芹澤燒毀和外國做非法生意的黑店，不明事故的眾人都以新選組為惡。隨著清晨的一聲炮響，國內動亂的格局與戰爭似乎一觸即發，新選組接到命令前去護駕，不為軍隊所認可的新選組在兩難境地之時，芹澤顯示出了異常的膽魄，由于此次護駕的優秀表現，新選組被授予“新撰組”的名號（之前為只稱壬生浪人組）。

近藤勸說芹澤先生隱退（迫于會津公對于芹澤表現不滿的壓力），表明自己一定會使組里壯大龍之介巧合之下得志了芹澤不久之后將于人世，另一方面新見攜帶著效果開始穩定的變若水出逃準備賣出變若水，被聞訊趕來的歲三等人斬殺。

會津公下了命令要除掉芹澤，歲三近藤決定合眾人之力殺掉芹澤，龍之介得知此事，竟已來不及告訴大家芹澤的身體問題，最終芹澤被殺，眾人亦決意殺死跑丟的龍之介，然而被總司找到的龍之介展示出與其最早截然不同的求生欲，最終被總司推進河里故意放跑。從此新選組在黑暗之后走入了黎明，而變若水的研究轉而由山南進行。