名貝琳達入住旅店，還給自己編了個可信的背景故事。從那時起，她在潛移默化中學習如何偽裝自己。艾米莉有著相同的童年，如果猜得沒錯，應當會把機密資料藏在那里。循著童年的腳步，艾米莉X來到度假區湖邊的小教堂，在磚墻的空隙中找到了包裹嚴實的文件袋。文件袋里除了波茨坦學校，還有一個叫奧斯曼的檔案。
就在艾米莉X前往度假區的同時，伊安將找到的旅行箱送到了電氣專家莫里茨的工作室。莫里茨擺弄兩三下打開了箱蓋，卻驚出一身冷汗，里面是管理層專用的通話器。據說，管理層成員從不呆在同一個地方，都是通過這種通訊器相互聯系。如果被人知道此事，后果不堪設想。伊安可管不了這許多，讓莫里茨先自行研究，晚些時候他再來了解情況。可等伊安再回到工作室時，莫里茨已遭毒手，旅行箱也不知所蹤。一群人沖進來將伊安按倒在地，詢問箱子和米拉的下落。
管理層最擔心的事還是發生了，米拉的殺手奧斯曼已得到通訊器。米拉也找到了艾科，最后一塊拼圖就在這里，米拉命令奧斯曼將盒子送到艾科。奧斯曼拎著旅行箱匆匆離開公寓，前去與米拉碰頭。早已等候在樓下的艾米莉X發動車輛，悄悄跟了上去。
被囚在艾科的霍華德渾然不知外面發生的事情，躺在冷冰的水泥地上整整一晚都沒人理會，還是奎爾X提過來的一杯咖啡讓他感覺到一絲暖意。這里的大部分人都不喜歡霍華德，或者應當說是霍華德X。
今天，亞尼克開始研究霍華德，尋找兩個世界的霍華德是在何種條件下產生了分岔，有了不同的生活。這也正是霍華德在尋求的答案，他沒有反抗，詳細的描述了自己的生活，幾乎有問必答。亞尼克發現分岔點在二人對待父親的態度上。14年前，他們的父親輸了一大筆錢。霍華德X替父親還償債務后，將他遺棄在機場。而霍華德卻按捺真實的想法，繼續贍養父親，直到父親病危去世。這就是說霍華德X從虛偽和謊言中解脫，才有了今天的發展。霍華德則背負著生活的壓力，碌碌無為。
另一邊的世界里，霍華德X已策劃一起針對蘭伯特的刺殺。實際上，自從埃德加出事后，蘭伯特就開始懷疑有人走漏了消息。這次經過測試，確定是克萊爾。雖然不清楚是克萊爾自動告密，還是被竊聽而不自知，但無論哪種情況，一旦被靛青知道克萊爾不可靠，蘭伯特作為聯系人同樣會受牽連。為此，蘭伯特冒險在菜場找到克萊爾，要求克萊爾盡快向組織解釋。可他沒想到，自己已踏進了霍華德X布下的陷阱。
蘭伯特暫時沒有泄露此事，讓克萊爾松了一口氣。離開菜場后，她立刻通知了霍華德X。霍華德X隨即指揮雷米、桑德琳和巴恩斯實施綁架，這一套流程他們已是輕車熟路。雷米等人抓蘭伯特是為了交換自由，霍華德X則有自己的目的。把蘭伯特押到安全屋后，霍華德X偷偷往鮑德溫的手里塞了把小刀。
等其他人離開房間，鮑德溫割斷手腕上的束線帶，從椅子上站起身，走向被綁縛著手腳的蘭伯特，割開了他的喉嚨。剛想逃走，屋外三人聽到動靜沖了進來。鮑德溫不得不痛下殺手，倒無意中替霍華德X解決了隱患。
此時，克萊爾正在蘭伯特的藏身處清理檔案，取走所有影子特工的資料。玄關里擺著兩雙一模一樣的皮鞋，并未引起她的注意。回到家后，她找到自己的資料，丟進壁爐。其中還有一枚U盤，她好奇的插上電腦，聽到一段錄音。錄音來自于“教主”亞歷山大，克萊爾這才知道自己的父母并非死于流感，而是米拉下的毒手。目的正是為了讓她進入學校，用于日后的影子任務。這時，鮑德溫打來電話，任務已完成。
終于安全了，在辦公室里魂不守舍的奎爾接到妻子的電話后，懸著的心總算放了下來。辦公室外的霍華德X隔著玻璃看到奎爾發來的暗號，也是心領神會。晚上回到家，霍華德X發現艾米莉并不在家里。
沒過一會，艾米莉開門進來，她是到圖書館還書去了。那本《鐵皮鼓》已借了很久，艾米莉還書時意外得知自己借書卡的名字使用的是貝琳達。而且還有件奇怪的事，這本書自己借過多次。從記錄上看，只有兩個人借這本書。另一個人還要求書歸還時，及時通知他。
艾米莉好奇的留在圖書館，等到了另一名借書人。沒想到會是這個世界的蘭伯特，兩個蘭伯特一起在兩個世界兜售情報，艾米莉就曾是他們最大的客戶。不過此刻蘭伯特有些不安，另一個蘭伯特失蹤一直聯系不上。他給了艾米莉一個聯系方式，希望艾米莉有任何消息就知會一聲。
艾米莉回家時，想把今天發生的事告訴霍華德X。但霍華德X對她獨自外出火冒三丈，咄咄逼人的態度使得艾米莉退避三舍。到了深夜，艾米莉偷偷出門聯系了雅娜，將蘭伯特抓到了戰略部。第二天清早，奎爾一身輕松的來上班。但雅娜領著他見到被關在雜物間里的蘭伯特時，瞬間像是跌進了冰谷。
蘭伯特被捕讓奎爾忐忑不安。他單獨來到關押蘭伯特的雜物間，支開看守。蘭伯特從他像是見了鬼一般的眼神中就可以斷定，另一個蘭伯特必定是被奎爾和克萊爾聯手殺害。他開出條件，要讓他替克萊爾保密，需要200萬歐元。當然，這是給奎爾的報價。對于想查出靛青和影子特工的雅娜，他開出相同的報價。先到者先得。
雅娜已從艾米莉口中得知奧爾德里奇并非影子特工，而是名女性。她已決定向財政部申請該筆巨額情報費。奎爾靈機一動，以不能牽涉到其他部門為由，游說雅娜以戰略部多年來收繳的走私珠寶支付給蘭伯特。雅娜略加思考，覺得在敵我不明的情況下，的確不宜讓其他部門知曉蘭伯特的事，便同意了奎爾的建議。
奎爾把霍華德X叫進辦公室，嘴上說著到沒收物品部領取一定數量的寶石，手里卻寫下蘭伯特的關押地點和沒收物品部存放收繳槍支的地點。霍華德X心領神會，來到沒收物品部，趁著管理人員小心翼翼稱量寶石時，偷偷從貨架下取走一把手槍。
奎爾在辦公室焦急等候消息，雅娜突然想向蘭伯特確認幾個問題。當雅娜和提心吊膽的奎爾來到戒備森嚴的雜物間時，發現幾名看守額頭中槍死于非命，室內的蘭伯特也未能幸免。
整座大樓響起警報聲，出入口全部封閉禁止人員進出，大樓內也是三步一崗五步一哨。霍華德X將手槍塞進男廁所水箱后，然后平靜的回到辦公室，接受全面檢查。奎爾找了個機會與霍華德X交流幾句，這才知道霍華德X到雜物間時，看守已經死亡，殺死蘭伯特的另有其人。
為了公平起見，雅娜和奎爾的辦公室也要接受檢查。隱藏在墻壁內的保險箱打開后，奎爾驚訝的看到，放在里面的磁帶不見了。隨后沒收物品部報告，有一把手槍失竊。雅娜單獨找到霍華德X，在她的眼里，霍華德X就是那個一無是處，靠著老婆艾米莉的不幸，才得以從界面部晉升到戰略部財務處的小人物。她自從知道奎爾誣告奧爾德里奇后，就不再信任奎爾。現在她斷定是奎爾采用了什么威脅手段，強迫霍華德做出這種事。
雅娜特意安排了間沒有監控的審訊室，讓奎爾和霍華德X自己商量認罪條件。聽到奎爾竟然愚蠢的錄了段認罪錄音，霍華德X不由得火冒三丈。萬事不足，敗事有余的家伙。從目前的情況來看，很可能是雅娜拿走了錄音。要解決此事，只有奎爾自行了斷，反正男廁水箱后有把上了膛的手槍。
給克萊爾打過電話后，奎爾沖進男廁，可最終還是沒有勇氣扣下扳機。雅娜和她的手下正在大樓內搜捕奎爾，此時一直默默無聞的秘書密拉現身。她是潛伏多年的影子，奎爾的錄音也是被她銷毀，因為奎爾至關重要。密拉為了靛青甘愿自我犧牲，用奎爾手里的手槍朝著自己的腦袋開了一槍，擔下所有罪名。密拉就取代克萊爾，成了艾米莉口中的女性影子特工。
在另一個世界，伊安垂頭喪氣的坐在椅子上。他原名威斯利，來到這個世界十年有余。剛來時迷茫心碎，成天為生計奔波。是管理層給了他新的身份和生活，以得到他的忠誠。現在管理層要求伊安找到并帶回艾米莉X，否則就收回他的生活。
跟蹤奧斯曼來到艾科的艾米莉X打電話給伊安，始終無人接聽。實在等不到后援，她只能單槍匹馬沖進大門洞開的艾科。此時，米拉和她的雇傭軍已在內應的協助下沖進這所地下監獄大開殺戒，救走了她的父親亞尼克。艾米莉X四下尋找，總算找到了霍華德，所幸并未受傷。
實際上，亞尼克一直以來就是名囚犯，甚至可以說是艾科的第一名囚犯。在被米拉救走前，他告訴了霍華德一個驚天秘密，他就是產生兩個世界的原因。
事情還要從1987年的東德說起，當時還是社會黨資深黨員的亞尼克負責政府的一個機密研發項目，光源同步加速器。他的家庭在東柏林還算衣食無憂，唯一讓他不放心的是兒子萊納。萊納是名反政府份子，經常偷偷散發革命傳單。為了兒子不受迫害，亞尼克與西德間諜達成交易，偷取項目研發資料，換取全家前往美國的機會。可他如此的犧牲，仍被不懂事的兒子視為政府的走狗，只有女兒米拉跟他最貼心。
在同事們相繼下班離開后，他獨自進入地下試驗室，拍下所有運行數據。就在他忙于拍照時，沒有注意到電腦屏幕上跳出的報警信息。未及時退出的錯誤程序繼續強制執行，同步加速器產生量子糾纏，打開了一個通道。當他詫異的走進通道時，對面走來另一個滿臉驚恐的亞尼克。
如果當時立即封閉通道，亞尼克的生活就會按照事先計劃的那樣，全家平安抵達美國生活。可作為一名科學家，好奇戰勝了恐懼。他戰戰兢兢的與對方談話，意識到存在兩個世界后，亞尼克決定推遲逃離東德的計劃。
第二天，亞尼克以設備檢修為由，關閉了試驗室。沒有其他人的干擾，兩個亞尼克對現狀進行深入研究，還相互參觀了對方的世界，發現一模一樣，毫無二致。參觀之后，二人在通道內碰頭，手里都拿著從對方世界買的一盤磁帶。他們心意相通，都想到給愛聽音樂的米拉這份禮物。奇怪的念頭在他們的腦海里浮現，其中一人砸碎了磁帶。一個世界的米拉收到了禮物，另一個世界的米拉則沒有。這就像試驗中的控制組和參照組，亞尼克想看看會有什么影響。也就是從那時候開始，兩個世界出現了不同。兩個亞尼克將各自的世界引領上不同的道路，無法回頭。
作為試驗的一部分，亞尼克挑選了幾個人來到試驗室，向他們展示了另一個世界的存在。他們分別是經濟學家馬丁，免疫學家朱馬，環境科學專家伊瑟，行為科學專家沃克爾。兩個世界的學者見過面后達成一致，進行一次史無前例的對比試驗。
最初的研究很有成果，各個方面都有指數般的進展。然而一天深夜，東德警察闖入，強行逮捕萊納。亞尼克和妻子極力阻止，在屋里聽著磁帶的米拉好一會才察覺客廳的動靜。等她打開房門時，才看到被警察按在地上的萊納癲癇發作，口吐白沫奄奄一息。再打電話呼叫救護車，一切都已太晚。
亞尼克覺得是自己害死了兒子，沮喪的回到試驗室。他想安慰可能有著同樣命運的另一個亞尼克，卻發現在那個世界的萊納得到了及時的搶救，因為米拉不在聽音樂。首個差異產生了，一個家庭幸福的生活著，另一個家庭卻因兒子的意外身亡徹底破碎。
幾年后，柏林墻被推倒。亞尼克等人找了幢廢棄多年的能量中心辦公大樓，擴大團隊，招募員工和安保，成立一個新的通道研究所。他們還建立起一套完整的保密制度，確保工作人員不明白自己研究的到底是什么。
工程有條不紊的進行著，因失去兒子而悲傷的亞尼克卻選擇了背叛，悄然涉足另一個亞尼克的生活，安慰內心的寂寞。人性的惡毒顯露出來，亞尼克開始認識到一個問題，同樣的個體存在差異后，會從本能上產生侵略性，以達到平衡。為此，他私下里要求免疫學家朱馬，研制一種針對另一個世界的病毒，以防入侵。
矛盾最終爆發，亞尼克跟在亞尼克X后面回了家。那晚，妻子兒子女兒都有各自的活動不在家。亞尼克把自己的不幸歸咎到亞尼克X砸碎了磁帶，亞尼克X則挑明已經知道亞尼克冒充自己尋求慰藉的事，但他并不介意，畢竟都是試驗的一部分。這些話在亞尼克聽來，卻成了另一種意思，像是在憐憫、嘲笑。沖動之下，亞尼克痛下殺手，正被提前回家的米拉撞見。
發生此事后，亞尼克明白試驗失敗了，發生在自己身上的事，遲早會發生在其他人身上。一方必然會毀掉另一方，除非關閉通道。其他人在商量后，決定把亞尼克送到另一個世界監管。試驗仍在繼續，通道辦公室正式成立，戰略部、外務部也相應成立。只不過雙方的信任已蒙上陰影，處于相互懼怕之中。作為保障手段的病毒被釋放了出來，是意外還是有意，無人知曉。等到流感擴散，信任也就隨之完全崩塌。馬丁開發了新的通訊方式，并發誓即日起不再彼此見面，只通過通訊器聯絡。
當年目睹了兇殺的米拉，沒人相信她說的話，也只有她看清了真相。現在米拉找到亞尼克，要修復兩個殘破的世界。她開啟通訊器，提出和亞尼克一起向管理者自首，完成多年前就應當完成的事情——關閉通道。