特務(wù)對(duì)學(xué)生們肆意毆打，林華珺被打中頭部，倒在地上，被特務(wù)的人拖走。郭鐵林和裴遠(yuǎn)之看到了程嘉樹(shù)留下的信和入黨申請(qǐng)書，而程嘉樹(shù)不聽(tīng)安排，擅自回聯(lián)大。這場(chǎng)暴虐被稱為一二一慘案，致使四位學(xué)生失去生命。程嘉樹(shù)在四位烈士的祭奠儀式上向四位老師問(wèn)好，聞一多對(duì)國(guó)民黨反動(dòng)派的行徑感到憤怒不已，沒(méi)想到國(guó)民黨反動(dòng)派的關(guān)麟征帶人過(guò)來(lái)，虛情假意地說(shuō)要進(jìn)靈堂吊唁，還帶來(lái)棺木和一些錢。學(xué)生們一致反對(duì)他們進(jìn)去，怒喊讓他們滾出聯(lián)大的校園，關(guān)麟征灰溜溜夾著尾巴被轟出來(lái)。
林華珺被關(guān)到警備司，她對(duì)文頡這種走狗沒(méi)有好態(tài)度。文頡得知程嘉樹(shù)回了聯(lián)大，但因?yàn)橄挛玺[出了四條人命，就連關(guān)麟征都被轟了出來(lái)，現(xiàn)在沒(méi)人能進(jìn)入聯(lián)大校園。雙喜把紙條交給嘉樹(shù)，告訴他林華珺找不著了。程嘉樹(shù)一看紙條，得知林華珺被關(guān)在警備司令部，他沖動(dòng)地想趕去救林華珺，結(jié)果在警備司令部外被人打暈帶回。程嘉樹(shù)醒來(lái)，郭鐵林嚴(yán)肅告訴他，黨組織不會(huì)接受一個(gè)不聽(tīng)命令的人，他讓程嘉樹(shù)相信黨組織，他們一定會(huì)把林華珺救出。周宏章沒(méi)能見(jiàn)到程嘉樹(shù)，對(duì)文頡發(fā)了好一通大火。
文頡去監(jiān)獄，欲挑撥她和程嘉樹(shù)之間的關(guān)系，反被林華珺諷刺。文頡怒不可遏，打了林華珺一巴掌。潤(rùn)青以救濟(jì)總署國(guó)際航空運(yùn)輸公司董事長(zhǎng)的秘書身份去見(jiàn)周宏章，言辭鑿鑿，是提醒，也是威脅。文頡拿林華珺沒(méi)辦法，竟要對(duì)她用刑。關(guān)鍵時(shí)刻，周宏章的人前來(lái)阻止并讓文頡放了林華珺。潤(rùn)青接上林華珺，帶她去了醫(yī)院治療。裴遠(yuǎn)之和郭鐵林回來(lái)告訴程嘉樹(shù)，林華珺安然無(wú)恙，現(xiàn)在人在醫(yī)院，但程嘉樹(shù)還不能去見(jiàn)她，因?yàn)榫瘋渌玖畈康娜嗽诙⒅秩A珺，而組織上準(zhǔn)備將他和林華珺送去延安。
街上有很多的學(xué)生游行，喊著爭(zhēng)取和平、反對(duì)內(nèi)戰(zhàn)的口號(hào)，潤(rùn)青告訴華珺，學(xué)校這幾天舉行了大規(guī)模的宣講，控訴國(guó)民黨的暴行，同時(shí)還宣布停課七天，以示反抗。葉潤(rùn)青現(xiàn)在對(duì)金玉其外敗絮其中的國(guó)民黨，已經(jīng)心灰意冷。雷正告訴華珺，組織會(huì)將她和程嘉樹(shù)帶離昆明。林華珺有諸多不舍，叮囑阿美和雙喜一定要完成學(xué)業(yè)。文頡的人盯著華珺，看到她上了一輛黃包車，往城外的方向去，文頡讓手下準(zhǔn)備收網(wǎng)。此時(shí)，一輛汽車出現(xiàn)，文頡以為車上的人是程嘉樹(shù)，立即帶人對(duì)其進(jìn)行追殺。
追趕中，那輛車被文頡的人逼落懸崖的江中，生死不明。文頡上報(bào)周宏章，并保證會(huì)繼續(xù)追查，至于報(bào)告就寫程嘉樹(shù)已經(jīng)被處決。沙瑪阿美登報(bào)發(fā)聲明，宣布與文頡離婚。雙喜拿著一把剪刀要去找文頡報(bào)仇，被潤(rùn)青喝止，她說(shuō)現(xiàn)在最難受的人應(yīng)該是華珺。隨后潤(rùn)青就帶走了雙喜，讓華珺一個(gè)人靜靜。
所有人都以為程嘉樹(shù)死了，林華珺在難過(guò)之際，收到了一枚自窗口投擲而入的戒指，她知道程嘉樹(shù)如今是安全的。在行動(dòng)前一晚，郭鐵林告訴華珺新的行動(dòng)方案。而華珺必須留下，并且需要按照原計(jì)劃在規(guī)定的地方等候。林華珺表示會(huì)全力配合，讓警備司的人相信那輛車上坐的是程嘉樹(shù)。一兒一昆明慘案的真相，迅速傳遍全國(guó)，重慶、成都、延安、遵義、上海等地集會(huì)游行，聲援昆明學(xué)生，各界人士也紛紛譴責(zé)國(guó)民黨反動(dòng)派的暴行，在全國(guó)人民的壓力下，蔣介石讓關(guān)麟征自請(qǐng)?zhí)幏?，并將李宗黃調(diào)離。
聞一多帶領(lǐng)學(xué)生們向烈士的靈位鞠躬致敬，他們一起宣誓，告慰四位烈士的在天之靈。程嘉樹(shù)在報(bào)上看到悼詞，十分感傷，要是他也在昆明，好好地和聯(lián)大告別該多好?？箲?zhàn)結(jié)束了，西南聯(lián)大即將要北歸，梅貽琦發(fā)表講話，抨擊“落后就要挨打”的強(qiáng)盜邏輯，讓同學(xué)們用知識(shí)，讓母親富強(qiáng)起來(lái)，讓中國(guó)永遠(yuǎn)不受欺凌。梅貽琦代表聯(lián)大常委會(huì)宣布，從今日起，國(guó)立西南聯(lián)合大學(xué)正式結(jié)束。馮友蘭宣讀國(guó)立西南聯(lián)合大學(xué)紀(jì)念碑的碑文，將西南聯(lián)合大學(xué)短暫卻又不平凡的歷史娓娓道來(lái)，眾人聽(tīng)完后紛紛鼓掌。
雙喜、阿美、潤(rùn)青和華珺四人一起在國(guó)立西南聯(lián)大的門口拍照，這是他們留在西南聯(lián)大的最后一天。阿美對(duì)未來(lái)的規(guī)劃是考取師范學(xué)校，和華珺一樣當(dāng)老師。雙喜準(zhǔn)備告別他們回北平，但一想到?jīng)]保護(hù)好程嘉樹(shù)，雙喜內(nèi)心就十分愧疚。華珺為了程嘉樹(shù)的安全，沒(méi)有將真相告訴雙喜。雙喜和阿美離開(kāi)之后，華珺和潤(rùn)青還在校園里。在潤(rùn)青的鏡頭下，華珺說(shuō)了一番自己對(duì)西南聯(lián)大想要的說(shuō)的話。此景此情，此時(shí)此刻，她心里在想著嘉樹(shù)，雖然沒(méi)有說(shuō)出嘉樹(shù)的名字，但她們彼此心里有數(shù)，潤(rùn)青也知道嘉樹(shù)還在。
只是吃飯的時(shí)候，潤(rùn)青問(wèn)起她有沒(méi)有嘉樹(shù)的消息，卻得知他們從未聯(lián)系，潤(rùn)青沉默了。華珺很感慨，一路走來(lái)，潤(rùn)青、雙喜和阿美，以及程嘉樹(shù)，他們都有很大的變化，好像只有她一個(gè)人沒(méi)變化。潤(rùn)青說(shuō)，因?yàn)樗龔氖贾两K都知道她想要的是什么，而當(dāng)初的他們都太過(guò)幼稚。所以變化才大。馮友蘭來(lái)找聞一多，邀請(qǐng)他和自己一同去美國(guó)加利福尼亞大學(xué)講學(xué)，可是聞一多說(shuō)北平是他的根，北方的青年需要他。
程功同志和過(guò)鐵嶺同志走在寂靜林子里，他傳達(dá)了上級(jí)對(duì)郭鐵林同志的工作安排，讓他繼續(xù)留在昆明負(fù)責(zé)學(xué)聯(lián)的工作。聞一多得知李公樸在大興坡被國(guó)民黨反動(dòng)派暗殺，因而他決定牽頭在云大給李公樸辦一個(gè)治喪會(huì)。周宏章認(rèn)為聞一多的發(fā)言會(huì)極具煽動(dòng)性，將阻止聞一多的任務(wù)交給文頡。文頡讓阿美去轉(zhuǎn)告聞一多，切勿去明天的報(bào)告會(huì)。華珺亦從郭鐵林口中得知，反動(dòng)派已經(jīng)盯上了聞一多。
林華珺去找聞一多，勸說(shuō)他明天不要去報(bào)告會(huì)。雖然她知道勸動(dòng)聞一多先生的可能性很小，但她還是努力勸說(shuō)。聞一多何嘗不知道明天的報(bào)告會(huì)危險(xiǎn)重重，可若是他不去，如何告慰亡靈，他沒(méi)有槍，唇舌便是他的武器，他必須抗?fàn)幍降?，他相信家人和妻子?huì)支持自己。聞一多先生還告訴林華珺，在屈原那個(gè)時(shí)代有兩種人，一眾人可以為了榮譽(yù)不要性命，此乃愚不可及，還有一眾人可以為了生命不要名譽(yù)，此乃智不可及。愚不可及者是智，智不可及者反愚。見(jiàn)狀，林華珺和聞一多的兒子都要陪他一起去。
高孝貞沒(méi)有阻止，只是叮囑聞一多早些休息。次日，聞一多臨行前，高孝貞讓他早點(diǎn)回來(lái)。聞一多去到報(bào)告會(huì)外，文頡勸說(shuō)加威脅，聞一多越過(guò)他走進(jìn)報(bào)告廳內(nèi)。聞一多站上臺(tái)，嚴(yán)詞斥責(zé)反動(dòng)派殺死李公樸的卑劣無(wú)恥行為。他的話引得報(bào)告廳內(nèi)眾人紛紛鼓掌，聞一多的話擲地有聲，他說(shuō)你們殺死一個(gè)李公樸，還有千百萬(wàn)個(gè)李公樸站出來(lái)！人民的力量，是要?jiǎng)倮?，真理是永遠(yuǎn)要?jiǎng)倮模胬硎怯肋h(yuǎn)存在的?，F(xiàn)在正是黎明前最黑暗的時(shí)刻，他們有力量沖破這個(gè)黑暗，他們的光明恰是國(guó)民黨反動(dòng)派的末日。
周宏章的人致電周宏章，得知會(huì)場(chǎng)失控，周宏章下命令動(dòng)手，并表示如果這件事辦好了，他可以接替文頡的位置。聞一多看到記錄李公樸遭到暗殺的特刊已經(jīng)印出來(lái)，便吩咐林華珺他們把特刊分發(fā)下去。郭鐵林希望聞一多先不要回家，但聞一多執(zhí)意回去。1946年7月15日，聞一多和兒子聞立鶴在返家途中，遭到國(guó)民黨特務(wù)的暗殺，聞一多身中十余彈，不幸遇難。聞立鶴為保護(hù)父親，中了五槍，留下殘疾。噩耗傳出后，MZ東和朱德發(fā)出唁電，周恩來(lái)以中國(guó)GCD代表團(tuán)的名義致電聞一多夫人高孝貞。
周宏章將殺害聞一多的臟水潑給文頡，讓他背了黑鍋。文頡登時(shí)便明白，自己成了替罪羊。1949年1月31日，中國(guó)人民解放軍和平解放北平，裴遠(yuǎn)之帶潤(rùn)青去見(jiàn)了畢云霄。她拿出婚書讓畢云霄簽字，證婚人也找好了，是裴遠(yuǎn)之先生。畢云霄再一次萌生退縮的心，推著輪椅想離開(kāi)，后被潤(rùn)青的話感動(dòng)，鄭重在結(jié)婚申請(qǐng)書上簽下了自己的名字。1949年10月1日，中華人民共和國(guó)成立。不久后，在一個(gè)平凡的一天，林華珺結(jié)束上課，有一位同學(xué)想請(qǐng)她解一道題，看到題目的時(shí)候，華珺就知道是嘉樹(shù)要回來(lái)了。
1937年7年7日到抗戰(zhàn)勝利，整整八年，西南聯(lián)大經(jīng)歷了南遷，精神永續(xù)永存。林華珺留在昆明中學(xué)繼續(xù)教書，阿美也和華珺一樣，做了一位教書育人的老師，雙喜考入清華大學(xué)數(shù)學(xué)系，嘉樹(shù)和云霄開(kāi)始了高能物理研究，他們的時(shí)代到了。中國(guó)人民共和國(guó)成立后，趙忠堯、華羅庚、朱光亞、鄧稼先等人相應(yīng)祖國(guó)號(hào)召，陸續(xù)回國(guó)投身于祖國(guó)建設(shè)，程嘉樹(shù)和畢云霄開(kāi)啟艱苦的科研工作。1964年10月16日，中國(guó)成功爆炸第一顆原子彈；1967年6月7日，第一顆氫彈爆炸試驗(yàn)成功；1970年4月24日，第一顆人造W星東方紅發(fā)射成功，中國(guó)在逐漸崛起！
全劇終。