在遙遠的宇宙深淵，人類銀河同盟賭上物種存續，與異形宇宙生命體群西迪亞斯持續著無止盡的戰斗。人類銀河同盟的士兵萊德在撤退時，被卷入空間跳躍意外。雖然他的長官古格爾中校試圖支援，萊德還是和他搭乘的人型機動兵器Chamber一起落入扭曲的空間。當萊德再度清醒時，Chamber正躺在陌生的機庫中。陷入緊急狀態的萊德進行了半年的冷凍睡眠，直到Chamber接收到外部刺激才將他喚醒。圍繞在四周的是講著未知原始語言的不明人物。迷失所在位置、求救訊號也無人回應，完全不知該怎么辦。認為自己孤身漂流到低度文明邊境行星的萊德，趁著沒有人的時候，為了回歸戰線而展開行動。他踏出Chamber的駕駛艙，眼前卻出現一名少女。這時萊德決定……

太陽系第三行星?地球。眼前是一望無際的大海。萊德驚訝地發現，自己漂流到的行星是被認定已滅亡的地球。他被在海上行動的加爾岡緹亞船團人員包圍。萊德透過Chamber的翻譯機能提問，船團長輔佐官莉婕特則試圖與他對話，但是彼此的對話缺乏共識，緊張感不斷升高。加爾岡緹亞這方主張把萊德扔進海里的皮尼歐、想要回收利用Chamber的貝蘿絲，還有船團長斐爾洛克意見分歧。差點被萊德當成人質的艾咪表示駕駛員只是受驚，并沒有敵意，但是沒有被爭論的眾人聽進去。艾咪的弟弟貝貝爾則是認為，對方可能是很久以前去了宇宙的人類子孫。萊德開始考慮暫緩回歸戰線的行動，和居民再次接觸看看。這時他面前出現了使者，那是一度被當成人質的少女艾咪。

萊德與Chamber靠著強大的力量，解救了貝蘿絲遭海盜攻擊的打撈船團。可是這種殲滅海盜的行動，反而讓加爾剛蒂亞船團大為驚駭。因為一旦同伴被殺，海盜必定會來報復。船團長斐爾洛克等人決定暫緩討論該如何處置擁有過人強力的萊德與Chamber，以探查海盜的動向為優先。艾咪前去向被卷進紛爭的萊德與Chamber道歉。接著貝蘿絲也前來告訴萊德在海上生活的人彼此戰斗的意義，還有海盜的生存方式和船團生存方式的差異。貝蘿絲講的話，讓只知與黑迪亞斯戰斗的萊德心里大為動搖。這時艾咪提議要萊德暫時留在加爾剛蒂亞。同一時間，失了面子的女海盜娜凱姬決定報復加爾剛蒂亞。發現近海附近所有海盜都集結而來的加爾剛蒂亞開始緊張戒備。