身為擁有多年歷史的日暮神社家的女兒~日暮籬，在15?歲當天意外地被妖怪拉進「食骨之井」，穿越了時空進入古代的戰國時代。在那里她與宿命的冤家，一個由妖怪與人類結合所生的半妖少年---犬夜叉相遇，并無意間解開了犬夜叉身上的封印使其復活。
擁有無限妖力的「四魂之玉」原本藏在日暮籬的體內，在一次與妖怪的爭奪戰里，「四魂之玉」破碎開來分散于各地，阿籬與犬夜叉兩人因而踏上搜集碎片之旅，并在冒險的旅程中，陸續發生了許多事……。
雖然楓姥姥告訴阿籬和犬夜叉兩人必須同心協力，才能找回散落各處的四魂之玉碎片，但是不合的兩人，加上一心想回到現代，尋找散落的四魂之玉，更加困難。偏偏這時候出現了一個操縱頭發的妖魔，她把阿籬推進了食骨之井……。