山東是北平南下的必經之地，所以鐵鉉選擇在山東任職。夏原吉聽懂了鐵鉉的意思，他說朝廷怕是用不到鐵鉉了，因為陛下近日在大量調撥軍資，他已經先下手為強了。朱允炆已經準允燕世子攜其兄弟回北平，他還故作關心狀叮囑他們回去好好照顧朱棣。朱棣的二兒子朱高煦偷了徐允恭的馬，拋兄棄弟獨自回了北平。不久后，海別和烏蘭圖雅也離開了京師，身后是依依不舍的朱允炆。妙錦和徐增壽送燕世子等人上馬，目送他們離開。

斥候傳回消息給北平，后軍都督府都督僉事耿瓛，是長興侯的三子，率步騎三萬，已進駐山海關。朱棣看得清清楚楚，長興侯的長子娶了朱允炆的親姐姐，所以在朱允炆的眼中，這才是自己人，朝廷圍在北平外的軍力已有九萬余眾。本以為朱棣手里還有燕山三衛的一萬六千兵馬，但張武進來告訴他，都司那邊剛得到消息，朝廷已下令調燕山三衛赴開平統歸宋忠節制，另調兩衛邊軍接管北平城防。不僅如此，陳亨也轉任大寧行都司都指揮使。

朱棣得知朱高煦回來的消息，便詢問朱高熾和朱高燧是否回來。對于拋兄棄弟，單獨回北平的朱高煦，妙云恨鐵不成鋼，生氣地鞭打他，后被朱棣阻止。隨后，朱高熾和朱高燧也回來了，令人意外的是，隨同他們回來的還有海別。海別同朱棣說了一些話，都是關于先帝臨終前所說的話，朱棣相信她所說的是真的，他也有信心能守好北平。朱允炆下令，捉拿道衍及其燕王府一干不法官員，張大人和謝大人隨同軍隊一起前行。

朱棣以天子之叔，卻不能保旦夕之命，被逼到如此地步，還有什么不可為，朱棣欲策反張謝，可兩人不愿意，最后被朱棣斬首。其余的軍士，忌憚朱棣，結果追隨了他。文人不識趣，這些武人倒更識相一些。公元1399年，明建文元年七月，朱棣以八百親衛在北平起事，北平守軍倒戈相從，靖難之役爆發。朱棣起兵，事出有因，因此追隨他的軍士眾多，他的理由亦非常充分。朱允炆十分生氣，方孝孺卻賀他，聲稱燕王朱棣已經自絕于先帝和天下，陛下可無憂矣。

宋忠騙手底下的燕山三衛說朱棣已經殺害了他們的家人，因此起兵后，燕山三衛無人來投。朱棣勝券在握，根本不擔心。次日，燕山三衛的諸多家人眷屬隨同朱棣一起前去，呼喊燕山三衛開城門投降。剎那間，宋忠就被殺了，燕山三衛倒向朱棣。朱允炆宣曹國公李景隆覲見，李景隆卻建議陛下召魏國公徐允恭入宮覲見。徐允恭提到了寧王朵顏三衛，同時表示自己愿意為陛下分憂，前往寧王處接管寧王兵馬，可朱允炆仍然防著他，所以沒答應。

朱允炆在朝上下旨后，提醒長興侯勿讓自己擔上殺叔之名，皇太后呂氏為此不滿，覺得兒子這是婦人之仁，朱允炆不以為意。而朱棣聽聞此事，嘲諷自己竟然不知道還有如此孝順的侄兒，寧王朱權分給陳亨的兵馬不多，朵顏三衛亦不在其列，理由是附近有元人騎兵出沒，不可派出去太多軍衛。朝廷的二十萬兵馬在真定和松亭關止步不前，朱權也敢首鼠兩端，朱允炆不免擔心，屆時會有別的藩王對朝廷生出輕視之心。