蘆焱重傷不治，治療他的醫生說只能保證屠先生問起話來他還能喘氣。時光告訴門栓他將蘆焱釘進了箱子里，為了給他這條腿報仇。門栓說時光該記恨的不該是蘆焱而該是他。時光問起了藏在心底多時的疑問，他問門栓只打傷他的腿而不打死他是不是為了讓他養好傷去打日本人。門栓說還想拿活時光換回活青山，還有他們是朋友。門栓和青山一直在幫他，幫他認清抗戰統一的必要性。時光打心底抗拒他的這番大義凜然的陳詞濫調，門栓氣息奄奄地重復著：“時光，我們是朋友。”
探望了門栓，時光來到關押九宮的刑房。天天砍人的人是最害怕挨打的人，九宮被上了刑，痛得大叫。九宮說他是在中國長大的日本孩子，連母語都說不利落的可憐蟲。他邊忍著痛，邊大喊著：時光，我羨慕你啊。沒能忍過多少刑法，九宮格便招了所有的事。時光心里明白，并非九宮不漢子，而是夾在日本人與他們中間，九宮早就不想抗了。在一年前阿部堪治便與若水達成密議，利用共產黨的種子挑起若水和天目山的沖突讓他們矛盾激化，等屠先生的勢力將若水的勢力吃掉以為他們實力耗盡，趁屠先生掉以輕心之時一鍋端掉他的勢力。九宮死死求饒，時光卻不念舊情。他反嘴說他恨他們，時光一槍結果了他的命。
屠先生的手下將門栓和蘆焱帶到他的面前。他倆唱著雙簧明里暗里諷刺屠先生，屠先生卻不動一點聲色。門栓救了屠先生的命，于是他為門栓準備了專門為青山和若水的槍，裝的是他親自鑄造的子彈。不管怎樣，門栓是必須要死的，他覺得這對于門栓來說是一種福利。門栓不畏生死，只嘶啞著嗓子問：“先生，你把我們殺光之后會去殺日本人嗎？”屠先生猶疑不決，避重就輕地說：“我會去殺你想殺的人，去死吧。”隨即開槍，門栓應聲而倒。而對于蘆焱，屠先生并不打算讓他死，他決定就此放了蘆焱，讓蘆焱因為逮捕令停滯了整整十四年的生活重新開始流動，做回一個普普通通的人。他也回應了昨晚蘆焱的要求——一個箱子兀地打開，蘆淼的尸體萎頓倒地。蘆焱忍著淚水，告誡自己不要哭，不要讓別人看他笑話。蘆焱與屠先生像兩個熟識的人拉家常一般談論著蘆淼，他靜靜站起身，突然朝屠先生撲去。時光利落的身形攔在時光面前，一拳打得蘆焱大吐苦水，他警告時光不要再向前走一步。蘆焱笑了笑，將青山留給他的毒藥交給了屠先生，他實在太該死了，所以蘆焱真誠地祝他早日赴死。屠先生下令割掉蘆焱的耳朵然后放他走，時光心有不忍然而終究沒有說什么。
屠先生放走蘆焱只不過是想與若水做一筆交易。蘆焱被套住頭袋仍在樹林里，若水只帶著一輛車一個司機便光明正大、毫無遮掩地出現了。他想拿自己的命換兒子的命。
若水看出他的司機打算賣主求榮，使了個小計先下手為強將他殺了。自此，若水身邊最后一個手下也不在了，真真正正地變成了眾叛親離。他只剩一個兒子了，他決心要救下他的小兒子。蘆焱知道屠先生放他走就是為了引若水上鉤，救子心切的若水明知山有虎，偏向虎山行。蘆焱勸父親快走，若水說自己有最后的絕招。他大步走出幾步，朝屠先生所在的方位跪了下去，重重磕了幾個響頭，他大聲說自己徹底服輸，甘愿認漢奸罪名換兒子一條命。屠先生聽到手下的匯報，打算做成這筆命換命的交易。若水舍棄了他的命、他的名、他一輩子還有他的驕傲，只為了換他兒子的命，依他的性子這不會是陰謀。他吩咐手下等若水死了便給重慶呈文：若水通日，轉而親共，我方星夜追捕，被時光擊斃于紅白交界的兩棵樹。
時光端坐在后排車椅上，他旁邊九宮靜靜地坐著，不像是死去倒像是睡著了。跟隨他的兩個人，門栓和九宮，如今都死了。他對九宮只有同情沒有友情，對門栓只有友情沒有同情。他同情連母語都說不利索的九宮為了給所謂的天皇效命而混沌的一生。他對再也不能聽到的九宮說，去殺了阿部堪治吧，有志氣點。車行駛到阿部堪治軍部的門口，時光將九宮的尸體推了下去，隨即絕塵而去。阿部堪治的手下將九宮的尸體拖走，還在車中的九宮默默倒數著，倏地按下按鈕，九宮的尸體爆炸了，炸死了阿部堪治。
若水父子兩相扶持著預備向西北徒步而行，屠先生下令放任若水將他的兒子送到兩棵樹。蘆焱為父親撿劈柴之時，遇上了時光。時光自殺了青山和小家之后，了無牽掛，對事情看得越發地清醒。他告訴蘆焱，他會在若水過了黃河便對他動手。經過這一系列的變故，時光的心已經悄然發生了變化，他開始追問自己活著的意義，追問蘆焱為什么能一直堅持著活下去。蘆焱說自己有朋友有家人，牽掛的人便是他活下去的動力。時光跟他不一樣，他幫不了時光。蘆焱背起柴火轉身就走。時光舉起槍，叱喝一聲：“站住！”蘆焱頓了頓，仍然踉踉蹌蹌地走了。
來到西北，若水感慨好生荒涼，好生寂寞。他怕的就是荒涼，就是寂寞。前面就是黃河，若水也知道時光對蘆焱說的話，但他仍然執意要渡黃河。時光與雙車尾隨而來，雙車煞有介事地跪下來，朝前拜了拜。時光訝異地問他這是做什么，雙車說黃河是中華之河、媽媽河，不管是長江還是黃河都是一樣的，該拜一拜。時光忽然從雙車身上明白了一個道理：長江黃河其實都一樣的，就像很多生離死別對于每一個中國人來說都是一樣的。時光也跪了下來，向黃河拜了三拜。
若水父子來到兩棵樹，時光卻獨自待在教堂。他對自己的人生產生了懷疑，他不怕與屠先生作戰，他知道，屠先生也知道。只是一旦失去屠先生他將一無所有。他不知道為什么要活著，也不知道為什么要死。手下向他匯報若水已過了黃河，他卻不為所動，他將手槍抵在了自己的腦袋上。
蘆焱語無倫次地讓雙車放了他父親，殺了他。若水給雙車使了個顏色，說要求用屠先生迫切想知道的大把秘密換他只囚不殺的承諾，雙車答應上報屠先生。蘆焱以為父親真給自己留了后手，傻呵呵地笑。時光的手下突然說時光不見了，若水大笑屠先生的太子爺出岔子了。剛出關的蘆焱突然明白若水不是有后路，而是希望兒子踏踏實實地上路。
若水連聲催促兒子快走，好好活下去。蘆焱正依依不舍地準備離開，天目山的人說屠先生來電：在場職務最高者擊殺若水，火速尋找時光。蘆焱果斷又轉了回來，若水勸兒子好好活著，做一個好人。人沒了陰謀的時候，才會記得起他最初的理想：少年的中國沒有學校。嘭地一聲，蘆焱眼睜睜地看著自己的父親倒在雙車的槍下，他默默接上父親沒說完的話：他的學校是山川和大地。而后蘆焱轉身離開，面向著黃河無聲痛哭。雙車找不到時光的蹤跡，看著自己空空的手心，念叨：時光只會流逝，人怎可能找得到時光呢？
時光正式向屠先生開戰，打一場屬于自己的戰爭，他再也不會回到屠先生的身邊，一直戰到他最后一口氣。為了青山，時光騎著馬找到蘆焱，決心載他一程。他很羨慕蘆焱，一直都知道自己想要去往什么地方，從未改變，而他并不知道自己要去哪。蘆焱信了他的說辭，說從前想去延安，但現在不想去了，他想去一棵樹，把一棵樹變成延安，再把兩棵樹變成延安。如果還有三棵樹，四棵樹，五棵樹，他都要把它們都變成延安。為了自己存在的意義，也為了為他父親的救贖。時光騎上馬，朝蘆焱伸出了手。蘆焱抓住那只朝自己伸過來的手，兩人一馬同行來到了一棵樹。蘆焱的生活剛剛開始了，時光的人生也正式開始了。他聽從蘆焱的話，不尋死，不賭氣，去找尋自己想要的東西。
與時光分道揚鑣之后，蘆焱回到睽違已久的一棵樹，朝空曠無人的空地大喊：“野豆子，花機關，你們出來，老子一個打你們三個！快出來，再不出來，老子一個打你們三個！”然而無人應聲，蘆焱昏倒在地上。一棵樹的鄉親們發現了蘆焱圍了上來，叫著他昔日的化名何思齊何先生。他們又打起賭來，賭蘆焱這次是不是死了。蘆焱緩緩睜開眼睛，聽著他們爭執吵鬧的聲音。一切還如當初一樣，真好。
半年后，蘆焱收到了來自延安的郵包。大家爭著搶著拆開蘆焱的包裹，便是當日蘆焱托卞融寄過來的教科書。一日，蘆焱獨自站在荒涼的草原上，身著樸素的卞融出現在他的面前。他輕聲說：“你來了。”卞融輕聲回答：“我來了。”一棵樹通了郵件，但淪陷區和國統區沒有通郵件，她是親自將書背到了延安，然后寄到一棵樹。除了書，還有她自己，還有藥。
卞融在蘆焱的身邊席地而坐，聽他嘮叨著一棵樹的瑣事，什么野豆子能背整篇課文了，什么花兒背著百歲牌位又出嫁了。卞融輕輕笑道：“別再嘮叨了。”蘆焱擁著卞融，回答：“不再嘮叨。”
南京街頭，車水馬龍。一個衣衫襤褸的婦人對施舍的路人連聲道謝，時光對著自己手中的照片，模樣頗有幾分相像。時光緩步走過去，詢問她是不是有個女兒姓薛。婦人說是。而后時光問她的女兒叫什么，婦人輕聲說：“杜鵑。”時光輕聲重復著小家最初的名字，泣不成聲。小家離開了，她給時光留下了如此貴重的酬勞：一個媽媽，一個家。時光朝婦人連磕幾個頭，哽咽：媽媽，我是杜鵑的男人。跟我回家，兒子來看你了。
夕陽無限好，人們終將又要迎來另一個嶄新的日出。好家伙們又要繼續出發。