日本內閣緊急會議，準備接收臺灣，并制定作戰計劃，日本軍部按照天皇意旨，宣布海軍軍令,樺山資紀升任海軍大將。同時任命他為首任臺灣總督，并兼任臺灣方面軍務司令官。?日本公使照會，按照馬關條約，限期派員交割臺灣，眾臣商議后，推舉李鴻章之子李經方前去辦理交接事宜，李經方此時才大悟為何李鴻章要他辭官。?李經方從上海起錨前去簽約。丘逢甲向民眾呼吁既然朝廷無力保臺，那就由百姓自主保臺。丘逢甲對唐景崧的部署存在異議，提議讓劉永福鎮守臺北、基隆要地，但唐景崧確不以為然。樺山資紀接替伊東佑亨，并與能久親王商議進攻計劃。?日軍在澳底登陸，而唐景崧誤判形勢，認為是日軍小股兵力試探，沒有增援澳底守軍。李經方乘船至臺灣海面，連日徘徊，逗留不進，選擇日方提出的第二種方案：在船上指認臺灣，包括澎湖列島和附屬島嶼，就算完成交割。隨即在“臺灣交接文據”上代表清廷簽字，從此將臺灣割讓給日本！

基隆失守，臺北危亦，劉永福急派劉成良趕赴臺北接唐景崧。光緒獲悉李經方已經向日本方面交割臺灣完畢，怕與日軍再動干戈，立刻下旨削除唐景崧臺灣巡撫一職，命其即刻回京。?唐景崧部署失誤，沒有堵住獅球嶺天險，日軍比原計劃提前進攻臺北。劉成良請唐景崧去臺南，他卻說要與臺北共存亡。但最終唐景崧辜負了抗日軍民的重托，著便衣乘最后一班船逃回大陸。?樺山資紀在臺北舉行入城閱兵典禮，宣布對臺灣行使統治權！丘逢甲、林朝楝、楊泗洪、徐驤等人投奔劉永福，劉永福表示不計生死，共御倭夷！日軍先遣隊和運輸隊先后遭到襲擊，能久親王下令對臺灣軍民進行滅絕人性的殘酷掃蕩。?劉永福經過周密考慮，做出了一個大膽的決定：由書生吳彭年帶領包括黑旗軍和各路義軍共十二營，秘密進入八卦山一帶，伏擊敵人。眾將領血戰八卦山，致使敵軍師團長重傷、旅團長不治。而吳彭年、吳湯興也戰死殺場！?西太后獲悉臺灣戰況，想通過英法等各國主持公道，并讓李鴻章回京。

劉永福決定和日軍決戰曾文溪。?張之洞會見馮相錕，讓他通知劉永福堅持三個月，事情到時會有轉機。唐景崧本打算找機會返京，張之洞奉旨就地免其官職，令其返鄉。?臺灣軍民與日軍展開了異乎尋常的激烈抵抗，自詡勇猛無敵的日本陸軍難以寸進。伊東佑亨奉命率剛剛回國的“第一軍”再次支援臺灣。李鴻章同時會見了英法等國的公使，并向俄法兩國銀行分別借款四萬萬法郎，用于向日本支付第一筆賠款。而西太后希望各國出面斡旋，從日本手中贖回臺灣一事，他只字未提。?小村公使會見孫毓汶，威脅說如果清國的軍隊和武裝人員繼續以各種方式開往臺灣與皇軍對抗，那遼東的日本第二軍將向北京進軍。西太后得知消息后，命軍機處告訴皇上“沿海內地各省，一槍一彈、一兵一卒，都不許往臺灣送”！?日軍發現黑旗軍、民團、山匪正迅速向曾文溪一線集結，樺山資紀表示不管投入多少兵力，都要把曾文溪變成劉永福和黑旗軍的墳墓！我抗日軍民和日軍在曾文溪進行了激烈的戰斗……