在酒店吃飯時,一個神色不安的人引起柯南的注意,柯南等人暗中跟蹤并進一步詢問得知,此人名叫遠藤,他的兒子被人綁架,為保兒子安全而沒有
報警,小五郎決定幫他。次日,犯人打來電話要錢,遠藤聽到了兒子說有螃蟹和鯨魚,這是找到犯人據點的唯一線索,小蘭、柯南和小五郎走街串巷
的找有螃蟹和鯨魚的地方,柯南想起了漏掉的線索,順利找到有「螃蟹和鯨魚」的地方,將人質解救。
這天小五郎帶著小蘭和柯南到外面吃完飯時巧遇大學時代的同學大村。因為有事商量他們一同到了大村的公寓。在屋里喝茶說話時,窗戶玻璃突然碎
了而在樓下的馬路上突然有個男人倒地身亡。在警方調查下發現死者生田是在和同學聚會的途中出去后死亡的。而在勘察了現場之后柯南發現了犯人
使尸體自動摔下的手法并以小五郎的聲音揭露了犯人的犯罪手法。犯人最終承認了罪行并坦白了自己殺人的原因。
小五郎的師傅塩田,在劇院找到了處理威脅事件的小五郎,而此時,他們正趕上女主角祥子和男主角宇田彩排一出殉情的戲碼,可祥子卻在演戲中被
真正的毒殺,當所有的嫌疑都指向和水杯有關系的館岡和中山時,塩田卻搖頭否認,期間小五郎意外受傷而離開。思考陷入瓶頸的柯南,從塩田突然
談起的芥川龍之介的《蜘蛛絲》得到啟示,找出了兇手。