一九二七年，北伐大捷，一個(gè)期盼了近百年的少年中國(guó)似乎近在眼前。四月十二日，國(guó)民黨激進(jìn)派聯(lián)合幫派勢(shì)力，向紅色陣營(yíng)發(fā)動(dòng)襲擊，史稱“四一二政變”。僅十二日至十五日，被殺三百余人，被捕五百余人，失蹤五千余人。失蹤者多半是永遠(yuǎn)失蹤了，國(guó)共第一合作破裂，近代中國(guó)再次進(jìn)入茫茫黑夜。屠先生——分裂勢(shì)力中的實(shí)干家，以畢生精力把江湖幫會(huì)統(tǒng)合成他的暗流王國(guó)，曾與紅色陣營(yíng)合作無(wú)間，政變中卻成為極具組織和改革的劊子手，一時(shí)如日中天。
一九二七年四月十五日，上海街頭，車水馬龍。
屋塔上一名身負(fù)炸彈的紅衣少女靜靜旋轉(zhuǎn)。她神色冷峻地望著街頭緩緩駛來(lái)的轎車。她知道，里面坐著的便是大名鼎鼎的右派勢(shì)力屠系掌門——屠先生。突然她將手中炸彈投向漸漸駛近的轎車，隨著爆炸聲撕裂寧?kù)o的上海，街頭巷尾應(yīng)和般地竄出各路來(lái)人展開(kāi)一系列刺殺屠先生的行動(dòng)。紅衣少女被槍擊引發(fā)身體上的炸彈爆炸。阿卯揮著鋤頭沖向轎車，卻被人攔截，亦自爆于亂斗之中。?原本只是過(guò)路人的蘆焱見(jiàn)此忽然激發(fā)了心中的正義心和激憤，手持只剩匕尾的匕首沖了過(guò)去，然而人剛到車門前這份義憤填膺卻轉(zhuǎn)瞬被心智崩潰所取代。屠先生手槍指著蘆焱的腦袋，蘆焱不管不顧地擎住屠先生的手臂，發(fā)了瘋似的拿斷匕一下又一下地死戳屠先生腹部。刺殺以失敗告終，蘆焱逃離上海，受傷的屠先生對(duì)其恨之入骨、大肆通緝，將其列入追殺榜之首，代號(hào)“紅先生”。從此，蘆焱多次化名，逃亡9年，尋找容身之所。
一九三六年，西北，烏云密布，北風(fēng)呼嘯。
蘆焱昏倒在西北荒野中，幸而被附近的村民救醒。喂他喝水的大叔讓他賠償二毛五，只因他跟村民打賭蘆焱會(huì)死卻沒(méi)想到他活了過(guò)來(lái)。氣息微弱的蘆焱并未理會(huì)，只詢問(wèn)這里是不是保安。聞言村民們笑話他只說(shuō)這里是天不管地不管的一棵樹。大叔搜了他身子發(fā)現(xiàn)他身上沒(méi)有一分錢，便吆喝著兒子回家不再管他，村民們也紛紛離開(kāi)了。臨走前有位村民問(wèn)他姓名，他猶豫了半響，答道：“何思齊。”
這天晚上，兩個(gè)頭套麻袋和豬圈的人突然挾持蘆焱。蘆焱正準(zhǔn)備吃毒藥自盡，對(duì)方卻說(shuō)只是開(kāi)個(gè)玩笑，將蘆焱稱為同志。蘆焱不知是敵是友，只下意識(shí)地裝傻充愣。然而對(duì)方一人卻將他的秘密一一道出，說(shuō)有人托他照顧蘆焱，并勸蘆焱趕緊回頭。因?yàn)楸０苍谡屑{進(jìn)步青年，屠先生的人很容易便能裝扮成進(jìn)步青年將他綁架。蘆焱卻說(shuō)無(wú)所謂，只求“朝達(dá)、聞道、夕死”。那人再三勸阻無(wú)效，不知是夸還是嘆地說(shuō)了一聲“輕狂孟浪”，便將一個(gè)小本子交給蘆焱，告訴他這本子便是“種子”，保護(hù)種子的人也叫“種子”，并聲稱種子成員組織正式接納了他，讓他老實(shí)待在一棵樹等聽(tīng)到“驚蟄”就有人來(lái)找他。蘆焱借口握手將諸葛騾子頭上的豬圈和麻袋掀開(kāi)了。諸葛騾子說(shuō)此后都由他來(lái)管他，叮囑他拼了命也要保護(hù)好種子。蘆焱感覺(jué)，這一切就像做夢(mèng)一樣。
因逮捕紅先生不力，屠先生兩名部下被發(fā)配新疆。而與此同時(shí)屠先生的得力助手時(shí)光不甘于留在上海簽字和發(fā)電報(bào)，一意孤行地打算身赴非隔離帶——兩棵樹。奉屠先生之命，屠系手下門栓和九富只得緊緊跟隨時(shí)光。三年后，穿過(guò)大沙鍋地帶，時(shí)光帶領(lǐng)手下來(lái)到了離延安不遠(yuǎn)的共治區(qū)——一棵樹。時(shí)光對(duì)這片之前國(guó)民黨無(wú)人能入的紅軍蘇維埃地區(qū)既感新奇又不以為然，因著屠先生送來(lái)的共黨與日寇作戰(zhàn)的武器粗糙至極而不堪一擊。意氣風(fēng)發(fā)的他準(zhǔn)備為屠先生在這塊土地上烙上他們的足跡。
留在一棵樹的蘆焱化身為教書先生正教著小孩子們踢球，這時(shí)國(guó)民黨官派督教巴冬來(lái)卻數(shù)落他的教具粗糙。蘆焱謙虛說(shuō)到自己認(rèn)得幾百個(gè)字便濫竽充數(shù)一下，巴東來(lái)卻痛斥他誤人子弟、誨人不倦。目不識(shí)丁的村民們反而對(duì)他不屑一顧。因?yàn)樗旄哒勯熣摚瑓s從不教學(xué)。
皖南事變后，屠系勢(shì)力天目山的雙車?yán)洗蠛腿羲庀麓业男γ姹┮约爸泄采虾５叵曼h聯(lián)絡(luò)人種子成員陳植于一密室秘密商議國(guó)共合作的事。屠系勢(shì)力與若水勢(shì)力雖只是上海灘的兩大勢(shì)力幫派，卻也吃著國(guó)民黨的官家飯。雙車和笑面暴笑稱陳植為“拉和老陳”。而陳植也不辜負(fù)這個(gè)稱謂，盡職盡責(zé)地從中斡旋，只為勸服兩大勢(shì)力與共軍合作一致對(duì)抗日寇。屠系與若水本水火不相容，最近卻似乎也勾結(jié)起來(lái)暗中監(jiān)視共產(chǎn)黨。陳植小心應(yīng)付著笑面下的波濤暗涌，發(fā)現(xiàn)他們一致圖謀著他手里的”種子“。突然，廳外有人高呼“驚蟄！船家的人！驚蟄！”。隨后那人立即被守在室外的啰啰們亂刀砍死，一下失聲。陳植看了看眼前面上談笑風(fēng)生的兩人，冷冷一笑，說(shuō)驚蟄就意味著我方被崛起了至少十個(gè)以上的站點(diǎn)，反問(wèn)他們是不是要同室操戈等著日寇踏平中國(guó)。
秘會(huì)表面的和諧終于分崩離析，天目山與船家的人正式向共黨拔槍開(kāi)火。陳植吩咐邱宗陵發(fā)報(bào)明碼“驚蟄”，邱宗陵卻趁陳植轉(zhuǎn)身之后掏出手槍指著他的腦袋，陳植解開(kāi)外套紐扣露出綁上身上的手雷，說(shuō)要死一起死。恰在此時(shí)，九宮浴血奮戰(zhàn)到門口，被邱宗陵眼疾手快地開(kāi)槍打中腹部。陳植急忙掩護(hù)九宮逃上天臺(tái)。九宮質(zhì)疑陳植為何不將他們一網(wǎng)打盡，陳植解釋邱宗陵叛變以及縮頭縮尾的笑面暴竟敢出頭，種種跡象都疑點(diǎn)重重。陳植囑咐他一定要活著出去，保護(hù)好種子并告訴青山，隨即將他推下天臺(tái)。
上海灘忽然間淅淅瀝瀝地下起了雨。原本沆瀣一氣的雙車和笑面暴之間忽然劍拔弩張。陳植正準(zhǔn)備返回密室，卻發(fā)現(xiàn)邱宗陵一臉疲憊地對(duì)笑面暴說(shuō)人都死了。笑面暴慫恿拿到種子的邱宗陵一起去領(lǐng)賞慶功，卻被邱宗陵拿槍抵住了腹部。邱宗陵將笑面暴逼迫到天井邊隨即開(kāi)槍打死笑面暴與他雙雙墜下樓層，他對(duì)雙車高聲說(shuō)船家的人要?dú)⑷藴缈凇＿@一句話成功點(diǎn)燃了兩方勢(shì)力之間的導(dǎo)火線，雙方氣勢(shì)洶洶地意欲開(kāi)打，卻被雙車叫停。陳植默默走進(jìn)密室發(fā)出了之前未發(fā)出的電報(bào)。
正在一棵樹行醫(yī)的醫(yī)療隊(duì)長(zhǎng)訓(xùn)斥卞融胡亂派藥和注射器。卞融心里委屈，賭氣說(shuō)自己把東西要回來(lái)。蘆焱安慰著卞融，卞融邊哭著說(shuō)討厭邊抱住了他。
時(shí)光與手下們正嘲笑著若水手下高泊飛終于敢離開(kāi)兩棵樹了，這時(shí)一個(gè)手下報(bào)告他們截獲了共黨發(fā)來(lái)的明碼電報(bào)“驚蟄”。時(shí)光確認(rèn)電報(bào)無(wú)誤之后，門栓正準(zhǔn)備吩咐弟兄們上馬出發(fā)，時(shí)光卻交代大家休息，等跟他們一樣覬覦“種子”的高泊飛沒(méi)有進(jìn)展再開(kāi)始行動(dòng)。
邱宗陵原來(lái)是屠系深藏在共黨中為奪取“種子”而安排的內(nèi)應(yīng)“邊炮”，他告訴雙車笑面暴意欲殺他。雙車卻說(shuō)他拿到種子就可以死了，就算死也不能殺笑面暴，以至于現(xiàn)在引發(fā)屠先生與若水之間更深層次的沖突。雙車怒發(fā)沖冠，帶著手下來(lái)到密室找到陳植，種子卻已不知所蹤。邱宗陵拉動(dòng)電臺(tái)引發(fā)了小爆炸，本以為會(huì)同歸于盡的雙車卻只是被震得耳朵不好使而已，他氣急敗壞地命人狠狠地打陳植。邱宗陵暈倒之前說(shuō)陳植可能正是通緝榜之首的紅先生，雙車便命人一定要將生死不明的陳植救活過(guò)來(lái)。后來(lái)，他將陳植和邱宗陵雙雙關(guān)入牢中。
諸葛騾子向蘆焱解釋驚蟄便是我黨地下組織被連根崛起的危險(xiǎn)信號(hào)。在此之前發(fā)生過(guò)兩次這樣的事。一次是因?yàn)槌隽酥卮笈淹剑硪淮伪闶且驗(yàn)橥老壬７N子便是事先留存的備份以及保護(hù)這些備份的人，種子的意義在于防止聯(lián)絡(luò)網(wǎng)的中斷。而將種子護(hù)送到地頭讓種子生根發(fā)芽便是種子成員的任務(wù)，哪怕粉身碎骨也不能有辱使命。這次被崛起的站點(diǎn)便是蘆焱的老家上海。然而蘆焱仍是不明白種子為何，他們究竟為什么而活。可能連種子們都不知道是為了什么，也不知道究竟有多少種子。只知道這是個(gè)陽(yáng)謀，種子們都是單線接頭。沒(méi)有事的時(shí)候種子們都是普通老百姓，有事的時(shí)候便把自己的身子往上填，被戲稱為“打兔子”。其實(shí)只有一個(gè)是真種子，其余的全都是假種子，而只有青山知道這其中的真相。
兩棵樹本有一個(gè)連的中央駐軍，卻被兩伙名為馬匪實(shí)為暗流的勢(shì)力占據(jù)。一伙是屠系手下時(shí)光帶領(lǐng)的天外山，另一伙是若水麾下高泊飛的黃沙會(huì)?。種子們要穿越三棵樹奔赴上海，任重道遠(yuǎn)。大約因此，騾子笑說(shuō)種子間見(jiàn)面常說(shuō)“送死的人來(lái)了”。騾子和蘆焱等種子們要開(kāi)始啟程了，他們誰(shuí)都不能知道對(duì)方的路線，以免被人在嚴(yán)刑逼供之下出賣。蘆焱走之前將攔截孩子們的巴督教痛打一頓，村民們覺(jué)得大快人心。
諸葛騾子說(shuō)落單的兔子好打，順便用自己的繩子換走了蘆焱身上所謂可以選擇死法的寶貝。蘆焱心痛就這樣失去跟了他十三年的東西，更為迷茫不堪的未來(lái)和命運(yùn)苦悶煩愁。賣酒的小老板送了他一大壺水，村民們和孩子們也都為他的離開(kāi)而依依不舍。蘆焱發(fā)誓自己一定會(huì)再回來(lái)。
隨著一聲炮響將一棵樹的癡傻胖子洋芋擦擦炸死，高泊飛帶領(lǐng)著馬匪們來(lái)到一棵樹。蘆焱怒吼著要?dú)⑺礼R匪卻被同行的人死死摁在馬車上。而對(duì)此早有防備的一棵樹村民和醫(yī)療隊(duì)長(zhǎng)點(diǎn)燃準(zhǔn)備好的土炮，然而土炮卻因早已老化而毫無(wú)反應(yīng)。高泊飛只想著多殺幾個(gè)人充當(dāng)種子向上邀功領(lǐng)賞，帶著手下燒殺搶劫。隨后而來(lái)的時(shí)光認(rèn)為高泊飛濫殺無(wú)辜只為邀功不合他意，吩咐門栓打掉高泊飛的看馬的。此時(shí)共產(chǎn)黨的軍隊(duì)趕到一棵樹，村民們歡呼一棵樹有救了。高泊飛只得帶著馬匪們?nèi)プ否R。巴東花了五塊大洋坐上了馬車，而蘆焱的馬車因?yàn)轳傁蚍较蚪厝幌喾吹臇|溝而躲過(guò)了時(shí)光的搜查。而后時(shí)光卻發(fā)現(xiàn)蘆焱中途下了馬車往兩棵樹走去，他帶著手下攔下蘆焱，門栓說(shuō)出了蘆焱化名為何思齊之后捏造的生平歷事。蘆焱誤以為之前在一棵樹濫殺無(wú)辜的是時(shí)光，冷靜清醒地說(shuō)一定會(huì)殺了他。然而時(shí)光給了他一把槍他卻說(shuō)自己沒(méi)種不敢動(dòng)手。時(shí)光說(shuō)在一棵樹喊打喊殺的是黃沙會(huì)，而自己只是打的只是黃沙會(huì)的馬匹。蘆焱看出時(shí)光說(shuō)的是真話，道了聲謝并說(shuō)自己只是想落葉歸根回到家鄉(xiāng)臨潼。時(shí)光看出蘆焱的疑點(diǎn)，卻因自信于自己的掌控力將他放行，并讓門栓查清蘆焱的圖謀。隨后時(shí)光攔截了諸葛騾子的騾車，騾子裝傻演戲卻沒(méi)有逃過(guò)時(shí)光的火眼金睛。騾子說(shuō)他是受人所托帶著三百大洋去贖回高泊飛綁架的古老板，他直覺(jué)騾子是種子卻因疑惑騾子與高泊飛的關(guān)系而免他一死帶回刑訊。
雙車帶著吃的來(lái)到牢中，雙車直接問(wèn)陳植是不是紅先生。陳植卻打了個(gè)哈哈，道破雙車目前的當(dāng)務(wù)之急，建議雙車將邱宗陵作為替死鬼緩解屠系與若水之間的緊張關(guān)系。雙車對(duì)于邱宗陵的作用不以為然，而陳植卻暗示邱宗陵游走于三方勢(shì)力中有可能還與日本人有關(guān)。雙車知道陳植是個(gè)打死撬不開(kāi)牙門的狠家伙，所以在屠先生發(fā)令之前他不會(huì)過(guò)問(wèn)種子的下落。