（下午一點到下午兩點）?第三季相比于第二季時空相隔了三年。首先是一具感染了致命病毒的尸體被扔在了洛杉磯衛生中心外面。Tony和Michelle結了婚，并且已是CTU的主管。他接到了來自一個名為Hector?Salazar的墨西哥毒梟的恐嚇，他聲稱如果不把他的哥哥Ramon釋放，會有更多的人感染上這種病毒。事實上，Ramon是Jack通過做臥底抓回來的。就在Jack和他的新搭檔Chase審問Ramon時，Ramon殺死了自己的律師，并且對Jack他們說了一些奇怪的話。Palmer總統還活著，并且三年來首回洛杉磯，目的是參加新一輪總統競選的辯論會。他的弟弟Wayne成了他的首席助手，而他的私人醫生Anne?Packar成了他的女友。一個名叫Kyle?Singer的年輕人拿著一包看似毒品的白色粉末，他晚些時候要把這包東西送到交易人的手里，而同時Salazar的手下正在監視Kyle。Kim此時也在CTU工作，并且和Chase交往了三個月。Kim決定在今天把這件事告訴Jack，但是Jack似乎染上了毒癮。

（下午兩點到下午三點）?Jack在知道Kim和Chase交往后對Chase十分生氣，因為他不希望女兒有一個從事危險工作的男友。Jack和Chase在對一幢危房突襲后，找到了病毒可能的下落。Kyle的女友Linda在發現Kyle進行毒品交易后與他分手。Wayne和Palmer總統在Anne的問題上意見不合，因為他們的競爭對手準備在Anne的歷史背景上攻擊Palmer總統。CTU內部似乎有內奸，并且這個人一直在和Hector聯絡。

（下午三點到下午四點）?Jack和Hector兩邊的人都在找Kyle，而Kyle自己卻不知道自己拿著的東西很可能是病毒晶體。Jack限制了Chase的活動，這讓?Chase很惱火。與此同時，Ramon脅迫一個獄警殺死了另一位追捕過他的聯邦偵探。Wayne和Palmer總統再一次因Anne的問題爭吵。?Tony在追捕Kyle的時候被一直躲在暗處的Hector的手下開槍擊中脖子，Kyle也趁此機會逃脫。