大天使號與主天使號再度開戰(zhàn)。在二者的夾縫中，拉烏為了攻擊永恒號，命令符澤琉斯號出擊。拉烏對兩方艦隊，片面發(fā)出交還遭扎夫特軍拘束的俘虜?shù)耐ǜ妗１煌渡涞綉?zhàn)斗空域的小艇，里面載著的是對情況一無所知的芙蕾。兩方艦隊對拉烏的行為大感困惑。芙蕾感受到危險，拼命操作小艇，向大天使號求救。芙蕾「我握有鑰匙!」這句話勾起阿茲萊爾的興趣，突然插手，將小艇帶回主天使號。另一方面，被包圍的永恒號與草薙號擊中火力攻擊符澤琉斯號，企圖突破重圍。符澤琉斯號被擊沉了。地球軍與扎夫特軍見狀，雙方同時撤退。而在安全歸返的永恒號上，煌為了自己沒有救回芙蕾一事，失聲痛哭。就在此一同時，阿茲萊爾從芙蕾手中拿到磁盤片，曉得內(nèi)容是「可使用核武的反中子干擾器」數(shù)據(jù)，而大為狂喜…。

由于芙蕾帶來的一張盤片，地球聯(lián)合軍取得了反中子干擾器的技術。在阿茲萊爾的運作下，核飛彈飛上了宇宙。扎夫特預測到聯(lián)邦將發(fā)動大規(guī)模攻擊，在雅金.杜威與伯亞茲集結(jié)戰(zhàn)力。然后，決戰(zhàn)的火苗點燃了。調(diào)解隊…搭載核彈的梅比烏斯(零式)部隊闖進了扎夫特的軍事衛(wèi)星伯亞茲。剎那間，閃光迸裂開來。再度使用的核彈的火炎，瞬間就把要塞摧毀掉。目睹伯亞茲的毀滅，芙蕾對自己的作為帶來的結(jié)果生起無限悔恨。原來拉烏「讓戰(zhàn)爭結(jié)束掉」那句話，竟然是大屠殺。煌與阿斯蘭為了阻止核彈部隊「調(diào)解隊」再度攻擊而出動。他們以裝備的「流星」將射向殖民地的飛彈全數(shù)擊落。同時，派屈克.薩拉誓言要向自然人報仇，下令使用強大的激光束武器創(chuàng)世紀。于是雅金.杜威背后發(fā)出巨大閃光，射向地球軍的艦隊！

伽瑪射線的閃光在一瞬間殲滅了聯(lián)合軍的前線艦隊。扎夫特的秘密武器，甚至可以很輕易的瞄準地球。阿茲萊爾歇斯底里的責難地球軍。勉強從毀滅狀態(tài)中重新振作起來的聯(lián)合軍，下了悲壯的決定，向殖民地的秘密武器創(chuàng)世紀挑戰(zhàn)。但是卻打不過阻擋在前方的雅金.杜威要塞，而且殖民地的創(chuàng)世紀強大武器本身還裝備了PS裝甲。煌等人為了阻止雙方的殺戮戰(zhàn)，投入這最后的戰(zhàn)場。煌、拉克絲、卡佳里、與阿斯蘭，還有瑪琉與穆。在曉得這可能是此生最后告別的情況下，紛紛訴出了自己的心意給對方。而還有另一個人，決定制裁全人類的拉烏，也駕駛天帝鋼彈出擊了。最終決戰(zhàn)拉開序幕，殺到殖民地的地球軍，以及立誓要阻止核武攻擊的獨立軍。可惜太遲了。最終武器創(chuàng)世紀向地球軍的月面基地發(fā)出了第二次攻擊！