范佩清以客席講師身份來到醫學院授課，并且建議大家接觸最新研發的虛擬解刨系統，通過練習剝離皮膚組織，更好地深入觀察人體深層結構。然而醫學生傅劍成的練習成績不合格，卻能夠游刃有余地實刀解刨尸體，甚至發現大體老師身上多處淤青，申請要調看死者生前資料。這種情況是范佩清當法醫以來從未遇過，所以她第一時間決定報警，學生們都覺得尸體泡過防腐劑，證據也都被污染，恐怕法庭和警方未必愿意受理。傅劍成沒有理會同學討論的話題，沉默寡言地走下樓，路過長廊看見小鳥尸體后駐足。
之后沒過多久，網上爆料漢明安養老院虐待老人，視頻里清晰可見失禁老人被護工推到天臺吹冷風，偏巧大體老師正是出自這家養老院。重案組查到近期又有老人陳永福去世，初步判斷死于心臟衰竭，但是在遺體火化之前，范佩清發現陳永福身上也有類似不明顯淤青。傅劍成想要追查陳永福的真正死因，奈何尸檢房禁止法醫之外入內，幸好他的堅持有所回應，范佩清破例讓他旁觀。在整個尸檢過程中，傅劍成表達自己的觀點，最終一致認定老人生前曾經長期處于低溫狀態，繼而導致凍死。
重案組警員來到養老院向護工了解情況，同時拿出引起熱議的視頻，護工承認是為避免吵到其他老人休息，才不得已這么做。可當唐心問及她們有沒有將陳永福推去天臺，兩名護工異口同聲地否認，還表示陳永福患有心臟病，三餐飲食都是比較清淡。與此同時，霍寶英等人找到陳永福的兒子和兒媳，得知他生前來家里吃晚飯，普通清淡食物并無任何不妥，唯獨胡辣湯算是重口。然而這個細節沒有引起警員的注意，反而將注意力關注到養老院分發給老人的魚油營養品。
無良媒體報道湛霆濫藥，導致他近來情緒低落，余星柏為能讓他擺脫這種狀態，通知他帶隊去養老院搜證。湛霆在同事們的鼓勵下，總算是恢復些許信心，又因搜證毫無所獲，為此有些沮喪，即便是發現養老院進購沒受規管的山寨魚油，也無法證明他們虐待老人致死。余星柏安慰湛霆就算找不到證據也沒關系，無所謂外界的流言蜚語，應該要眼光長遠。
神秘人趁護工不備便將李伯推到天臺，并且鎖上天臺的門，直至重案組接到電話匆忙趕來，這才避免老人發生意外。李伯以為是陳永福冤魂來索命，極度恐懼的狀態下說出實情，原來事發當晚，護工把陳永福推去天臺，李伯覺得吵就故意鎖上天臺門，害得陳永福整晚待在天臺。井浩然覺得有人在暗中調查陳永福的事情，因為他們之所以趕去天臺救李伯，全因一通匿名電話，并且查到上傳視頻的IP地址是在范佩清任教的醫學院。范佩清忽然聯想到極度關注養老院案的傅劍成，結果在他家里發現許多動物標本，才知他的母親生前是標本師。
傅劍成知道范佩清的來意，大方承認自己在對面天臺偷拍養老院，以及接近住在鄰近天臺的李伯，通過聊天觀察他的微表情，覺得對方肯定知道許多秘密。為能讓李伯交代真相，傅劍成把他推到陽臺吹冷風，又以匿名的方式給重案組打電話，包括他在茶餐廳聽到的警方問話，最終認定是陳永福子女、李伯和養老院共同造成他的死亡。
因為陳永福生前有高血壓跟長期心臟病，需要控制每天的脂肪和鹽分攝取量，然而當晚陳永福食用過一碗口味很重的酸辣湯，大量飲水導致體內水分囤積，增加心臟負擔，結合長期服用劣質魚油，體內積存汞毒素導致腸功能紊亂。也正因如此，護工看到陳永福失禁尿床，一氣之下推去陽臺，沒想到李伯故意鎖門令她們疏忽陳永福，所以才發生后面的慘劇。
聽過傅劍成的分析后，范佩清不得不承認他很聰明，卻也逾越許多底線，法醫的真正職責是幫死者說話，真正懲治兇手的人應該由警察和法官。傅劍成明白范佩清的意思，也為自己的行為道歉，并且回應自己的模擬解刨成績為何不合格。范佩清回到醫學院，立馬向院方匯報系統存在瑕疵，建議院方停止使用。校長對范佩清大加贊賞，答應會聯系相關技術人員修正系統，范佩清則是透露發現這個瑕疵的人，其實是醫學生傅劍成。
湛霆不告而別，獨自來到西貢海域坐船輕生，臨死之前給師父余星柏發去短信，表示自己完全達不到他的期望，就連養老院搜證工作都出現各種失誤，所以不想再重蹈覆轍，連累法證部和其他無辜的人。余星柏通知大家尋找湛霆下落，終將目標鎖定在西貢海域，等他趕到為時已晚，湛霆徹底失去氣息脈搏。
大家處理完湛霆的后事，回到法證部觸景傷情，發現余星柏已為他們準備好出庭作證的資料，并且著重標記關鍵要點。反觀余星柏是最后到場祭拜湛霆，全程情緒低落直至離開。坐在公交車上，余星柏滿腦子都是檢方在法庭上的羞辱，就算是湛霆付出生命都要惡言相向，瞬間覺得自己完全不配當師父，因為沒有能力保護好徒弟。
霍寶英關心余星柏會出意外，騎著摩托跟在公交車后面，一直抵達終點急忙追過去，想盡辦法安慰他，唱起之前放風箏喝醉酒的那首歌。余星柏在大家面前都是故作堅強淡然，實則心里比任何人都難過，所以牽動著他的回憶，還是忍不住眼眶泛紅。
正當余星柏準備往回走，突然天降大雨，二人躲雨直至天晴。霍寶英想要送余星柏回家，余星柏委婉拒絕，而是借走她騎車專用的頭盔。當晚霍寶英畫了兩個洋蔥頭代表自己和余星柏，放在床邊盯著發呆，忍不住露出嬌羞笑容。
之后的一段時間里，法證部缺少湛霆明顯不適應，去現場搜證經常丟三落四。范佩清看見余星柏來給法證部送東西，主動上前和他攀談。一直以來大家都知道湛霆都把余星柏當作偶像，這也是他加入法證部的終極目標，然而余星柏如此頹廢的樣子，實在是很難讓范佩清徹底安心。
尤其范佩清發現湛霆給余星柏制作的滿分卡，感慨師徒倆習慣都是高度相似，足以說明余星柏在湛霆心里的位置和分量。盡管范佩清能夠理解余星柏痛失愛徒的感受，但是她希望余星柏可以打起精神出庭作證，為法證部、為湛霆討回公道，絕對不要因此而一蹶不振。
灣仔法院二審當天，余星柏舉證摩托車頭盔帶有防水功能，死者并沒有受到視線影響而出車禍。不僅如此，余星柏還在現場找到飛濺到樹干上的牛糞，由此可以推斷私家車司機高速駕駛。辯方律師完全無視余星柏提供的證物，還在往湛霆身上潑臟水，揚言他是一位不可信的證人，要求法庭拒絕采納法證部的意見。
但是余星柏再三強調吃藥和濫藥是屬于兩件事情，何況人非圣賢豈能無過，而他直接拆穿辯方律師肝臟有問題，明知不能熬夜的情況下，居然還在出庭之前去私人會所玩到天亮，甚至給當事人出錯律師函。果然這番話懟得辯方律師啞口無言，審判長結合法證部呈交的新證據，最終宣判被告危險駕駛致人死亡罪名成立。
如今余星柏為徒弟擊敗辯方律師，恢復法證部的名聲，卻還是無法在短時間內走出來，索性申請假期去外地散心，沒想到遇見對搜證感興趣的孩童。余星柏跟在后面瞧個究竟，發現孩子們在向一位名叫司徒亮的老伯學習法證，此時村民慌張跑來通知司徒亮去案發現場，一同前往竟是河上村的沉香樹被人砍斷。
村民們都將此樹奉為風水神樹，保佑著家家戶戶安居樂業，可現在河上村與河下村爭吵不休，互相指責。司徒亮留意到旁邊看熱鬧的余星柏，故意指控他才是兇手，作為外鄉人的余星柏若要自證清白，須得在短時間內找到真正的伐木兇手。
正是因為司徒亮的激將法，余星柏承諾一天時間就能搞定，從現場收集證物到回去檢驗觀察，司徒亮都在有意無意地給出線索。當天晚上，余星柏到司徒亮家里做客，通過聊天得知他是法證部的前輩，并且破獲土瓜灣紙盒藏尸案。
由于這起案子是香港開埠以來第一例沒人證、沒指紋、沒認罪口供的兇殺案，所以在當時引起轟動，憑借著科學鑒定鎖定疑犯。然而司徒亮抱有不同觀點，尤其現場許多證據遭到破壞，盡管疑犯前兩年已經出獄并且不想追究，可是司徒亮始終覺得疑犯是被冤枉，直至今日都放不下。
司徒亮觀察到余星柏請假來河上村，每天跑去湛霆自殺的海域潛水，以為他是想不開。余星柏表示自己潛水是為尋回徒弟的工作證，可惜這么多天以來毫無進展，司徒亮提醒余星柏凡事都要往前看，無論真想潛得多深、飄得多遠，始終都會留在某個角落。
很快余星柏依據動機以及石灰粉找到伐木兇手，并且還發現同伙都是本村人，二人無奈交代是賭錢招惹高利貸，以至于在開車跑路時意外撞斷沉香樹。司徒亮將這件事情發布到網上，還有關于余星柏的視頻，余星柏生氣跑去質問，發現已有媒體記者等在家里，而他不情不愿被司徒亮拉著接受采訪。司徒亮為能查出紙盒藏尸案的真相，未征得余星柏同意，直接向媒體透露會共同重查此案。
當年土瓜灣發生命案之后，警方通過走訪死者羅晶晶的人際關系，迅速將嫌疑目標到男友武志佳身上，包括他所工作的涼茶店也都列入案發第一現場。后來法院判決下達沒多久，涼茶店因此歇業，司徒亮買下涼茶店重新模擬布置，在沒有新型科技幫忙的情況下，唯有采取這種辦法保存線索。
至于警方為何會認定武志佳是兇手，主要還是源于羅晶晶的同學證詞，以及結合環境證物推測武志佳的殺人動機。依照同學所提供的信息，羅晶晶在案發之日去過武志佳的涼茶店，并且和朋友約定夜里十點在馬頭圍村交換漫畫。
然而在此期間，武志佳全程悶悶不樂，疑似是遇到些棘手的金錢問題。羅晶晶離開涼茶店后回家，直至晚上八點獨自出門，曾有目擊者證實她出現在涼茶附近的大廈樓梯。反觀死者的朋友描述自己準時十點抵達馬頭圍村，但是遲遲沒有等到羅晶晶出現，也知道她一向都有不守時和爽約的習慣，索性先行回去，沒想到隔天清潔女工在涼茶店附近發現巨大紙箱，里面正是羅晶晶的尸體。
盡管紙箱和尸體早已界定為被污染，可是考慮到搜集的證物太少，綜合所有人的供詞，死者羅晶晶在前一天晚上八點之后就失去聯絡，所以警方立馬封鎖涼茶店，猜測武志佳存在金錢糾紛，失手殺害女友羅晶晶。
為能更加還原現場，司徒亮拿出裝有武志佳指紋、涼茶藥材和衣物纖維的紙箱，然而這些東西都屬于是環境證據，無法百分之百肯定兇手身份。其實當年民眾非常關注這件案子，警方礙于壓力盡快破案，直接采信還未證實且對武志佳不利的證據，從而忽略武志佳曾經收到過號碼為“A333888”的百元紙幣，怎知案發當天，紙幣憑空消失不見。
余星柏覺得紙幣才是引出兇手的關鍵，可惜警方根本不相信，沒有積極尋找紙幣下落。時至今日已過四十二年，司徒亮迫切希望查出真相，余星柏發現他在涼茶店掃把上找到第三者血跡，立馬聯系法證部進行血液檢驗，報告結論此人極有可能是東南亞籍，并且還有吸毒的習慣。
司徒亮帶著余星柏去找武志佳，發現他正遭到媒體記者的糾纏，多虧好兄弟沈大輝出面解圍，非但沒有嫌棄他以前坐過牢，甚至還給他介紹工作。武志佳很感謝能夠沈大輝這個朋友，二人說話間，司徒亮和余星柏走了過來，拿出第三者的虛擬畫像向他了解情況。可當武志佳看見畫像第一眼，神色驟變，表示自己已經不想要洗刷冤屈，而是希望能夠平平淡淡地生活。
當天下班后，武志佳躲在角落里默默注視一對母女，直到女孩發現嚇得他倉皇而逃。女孩莫靜恩跟過來發現武志佳的小腿受傷，善良地送給他創口貼，武志佳心情復雜，回贈一條蒲草編織的手繩。
經過司徒亮走訪調查，總算查到畫像上的人是一位名叫林發的蛇頭，主要工作是幫人偷渡。司徒亮和余星柏來到林發常去的廢棄酒廠，果然從水泥成分里檢測出異樣，重案組砸開其中一口釀酒大缸，發現里面居然藏著男性尸體。
范佩清對尸體進行檢查，除了腹部致命傷和小腿處的牙印之外，還在其他地方發現鐘表、蒲草手繩以及舊報碎片，DNA比對過后證實死者就是林發。井浩然覺得林發和武志佳之間必然有著密不可分的聯系，或許可以兩件案子合并調查，而他去找武志佳了解情況，看到莫靜恩媽媽在警告武志佳離自己女兒遠點。
兩人前往警局接受審訊，井浩然留意到武志佳送給莫靜恩的手繩，奈何武志佳否認自己認識林發。霍寶英通過舊報碎片翻出一九八零年十月十一日的今朝日報，藏匿羅晶晶尸體的紙箱里面也有這份報紙，唯獨缺少賽馬版，也就意味著林發和羅晶晶身上的報紙屬于同一份。
雖然法醫和法證部沒辦法證實井浩然的猜測，可是他們基本能夠確定林發死亡時間是下午四點，井浩然認為武志佳就算不是殺人兇手，也絕對參與水泥埋尸。范佩清又拿出牙齒檢測報告，強調咬傷林發小腿之人極有可能是八到十二歲的孩子。
霍寶英獨自來涼茶店查案，司徒亮見她對余星柏如此上心，不免回想起初戀女友柳青，對方同為重案組警員，為了幫自己是不遺余力。余星柏在涼茶店外面等司徒亮和霍寶英，三人向興啟物業公司的沈大輝了解情況，詢問他是否見過報紙上的字跡。
沈大輝表示自己完全記不得，事后將司徒亮等人留給自己的復印件丟進垃圾桶，正巧武志佳從垃圾桶里看見這張紙。莫靜恩媽媽賣假燕窩被人拆穿，居然把女兒推出去當擋箭牌，武志佳及時出現趕走辱罵莫靜恩的婦人們，還主動給她買冰淇淋安撫情緒。
莫靜恩非常感謝眼前這位大叔，相信他絕對不會是殺人犯，其實武志佳已經知道兇手身份，可他顧念朋友情義不愿供出，何況就算是翻案也無法讓時光回溯。此時莫靜恩無意間說的話提醒武志佳，主動向司徒亮和余星柏提供中學時期的照片，認定沈大輝就是兇手。當晚司徒亮接到霍寶英的電話，得知她已經聯系收藏失蹤紙幣的知情人。