當年范佩清作為黃永權的助理，收到指示幫忙處理一起死因調查，并且給出相應的尸檢報告，成為檢方控告秦克男的有力證據。可時至今日，范佩清陷入自我懷疑，為能尋求真相，委托余星柏代她上門拜訪黃永權。余星柏在門外遇見霍寶英，二人走進房間發現黃永權突發疾病去世已久。
自從米歇爾案件發生之后，韋建邦遭到公司同事和社會各界的非議，而他也主動承認自己曾經為生意會和客戶上床，但是現在已經改過自新，回歸家庭。正當建邦向大家保證會好好經營公司之時，重案組以劫殺案對他實施逮捕，帶回警署接受審訊。
韋建邦自知瞞不下去，如實交代自己之所以會和米歇爾吵架，其實是拒絕對方提出上床的要求，所以米歇爾一怒之下打了他耳光，甚至還在酒水里下藥。可是法證部調查現場，除了韋建邦和米歇爾以外，完全沒有第三人在場，也就意味著韋建邦即將面臨謀殺控訴。
譚倩雯不遺余力要給建邦尋找證據，奈何案發現場外部環境存在監控盲區，包括接送譚倩雯的出租車未裝記錄儀，關于黑衣人的線索毫無頭緒。井浩然表示他們就算是鎖定疑犯，并不代表會停止調查，反而好奇譚建為何如此關心韋建邦。
當井浩然問及這件事情，譚倩雯坦言韋建邦是個很愛老婆的男人，年輕時和她在同一家公司工作，后來為能重新挽留妻子付出許多。所以譚倩雯明白失去又擁有的珍貴，因為堅信韋建邦的人品，也知道他是無辜清白。
黃永權的妻子過世，又無子女依靠，生前患有癌癥晚期，知曉自己時日無多才聯系義工機構處理后事。霍寶英和余星柏想要從黃永權的驗尸手稿尋找些蛛絲馬跡，可是手稿還沒找到，意外發現黃永權年輕時和小男孩的合影，以及明天風箏會周年比賽。
余星柏覺得若是找到小男孩，或許會有手稿的下落，于是連夜制作好金魚風箏，次日帶著霍寶英去參加風箏大會。偏巧碰上風向不穩定，風箏大會提前結束，霍寶英不肯放棄堅持要放風箏，幸好皇天不負苦心人，終究還是讓她遇到照片里的男孩，如今已經長大成人。
可惜男人去國外之后，很少和黃永權聯系，根本不知道驗尸手稿。霍寶英并不氣餒，她認為手稿沒有線索，至少也算是幫助黃永權完成心愿，高興之余連喝兩瓶啤酒，沒多久就爛醉如泥，余星柏無奈用特殊方式讓她醒酒。此時霍寶英接到男人電話，得知黃永權常去一家名為“木”的咖啡店，意外收獲已經出版成小眾書籍的驗尸手稿。
法院開庭審理米歇爾的劫殺案，重案組和法證部陸續出庭作證，還有報告顯示死者生前抓傷建邦，指甲殘留其皮膚組織。縱然建邦據理力爭，否認自己殺人，終究無法改變無期徒刑的判決結果。
譚倩雯為保護建邦妻兒，正面回懟無良媒體記者，井浩然及時出面護送他們回去。當晚組員齊聚小屋，井浩然隱約聽到隔壁房間傳來鼓聲，開門查看發現是譚倩雯敲鼓泄憤，他只能默默離開。
熊承宇出獄后成為地方老大，因為記掛著秦克男的恩情，對他也是有求必應。秦克男知道范佩清解刨忠爺肯定遭到古惑仔報復，從他身邊調走手下去保護范佩清，怎知古惑仔是來向她道歉，原來她順著忠爺的紋身開刀，在不違反尸檢程序的前提下，還變相保住忠爺的面子。
既然是誤會一場，秦克男英雄救美毫無意義，但是范佩清決定要幫他重新調查陸詩詩真正死因。秦克男推測兇手熟悉藥理，也許陸詩詩使用的按摩膏是對方提供，二人分頭行動調查按摩膏來源，在一家藥妝店查到線索，獲悉陸詩詩每逢周末會去買東西，并且去上烹飪課。
余星柏翻看黃永權撰寫的尸檢報告書籍，看到他在自殺案里說明有人將那替明混入草莓口味的大福糕點，立馬跟霍寶英親手制作大福嘗試如何掩蓋藥苦味，無一例外全都失敗。聯想到陸詩詩血液中含有高量糖蛋白，余星柏讓霍寶英去采購各式各樣的水果，結果發現摻有蜜拉圣果的大福完全嘗不出苦味。
正是因為蜜拉圣果的主要成分是擾亂味蕾，所以就算是大福里添加那替明，也基本是很難讓人察覺到苦藥味。兇手能夠想到用甜品殺人，還將殺人計劃部署如此精密，秦克男深感無力，實在想不明白對方的真正動機。幸好秦克男已經通過網絡聯系到烹飪教室的學員，約定明天在指定地點見面，而他邀請范佩清一同前往，獲取烹飪食譜之余，意外得知陸詩詩在烹飪班和嫣妮絲頗為熟識，有次嫣妮絲向陸詩詩哭訴自己壓力大，希望她能幫忙拿些治療失眠的藥品。
秦克男帶著范佩清陸續走訪烹飪教室的學員，并且拿到關于全體合影照片，二人都不由愣住，原來所謂的嫣妮絲竟是悠悠，也就是秦克男的前女友。范佩清檢查周圍是否還有其他線索，順手打開一扇房門，隨之爆炸撲面而來，秦克男急忙將她護在懷里，僥幸逃過一劫。事件發生之后，秦克男需得留院觀察情況，至于范佩清尚無大礙。法證部勘查現場推測有人利用射燈的高溫制造粉塵爆炸，余星柏在墻壁處發現遺落的紐扣，憑借技術還原梅花圖案，又鑒定出面粉是從日本進口的牌子，專門用做蛋糕烘焙。
范佩清有理由懷疑閨蜜悠悠參與到七年前的自殺案，當她拿出陸詩詩經常使用的按摩膏產品，已然看出悠悠表情變得奇怪。盡管悠悠故作鎮定不予理會，可她和秦克男的戀人關系也是事實，當初秦克男無法忍受悠悠的強勢，最終選擇結束長達八年的愛情長跑。后來悠悠知道秦克男移情別戀，便用嫣妮絲的名字到烹飪教室上課，故意接近陸詩詩，和她成為好朋友。陸詩詩完全沒有防備之心，甚至愿意編謊話幫助悠悠去拿藥物，但是范佩清知道悠悠是想要報復陸詩詩和秦克男。
如今范佩清找到悠悠，無非是希望她能回頭，不要繼續一錯再錯。然而悠悠全程沉默不語，直至范佩清起身離開，她忽然接到丈夫姚舜宏的電話，神色越發凝重。此刻姚舜宏已在審訊室面對警方詢問，重案組早已搜集足夠證據指控他意圖引發塵暴殺人。案發現場找到的櫻花紐扣出自姚舜宏的甜品店，還發現汽車后備箱的面粉和店鋪面粉，都屬于同一種牌子。
井浩然查到姚舜宏七年前從日本歸來，以客席導師身份在烹飪教室任教，所以學校資料根本沒有姚舜宏的名字。正當井浩然認定姚舜宏是殺害陸詩詩的兇手，重案組又在姚舜宏租用的迷你倉里盛裝大福的餐盒，上面檢驗出秦克男的NDA，以及姚舜宏偷拍陸詩詩的照片。
眼看事實證據擺在眼前，姚舜宏承認自己七年前癡迷陸詩詩，私下里偷拍很多照片，怎知陸詩詩發現大罵他是變態，揚言要報警處理。姚舜宏惱羞成怒，為避免事情鬧大，情急之下想到要殺人滅口。雖然看似案件了結，實則另有隱情，范佩清主動去找悠悠，認定她才是殺害陸詩詩的真正兇手。因為每個人拍照習慣不同，姚舜宏喜歡將人物置中，可唯獨陸詩詩的照片失焦，而且還在邊緣位置，也就意味著他照片里的女主角正是悠悠。
范佩清拆穿悠悠早有預謀做好摻有那替明的草莓大福，繼而裝進和陸詩詩同款的餐盒里，趁其不備換走餐盒，這一幕落入姚舜宏的視線里。正是姚舜宏太愛悠悠，才會默默撿走悠悠丟在垃圾桶里的罪證，整整保存七年的餐盒，需要靠它來給悠悠頂罪。所以之后的塵爆、遺落現場的紐扣，以及在迷你倉找到的證據，全都是姚舜宏保護心愛之人的用心良苦。范佩清想讓悠悠明白自己犯下的錯誤，應該由自己來承擔，這也是當初她成為法醫的準則，倘若真的選擇逃避法律審判，恐怕連兒子嘉朗都會感到失望。
悠悠回到家里看著丈夫寫給自己的信，腦海里浮現出昔日的美好點滴，終在此刻幡然醒悟，意識到丈夫對自己的深情。次日重案組準備移送姚舜宏之時，忽然看見悠悠在范佩清的陪同下來到警局，主動交代犯罪經過，為七年前的錯誤承擔責任。隨著自殺案塵埃落定，涉案兇手皆已伏法，秦克男坐在觀眾席上看著嘉朗演出時，仿佛觀看陸詩詩在聚光燈下跳芭蕾，內心得以釋懷。范佩清答應悠悠會照顧好嘉朗，同時好奇秦克男對未來如何打算，秦克男還未想好之后的規劃，但他很感謝范佩清和余星柏等人的幫助。
余星柏趁著同事們去聚餐，準備獨自在辦公室享用美食，沒想到霍寶英突然過來要和他慶祝自殺案告破。也正因霍寶英參與偵破這起舊案，直接從巡警調往西九龍區重案組，田七、小夫等一眾警員熱烈歡迎，唯獨井浩然依舊是冷酷模樣。
霍寶英入職重案組負責九龍城金店盜竊案，還未完全摸清來龍去脈，居然又收到爛口炳會在倉庫收貨的消息。大家火速趕往倉庫實施抓捕，井浩然和霍寶英聯手圍堵一名想要逃跑的參與者，沒想到對方居然是譚倩雯。原來譚倩雯為能給韋建邦翻案，不惜以記者身份威逼銷贓店老板交代事情，根據他所提供的地址前往爛口炳收貨的倉庫，希望對方能夠拿出米歇爾保險柜里丟失的珠寶首飾。
然而此話一出，爛口炳起了殺心，好在重案組及時趕來。譚倩雯想要趁亂溜走，井浩然直接將她抓回警局，查明緣由后，氣惱她做事魯莽沖動，索性折返送回位于偏僻郊外的倉庫。譚倩雯絲毫沒有意識到自己的錯誤，還在據理力爭，井浩然懶得回應，開著車揚長離去。事實上，井浩然并未徹底走遠，只是將車子停在不遠處，直到霍寶英騎著小摩托載譚倩雯出現。霍寶英覺得韋建邦的案子堪比秦克男翻版，就算是已經判刑，但是還有諸多疑點，說不定兇手另有其人。
井浩然完全不等霍寶英把話說完，提醒她趕緊回去寫報告，霍寶英無奈先行離開。譚倩雯和井浩然賭氣，故意不坐他的車，獨自一人往下坡路走，結果在半路遇到汽車拋錨的井浩然。冷靜過后，譚倩雯和井浩然都為方才的事情道歉，二人冰釋前嫌，忽然想起案發當天是超級月亮的景象，說不定附近會有攝影愛好者捕捉到黑衣人的鏡頭。
也正因通過這條線索，失眠小組的成員們幫忙尋找照片，雖然沒有找到黑衣人的聲音，卻在房頂發現一只黑貓。問題在于警方翻看別墅周邊所有監控，完全沒有發現黑貓，說明監控錄像已經被人動過手腳。經過技術組協助破解系統活動日志，證實米歇爾在一年之內有過六次刪改監控系統的片段，時間大概從三十分鐘到六十分鐘左右，最近一次是案發當晚停止錄像功能，緊接將預先準備好的錄像覆蓋之前的錄像，顯然是讓某些見不得光的人進入住宅。
井浩然立馬向李長官申請重啟案件調查，聯合法證部進行現場二次勘查。余星柏在別墅外面看見霍寶英感到驚訝，才知她已在重案組工作，霍寶英很高興能和余星柏成為搭檔，盡管是在不同部門，但她相信上次風箏案配合默契，接下來也不會例外，旁邊同事聞言掩飾不住八卦竊喜。
張世熙和湛霆檢查梳妝臺發現一條紅色書簽帶，根據紅色帶子裂痕翻找書柜，果然找到沾有米歇爾失禁尿液和其他人血漬的年報。重案組與法證部對此展開討論，分析案發當時的具體經過，井浩然質問法證部為何疏忽重要物證，若非他們的紕漏，又怎會導致韋建邦平白無故坐牢四個月。
湛霆心里無比自責，在場人都不知如何回應，余星柏等到重案組離開后，安慰大家不必過于氣餒，畢竟法證部只負責搜證工作，沒有人會聯想到米歇爾死因跟書簽帶有關。因為這件事情給湛霆帶來的困擾，便是他在之后的搜證工作中出現不自信乃至自我懷疑的狀態，好在同事們對他非常包容。
沒過多久，法院宣判韋建邦無罪釋放，韋建邦面對眾多媒體鏡頭，揚言會狀告法證部追討自己的損失。盡管余星柏表面故作淡然，認為湛霆做錯事情要勇于承擔，可是范佩清知道余星柏多么在意徒弟感受，只是習慣以其他方式表達關心。
余星柏和范佩清吃完飯，還不忘給湛霆帶去夜宵，提醒他要為明天出庭作證做準備。可在庭審現場，辯方律師舉例湛霆濫藥和疲勞加班，從而記錯車牌號碼。法官結合辯方證人證詞以及物證，又對于湛霆搜證時精神狀態存疑，基于疑點利益歸于被告，最終裁定危險駕駛致人死亡罪名不成立。
宣判結束之后，湛霆獨自躲在洗手間里平復情緒，余星柏等在門外接到范佩清的電話，意外得知韋建邦妻子在洗衣店工作摔倒流產。若非韋建邦判刑入獄，妻子必然不會如此辛苦工作，所以韋建邦遷怒到湛霆身上，動手打了他。余星柏帶著湛霆前往海邊散心，希望他能引以為戒，明白作為法證人員的重要性，任何不起眼的物品，都有可能作為重要證據呈交法庭。