盛庸明白，就算糧道沒有被襲，南軍也無力再戰了。他答應換俘，并送回張玉尸體，以及燕軍部分仍活著的士兵，其中就有張輔。兵敗東昌，朱棣前所未有地情緒低落，朱能跟隨了他近二十年，從未見過他這副模樣。朱棣不吃不喝，妙云過來開導安慰他勝敗乃兵家常事，王保保是天下奇男子，照樣輸掉沈兒裕一戰。如今朝廷兵馬一路截殺，可朱棣仍能全師而還，朝廷已經奈何不了他了，這不是失敗，已經是勝利了。朱棣被她的話說動，終于看開了。近日妙云也頗為勞累，總是犯暈，但她不想讓朱棣因此分心，所以并未告訴他關于自己的病情。朱允炆在朝堂上高興異常，打了這么久，終于打贏了朱棣一次，他毫無君王風度，當著眾臣的面跑出大殿。

朱棣亦知，這一路走來，打了三年，燕軍雖屢戰屢勝，可從未動過朝廷的根本，朱棣已不能再等，這一回，是生是死，全看這最后一戰，他要率軍直取南京。這一回朱棣若是能入南京奉天殿，或許不會容得下黃子澄和齊泰等人，但道衍還是斗膽請他留方孝孺一命，方孝孺乃天下讀書人的楷模，若殺了則令天下讀書人失望。朱棣答應到時候會給方孝孺一條生路，他走或者留，全看他自己的選擇。朱棣率軍自館陶入山東之后，燒掉了過來的橋，意味著他們已無后路。

不遠處就是曲阜，孔孟圣人之地，朱棣下令不可叨擾。此后，燕軍避濟南，繞東昌，一路上避實就虛，齊泰在朝上稟告，認為燕軍此次是想奔京師而來。此時都督平安已和總兵何福，眼下正與燕軍在睢水對峙。齊泰斗膽建議，以魏國公為將，率軍北上，馳援平安與何福。徐允恭終于能重張帥印，可他的作戰法與何福不一致，兩人發生爭吵，只能請陛下圣裁。巧的是，燕軍進軍信號與南軍突圍信號相同，都是三聲號響，所以燕軍進攻時，南軍誤以為是突圍的信號，全軍大亂，自相踐踏，最終全軍覆沒。

朱允炆呆若木雞，以為自己已山窮水盡，齊泰卻說還有長江，他已經讓盛庸盡收長江之船只，朱棣鐵定無法渡河，可他們沒想到有人給朱棣送了船只，朱棣率軍渡江而來。黃子澄和齊泰都建議朱允炆暫避禍，暫退守湖湘，方孝孺的建議與他們截然相反，竟妄圖募兵來守南京。朱允炆沒有逃，下令讓黃子澄和齊泰出京募兵。朱棣兵臨南京城下，沒著急攻城，同時也是留給他們一個是走是留的機會。

南京城里，已經有不少千戶和百戶的手下士兵落荒而逃，徐允恭大怒，身邊的近侍斗膽直言，南京怕是守不住了。谷王朱橞說服李景隆投降，為朱棣打開了南京城的大門。徐允恭已經決定要和朱棣結怨到底，帶著京中留守司的一些將士和文官做困獸之斗。大理寺丞鄒瑾和幾位文官說徐增壽通燕，將他押進宮，崩潰發瘋的朱允炆將徐增壽殺死于殿上。燕王朱棣進南京，吩咐朱能帶人去接管各個衙門，進入宮殿后，朱棣對著一具蓋著白布的尸體演戲大哭，讓旁人都以為這具尸體是朱允炆的。