周恩來偕同葉挺到達云嶺。周恩來的主要任務是傳達六中全會精神、與葉、項討論制定新四軍“向南鞏固、向東作戰、向北發展”的戰略方針，并代表中央批評項英的錯誤，讓他一定尊重葉挺。項英有所改正。

周恩來結束工作離開云嶺，握別之際，葉挺在麻川河竹筏上留下合影，作為永久紀念。葉挺在新四軍參謀工作會議上發表《現代戰爭的性質特點與指揮》演講，并在《抗敵》雜志正式發表，成為他留下的唯一一篇重要軍事論著。同時主持編寫了《新四軍對敵作戰說明書》。

葉挺率鄧子恢、羅稟輝、賴傳珠及隨行人員偷越日軍長江封鎖線，在江北登岸后日夜兼程，到達東湯池，執行中央關于成立新四軍江北指揮部、整頓第四支隊、推動該支隊東進開辟皖東抗日根據地的重大使命。

新四軍游擊支隊二團政委譚友林受支隊司令員兼政委彭雪楓委派來見葉挺，懇請軍部解決該支隊正規番號和經費問題。葉挺熱情接待了譚友林，聽取了他的匯報，親自夜捉青蛙招待，并將自己的照片和左輪手槍贈送給譚作紀念。

葉挺夫人李秀文傾盡家財，在香港等地購買3600支手槍及200架望遠鏡，親自千里押運到皖南，準備贈送給新四軍打鬼子，不料竟被第三戰區司令長官顧祝同無理扣押。葉挺聞訊怒不可遏飛身上馬，直奔上饒。葉挺闖進顧祝同司令部興師問罪。顧祝同乃葉挺保定軍校同學，理屈詞窮，不得不將手槍完璧歸趙。李秀文隨葉挺回到軍部。

為解決新四軍經費困難等問題，葉挺來到重慶。蔣介石召見葉挺，再次勸葉挺加入國民黨，即可前程無量。對葉挺所提經費和番號等問題，蔣則推托不予解決。葉挺氣憤之極，再次提出辭呈。蔣介石欣然應允，并準備給他安排新的職務。葉挺借口回家辦理弟弟喪事，離開重慶。

葉挺回到澳門不久，廖承志忽攜新四軍醫務處長沈其震找到家里，稱奉項英命專程來請軍長回軍部視事。葉挺不愿回云嶺，但仍帶沈其震到香港拜見宋慶齡，獲得保衛中國同盟大批醫療物資及數萬元現金捐贈。1940年春節后，葉挺攜李秀文及沈其震飛回重慶，繼續為新支隊番號及經費奔波。

赴蘇聯治傷的周恩來飛回重慶，立刻找到葉挺，傳達了中央的意圖，希望葉挺重回新四軍工作。葉挺深明大義，表示愿意回到云嶺工作，并給蔣介石寫信通報，收回辭呈。

葉挺回到闊別近一年的云嶺，受到副軍長項英及軍部機關和部隊官兵的熱烈歡迎。1940年10月1日，侵華日軍萬余人兵分兩路，氣勢洶洶地向皖南發起掃蕩，其中一路五千人直撲云嶺而來，企圖消滅新四軍軍部。駐扎涇縣的國民黨主力部隊52師不戰而退，日軍燒殺搶掠，如入無人之境。葉挺親率部隊奔赴戰斗前線，利用有利地形四處伏擊，殺傷敵人有生力量，使日軍優勢喪失殆盡。日軍七次突圍均告失敗，尸橫遍野。新四軍殲敵三千余人，大獲全勝，葉挺率部凱旋。群眾敲鑼打鼓，簞食壺漿，夾道歡迎，為軍長和子弟兵洗塵。同日，中共中央致電葉挺和項英，指出“軍部應乘此時速渡江，以皖東為根據地，絕對不要遲延。”次日，葉挺親筆起草作戰報告，經第三戰區轉報蔣介石，將了蔣一軍，逼其違心地通電嘉獎新四軍。

蔣介石簽發由正副參謀總長何應欽、白崇禧名義發給朱德、彭德懷、葉挺的“皓電”，污蔑八路軍和新四軍“破壞團結，破壞抗戰”，強令黃河以南的八路軍和新四軍在一個月內全部開到黃河以北。中共中央以朱德、彭德懷、葉挺的名義公開答復“皓電”，即“佳電”，把“讓步皖南”的決定正式通知國民黨。