南征出戰前，燕青往御香樓辭別李師師，李師師為其祈禱，保佑燕青平安歸來。魯智深借拜謁智清長老為名，再次皈依佛祖，留在大相國寺修行。另公孫勝不辭而別，南征之時，宋江軍營大旗被狂風吹折，梁山頭領心情沉重。梁山軍攻破蘇州城，蘇州守將──方臘之弟方貌城南逃。蘇州之戰，雙方死傷慘重，楊志斷腿。

宋江勸降無望，只得與方臘決戰，盧俊義率軍從旱路攻城，被守城的龐萬春用擂木滾石壓下，時遷攻城，方臘軍以磨盤石塊拋下，時遷終至斃命。杭州之戰，宋江先勝，但梁山將領三十余人陣亡，城內一片狼藉。蔡京、高俅得知宋江攻陷杭州，恐怕宋江獲得南征首功，特讓童貫取代南征招討張叔夜，并讓童貫務必搶在宋江剿滅方臘前趕到南軍營，同時又將張叔夜召回京城問罪。

梁山軍與方臘軍短兵相接，方臘軍節節敗退，烏龍嶺的天然屏障終被宋軍打破，方臘終被生擒，宋軍攻下青溪城，此時童貫趕來，殺了方軍兩千名俘虜，押著方臘的囚籠，搶先回京領功。梁山軍經過南征方臘，死傷大半，武松左臂致殘后，留在六和寺作了清閑道人。