創世紀的第二次發射摧毀了地球聯合軍的月面基地。下個目標是地球嗎?聯合軍重組潰散的艦隊，讓調解隊再度出擊，企圖以核彈直接攻擊殖民地。煌等人在創世紀與核彈之間奮戰。激烈戰斗中，M1異端鋼彈隊戰死。穆與拉烏也在戰斗中受傷。但是伊薩克與迪安卡的連手合作，總算打敗了瘟神鋼彈與禁斷鋼彈。同一時候，與大天使號戰斗的主天使號內部，阿茲萊爾與娜達爾兩人意見不合，抓狂的阿茲萊爾對命令全員離艦的娜達爾開火，而且還發射羅安格林破壞炮。大天使號來不及閃避。在危急的剎那間，穆挺身保護大天使號，壯烈爆炸。眼見穆的死去，瑪琉發狂的也下令發射羅安格林破壞炮。同時娜達爾亦制伏阿茲萊爾，大喊“快動手!瑪琉.雷明斯!”。犧牲了所愛的男人的二位女性，同心協力的埋葬掉戰爭的元兇之一，藍色宇宙的盟主…。

即使付出了多人的犧牲，戰爭還是沒有結束。芙蕾離開主天使號，受到那份對煌的割舍不下的感情牽引，卷入了自由鋼彈與天帝鋼彈的死斗中。然后，在煌的面前，被拉烏的無情之刃所殺死。在無法守護自己想守護的人的悔恨中，煌看到了芙蕾的幻影。芙蕾的靈魂終于在結束的時刻與煌融合了嗎…。另一方面，薩拉下令創世紀瞄準攻擊地球。扎夫特軍中出現了試圖停止其瘋狂行動的人士。正好在此時，阿斯蘭與卡佳理一起闖進雅金.杜威，想阻止父親的兇行。但是他們到場后，卻目擊到薩拉被士官槍殺的場面。薩拉咽下最后一口之前，依然不停詛咒著自然人。然而他的死，并無法停止失控的事態。雅金的自爆，連帶啟動了創世紀。阿斯蘭單身闖入讓核引擎失控，摧毀整個創世紀。行動后阿斯蘭本想同歸于盡，卻被卡佳里制止，一同逃出。同一時刻，煌與拉烏在死斗之后，兩人同歸于盡。而在扎夫特方面，舊克萊因派發出停戰的呼吁，和平之路似乎已經開啟。阿斯蘭看著戰場凄涼的遺跡，內心深深感到絕望。這時候，小鳥飛向宇宙了。它飛向化成殘骸的自由鋼彈的機體。在那里，有煌的身影…希望并沒有消失啊。