因通道關閉而被滯留在這里的另一世界外交官、工作人員都要向海關自首并接受審查，以防混有“靛青”的間諜，可這些人里唯獨缺了大使蘭伯特。外交部長范徹和女婿戰略部主管奎爾坐在鏡頭前向上面匯報最近的情況，奎爾將泄密的責任推到已死的奧爾德里奇身上，刻意隱瞞了妻子克萊爾就是影子特工的事實。他這么做是想保護自己的婚姻，保護女兒斯潘塞。
奎爾還把家從郊區搬到了市區里，就是為了不讓克萊爾再與另一個世界的組織有聯系。在岳父母面前時，奎爾對克萊爾呵護備至。單獨相處時，就冷若冰霜，甚至還在自己的臥室門上裝了把鎖。
霍華德X也照常上班，收斂起以往的鋒芒，學會霍華德低調的生活方式?，F在進入大樓都要經過嚴格檢查，每天都要說出今天和昨天的代碼，防止被影子調包。剛走進三步一崗五步一哨的辦公室，就聽到主管奈爾宣布重要消息，上面已指派娜雅協助奎爾查找潛伏的“影子特工”。
娜雅在聯調局工作九年，破獲不少間諜組織?，F在她迎來新的挑戰，尋找來自另一個世界，與本人一模一樣的間諜。上任第一天，她就頒布了新規定，任何人發現任何異常情況都可以向她檢舉。這種舉報制度讓霍華德X很擔心，一點點失誤都可能導致身份曝露。
在通道關閉后，霍華德X就和奎爾達成了停戰協議。二人各有目的，奎爾要保護妻子和女兒，霍華德X則要保護艾米莉。如今娜雅介入，奎爾不得不想辦法獲取她的信任，打探下一步計劃?；羧A德X能給他的建議只有一個，讓克萊爾透露點線索。
聽從霍華德X的建議，克萊爾給了奎爾一張字條，是蘭伯特的信使埃德加將會出現的時間和地點。埃德加被捕后，交代蘭伯特可能藏身在薩克洛夫的一座谷倉，隨后便被關進大樓下專門關押另一個世界人口的特殊監獄。不過這條線索已經過克萊爾的確認，那里只是個情報戰，蘭伯特不會因此被抓。蘭伯特隨即給克萊爾送來了通道關閉前送達的最后一封文件，要求克萊爾成為激活最終靜默特工的人。
娜雅有著驚人的直覺。雖然奎爾提供了谷倉的線索，還檢舉奧爾德里奇是內奸，但仍沒有逃過娜雅的懷疑。娜雅要知道奎爾的情報源，這讓奎爾頭大如斗，不得不再次向在會計處工作的霍華德X求助。只需偽造一些紀錄，證明他出錢向線人購買情報即可。
霍華德X最近忙于照顧艾米莉。艾米莉已出院，但因大腦受傷，記不清以前的事。還得了失語癥，無法正常閱讀和書寫。在霍華德X悉心照顧下，她的記憶逐漸恢復，想起了那場車禍，還有安德烈。記起曾在戰略部工作，為了工作而欺騙丈夫。她痛恨以前的自己，戰略部的工作讓她很混亂?；羧A德X在安慰她的同時，也體會到霍華德的生活。這種溫馨是霍華德X在另一個世界無法感知的。
霍華德X按奎爾的要求，開了一張支票。奎爾取了錢剛進辦公室，娜雅就來了。底樓的監獄出事了，埃德加割腕自殺。關押前明明經過搜身，自殺用的刀片又是從何而來？奎爾感覺到后背發涼，大樓內仍有潛伏的“影子特工”。
奎爾的精神防線崩潰了，不知道自己什么時候就會成為“影子特工”的目標，更不知道克萊爾是否真的與組織斷絕了聯系。他把所有事情錄了下來，再把磁帶放進辦公室的保險箱里。萬一有一天他遭遇不測，這盤磁帶就會將真相公諸于世。
霍華德X過著低調的生活，刻意隱藏自己的身份。另一邊的霍華德就沒有這樣的機會，通道關閉沒的同時，他就因為殺害亞歷山大被捕，從而曝露了穿越者的身份。每天等待他的只有枯燥的審訊，艾米莉與霍華德X之間的郵件也成為證據，他無從證明自己并不知情。而通道關閉前收到的最后一條情報就是艾米莉已從昏迷中蘇醒，想著心愛的妻子與另一個自己生活在一起，他就感覺到心里隱隱作痛。
艾米莉X沒有因為霍華德的被捕受到影響，仍照常上班。每天各部門的例行會議上，大使都會提出返回自己世界的要求，可外務部長每次都以圓滑的外交辭令敷衍了事。實際上，艾米莉X對管理層一意孤行關閉通道，而不是尋求合作的做法同樣很不滿。會后，她時常會到關押處要求會見編號14的囚犯霍華德，但一再被駁回。安娜與馬可分手后，便住在家里，很懷念前段時間那個顧家的父親。艾米莉X卻不敢告訴她實情，只能任由女兒認為父親又故態復萌。
一天早上，艾米莉X剛踏進辦公大樓就被兩名保安人員帶上了四樓。四樓曾是管理層所在的樓層，如今空無一人，只有一張桌子兩把椅子和一臺攝像機。管理層從不以真面目示人，只有他們的授權人與艾米莉X面對面交談。顯然，艾米莉X對霍華德表現出的關心讓管理層很擔心，根據《哥尼斯堡法案》艾米莉X可能因幫助和支持穿越者受到懲罰。
不過，這一次管理者愿有條件的破例一回。管理層承認，幾周前艾米莉X提到靛青計劃時，他們有所隱瞞。有一個叫米拉的女人于1996年實施了針對大使館的爆炸案，當時管理層下令除掉此人。可目前來看，米拉仍在世，并且策劃了“靛青計劃”。今天凌晨一時，通道暫時開啟，對面世界管理層提供了一個議案，用米拉交換和平。所以從即日起，艾米莉X取代鮑勃擔任戰略部代理主管一職，執行抓捕米拉的任務。資料顯示，施密特夫婦涉嫌將子女送到了波茨坦學校。可以從他們那里入手，，然后找到米拉就“立即消滅”。
艾米莉X以戰略部副主管的身份拜會施密特夫婦。這對夫婦聽說了艾米莉X的來意后態度迥異，施密特夫人堅稱兒子21年前就死于流感，不可能去什么另一個世界偽裝成那個世界的自己。就算艾米莉X承諾，只要配合調查就能與兒子團聚，施密特夫人仍堅持自己的說法。整個過程里，施密特先生卻一言不發。
離開施密特家后，艾米莉X又去了關押處。有了副主管的身份，申請探視的要求終于得到批準。艾米莉本想以協助調查為由讓霍華德獲得自由，哪知霍華德已心灰意冷，無意離開。在接受審訊時，審訊人員曾要求他返回自己的世界監視妻子艾米莉。霍華德已不是第一次聽到這種要求，亞歷山大就曾提出過，自然不會同意?？蓪徲嵢藛T播放了一段錄音，是艾米莉不同意奎爾將霍華德從界面部升至戰略部。難怪工作了三十年，每次走進奎爾辦公室要求升職都會被拒絕。
其實艾米莉X能理解艾米莉的想法，因為她也做過同樣的事，目的是為了保護丈夫和女兒。但她沒能成功，反而因此與霍華德X結怨。從某種方面來說，艾米莉是個更成功的女人。只是艾米莉X沒能說服霍華德，霍華德一再拒絕配合，獄方已申請將其送至艾科關押。這卻正合了米拉的心意，只有如此才能找到朱馬藏匿起來的盒子。
走在回家的路上時天色已黑，艾米莉X意外碰到了等候多時的施密特先生。為了再見到兒子，他愿意幫助艾米莉X。次日，施密特先生與波茨坦學校負責人之一的奧爾德斯在咖啡館碰頭，艾米莉X和伊安帶人監視。他們跟蹤奧爾德斯進了一幢公寓樓，艾米莉X命令確認米拉是否在公寓內之前，不許打草驚蛇。可伊安的手下伊萊沉不住氣，持槍踹開了奧爾德斯的大門。艾米莉X和伊安只得前后包夾，被堵在樓梯間的奧爾德斯被逼無奈，逃上樓頂，跳樓身亡。
在公寓的電腦里，發現了襲擊另一個世界的人員名單。桌上一疊資料中，有處房產照片，需要確認其具體地址。艾米莉X翻看著其他資料，突然冷汗直冒。文件夾里有她出入診所的照片，時間顯示是在2008年2月?？砂桌騒知道那不是自己，只有一個可能，照片里的人是艾米莉，而且她曾來過這個世界。
霍華德X盡量模仿著霍華德的生活方式，以免艾米莉或者雅娜產生懷疑。可不論他做什么事，都會讓艾米莉想起一點點往事，迫使他不得不刻意與艾米莉保持一定距離。即便再小心行事，還是躲不過另一些人的眼睛，曾經的同事。二局的三名特工雷米、桑德琳和巴恩斯找到了他。他們在這個世界只是情報人員，對“靛青計劃”毫不知情，卻因那場襲擊滯留在這里。埃德加的離奇死亡讓他們很不安，認為有必要采取行動自保，比如抓住蘭伯特交給這個世界的戰略部，用以換取保護。
對于蘭伯特的下落，霍華德X也愛莫能助，想不到雷米等人已經有了線索?；羧A德X來到他們的藏身處，驚訝的看到被綁在椅子上的鮑德溫。鮑德溫拿了霍華德X的錢后，對女友念念不忘，并沒有離開柏林，因而成了雷米的目標。到現在，她仍不失殺手本色，淡定的要求與霍華德X單獨交談?；羧A德X明白她的用意，她已經是組織上的棄子，不可能知道蘭伯特的去向。不過蘭伯特知道太多的秘密，交給戰略部只會惹來更大的麻煩。霍華德X便與鮑德溫達成交易，霍華德X負責找到蘭伯特，鮑德溫負責鏟除后患，然后離開柏林。
而這會，奎爾在用自己的辦法尋找蘭伯特。他在妻子的跑鞋底裝了竊聽器，每晚克萊爾外出跑步回家，他都會偷偷取出芯片，聽聽有無異常。這一天，他果然聽到妻子與蘭伯特接頭時的對話。錄音中，蘭伯特除了催促克萊爾盡快激活影子特工外，還要求籌筆錢，用于賄賂那些審核假護照的人。蘭伯特說出了一個地址，奎爾馬上記了下來。
克萊爾當然清楚蘭伯特的伎倆，那個地址只是測試內容。所以她仍按既定的程序，在公交車上把錢交給特工。只是她沒料到，前來接頭的特工會是以前的戀人斯潘塞。故人相見，克萊爾卻默然無語，轉頭下了公交車。
克萊爾沒有中計，奎爾則一腳踏進了陷阱。就在同一天，雅娜拜訪了在家休養的艾米莉。艾米莉看著雅娜提供的一些資料，想起車禍前自己在調查一件事。腦子里很模糊，隱約記得有所學校，還有教堂里母親的靈龕。但她能確定一件事，奧爾德里奇絕不可能是影子特工，因為那名影子特工應當是女性。此言一出，雅娜對奎爾的懷疑更甚。
回到辦公室，雅娜恰好看到奎爾召集行動隊執行任務。雅娜是特別調查員，要求一同前往，奎爾也不便拒絕。等行動隊沖進奎爾指定的地點，發現只是間空無一人的廢棄辦公室。桌上唯一一部電話詭異的響起，奎爾剛拎起來，雅娜就看到對面大樓有狙擊手，急忙將他推倒在地。
奎爾死里逃生，怒氣沖沖的回到家，質問“心如蛇蝎”的克萊爾。克萊爾一聽便知大事不妙，奎爾的行動無異于告訴蘭伯特，克萊爾已經曝露，今后只怕永無寧日。恰在此時，霍華德X敲開了奎爾的家門。既然蘭伯特成了大家的麻煩，不如聯手想辦法，解決這個麻煩。
通道另一邊的世界里，霍華德被關進艾科。這里有別于其他的監獄，犯人可以自由活動?；羧A德剛踏進活動區，就看到了電視機前的奎爾。與他認識的奎爾不同，眼前的奎爾是籍籍無名又很重要的囚犯。他會把自己的弱點、思路告訴亞尼克。通過這種方式，管理層就能了解另外一個奎爾可能做出的決定。這就是艾科的作用，開采和發掘囚犯的記憶，用于對付另一個世界。在這里，霍華德還看見了搶走戰略部職位，又死于鮑德溫之手的同事馬塞爾。當晚，霍華德就被馬塞爾等人痛毆。當初是霍華德X將他們關進艾科，霍華德也就成了代罪羔羊?？词刈诒O視器前無動于衷，絲毫沒有阻止的意思。
艾米莉X得知霍華德被送去了艾科，即失落又無奈。向管理層匯報工作進展時，管理層對文件夾里那套休閑別墅并不感興趣，強調艾米莉X只需查清奧爾德斯與米拉之間的關系。管理層如此有意避開這套別墅，必有隱情。再結合艾米莉來過這個世界，管理層不可能不知道此事。他們掩蓋艾米莉的行蹤，誰又知道有沒有隱瞞其他事。
艾米莉X不會任人擺布，仍決定讓伊安前往調查休閑別墅。在別墅里，伊安找到一具死去多日的尸體。根據鄰居描述，曾有個女人找過戶主，想來必定是米拉。別墅里被翻得亂七八糟，像是在尋找什么東西。鄰居的一句話引起伊安的注意，十幾天前，戶主在后院做園藝。時值冬季，沒人會在這種時候種植花草。伊安拿起鐵鏟，在后院草地下挖出一個帶密碼鎖的旅行箱。
艾米莉X此時在檔案室調閱艾米莉的檔案，顯示其曾與朗斯頓特工接觸。朗斯頓已退休數年，開了家汽車銷售店。到了店里，朗斯頓一眼就認出此艾米莉非彼艾米莉。事到如今無須隱藏，朗斯頓承認多年前艾米莉來過這個世界，向管理層提交了一份報告。報告指出，上世紀九十年代爆發的流感疫情確為彼世界試驗室失誤釋放出病毒，再由通道傳到此世界。管理層收到報告后不久，便調走了朗斯頓。此后，他也再沒見過艾米莉，也沒有那份報告的消息，更沒聽說過米拉的名字。最后，朗斯頓提醒艾米莉X，艾米莉會把機密資料藏在一個地方。也就是說，只有艾米莉X才會想到“自己”把答案藏在了哪兒。