1987年，兩個世界之間的通道首次被發現。1996年，一個世界的禽流感被傳入另一個世界導致幾億人死亡，兩個世界也從此走上了不同的發展道路。克萊爾的父母不幸死于這次流感疫情，她隨后被米拉帶到了學校，接受秘密培訓。
在學校里，還有其他孤兒。也是在那里，克萊爾知道了在另一個世界還有自己的“影子”。這些孤兒不再是孩子，而是戰士。他們日常除了接受間諜訓練，還要時刻學習“影子”生活上的點點滴滴，嚴格保持一致。克萊爾就是因為那邊的“影子”摔斷了雙腿，自己同樣被硬生生打斷了下肢。為了留下痛苦的記憶，整個過程連麻藥都沒有使用。
在克萊爾痛苦無助的時候，有一個叫斯潘塞的孩子陪伴著她，成了克萊爾的初戀。但戰士是不能有感情的，斯潘塞沒過多久就離開了學校，應征去了另一邊的世界，克萊爾再沒有見過他。就這樣過了16年，克萊爾已成為學校的教師，接替米拉的工作，繼續教育其他孩子，直到一個新命令的到來。
克萊爾在另一個世界的影子就是外交部長范徹的女兒克萊爾。根據最新的情報，時任副主管的奎爾與克萊爾相戀，此后的仕途會有很大發展。組織認為已經到了行動的時候，在亞歷山大·蒲柏的安排下，克萊爾以外交公務來到了另一邊的世界，見到了接頭人蘭伯特。
蘭伯特的意思很明確，他只是個信使，負責傳遞兩邊的消息，其他事情都要靠克萊爾自己解決。說完，他遞給克萊爾一個小紙袋，里面是氰化物膠囊。如果身份曝露，這個膠囊就是唯一的退路。而為了保證毒性，每十二個月就要更換一次。
克萊爾開始了自己的行動，趁“影子”外出期間，在她的家中安放了多處監視器。每天，克萊爾都會在屏幕前觀察“影子”的一舉一動，學習她的發音、用詞和習慣動作，尋找著合適的安插時點。
這個時點終于到來。“影子”發現了奎爾與前女友的曖昧信息，一怒之下向奎爾提出分手。克萊爾立刻將此情況上報，得到的回復是，在事態失控前，不惜一切代價取代“影子”。克萊爾有了自己的資金，雇傭兩名大漢偽裝成入室搶劫，沖進“影子”的公寓。沒想到“影子”掙脫了控制，逃到公寓樓下的車內。
守在樓下的克萊爾來不及思考，沖上前拉開車門，在“影子”那難以置信的目光中，將她掐死。克萊爾沒有任何感覺，就像毒蛇看著自己蛻下的皮，冷冷的叫兩名大漢處理尸體。之后奎爾趕到，看到鼻青臉腫的克萊爾。兩人之間的關系“神奇”的恢復，婚禮按原定計劃舉行。
幾年后，克萊爾的女兒出生了，取名斯潘塞。奎爾卻在這個時候，察覺到了異常。今晚是奎爾的生日，將在家里舉行慶祝派對。他找了個借口讓克萊爾外出購買岳父最喜愛的雪茄，然后霍華德X對屋內進行了徹底的搜查。在克萊爾的維生素瓶里，找到一顆發出杏仁味的膠囊。這已經足夠證明克萊爾的身份，但霍華德X打算暫時保密，查出整個情報網絡。
可奎爾接受不了這個現實，生活多年的妻子，竟然是個“陌生人”。平步青云升到局長的職位，自己卻成了最大的安全漏洞。霍華德X希望奎爾以平常態度，舉行這次生日派對，奎爾做不到。在賓客面前，他提到與克萊爾相識之初的一些細節，沒想到克萊爾對答如流，完全沒有破綻。
等到所有賓客離去，奎爾向克萊爾攤牌。不顧克萊爾的掙扎，拖著她走向藥箱，將維生素倒在桌上。奎爾要彌補安全漏洞，他拿著膠囊讓克萊爾吞下去，反正克萊爾沒有其他的選擇。克萊爾含著淚，這粒膠囊已經過了有效期。自從女兒斯潘塞出生后，這個世界的生活就不再與她無關，不可能說放棄就放棄。
讓突擊隊沒想到的是，在菠茨坦的神秘小樓外，遭到激烈的反抗。經過一番槍戰，擊斃了所有反抗人員。當伊安、艾米莉X和霍華德沖進小樓時，發現并不如此前所設想的。這里不是情報站，更像是所學校。有教室、課桌，黑板上還有兩個世界的歷史事件對比。可見這里專門培養孩子學習兩個世界的知識，然后到另一個世界替換，成為影子特工。更讓霍華德痛心的是，地下室里找到了孩子們。他們口吐白沫，已服毒自盡。
有用的資料都被焚毀，只在沙發墊下找到了一份身份資料。從資料里的鑒證、海關信息來看，這應當是剛被派駐出去的影子特工。在這個世界里，霍華德X的等級要高于艾米莉X，所以前往海關調查的工作，只能由霍華德出面。在出發前，艾米莉X特意叮囑伊安調查一下測謊室里的那個工作人員麥克斯，此次行動除了伊安、艾米莉X和霍華德，就只有他知道，消息泄露的最大嫌疑人非此人莫屬。
到了海關，海關人員認出資料中的人的確以外交官員的身份到了另一邊，隨行的還有兩個人。此事變得越來越嚴重，需要通知另一邊的霍華德X，希望能在事態失控前找到這三名影子特工。
而此時，另一邊的世界也不安寧。克萊爾被拷在客廳的暖氣片上，奎爾抱著一直哭鬧不止的女兒不知該如何是好。從責任上來說，他應當馬上向戰略部匯報，對克萊爾進行審訊并搗毀整個敵方組織。但克萊爾的話讓他猶豫不決。奎爾已深陷在此事當中，身為局長卻讓妻子接觸到機密文件。還有女兒斯潘塞，兩個世界都容不下她。一旦克萊爾的身份曝光，被毀掉的不止是克萊爾，還有奎爾的仕途和生活。
奎爾借口生病，躲在家里思索著何去何從。奧爾德里奇卻不請自來，還帶來了他最喜歡的熱湯。名為探望，但從他的一字一句里，奎爾聽得出奧爾德里奇已對自己產生了懷疑，只是在等著自己去戰略部自首。就在這個時候，不安生的霍華德X竟然還打電話來，要求準備一間界面室。
霍華德X接到消息，那邊的世界要求見面。如果沒有重要的事情，絕不可能以這種方式見面。在奎爾的安排下，霍華德X走進了沒有監控的界面室，意外的看到在玻璃另一邊出現的人是霍華德，而非艾米莉X。
霍華德向霍華德X通報了查到的三名影子特工的姓名、身份，但他不經意間說的“我們”讓霍華德頗為惱火。這“我們”里包括了霍華德和艾米莉X，霍華德X可不喜歡霍華德干預到自己的生活。一場本來應當是交換重要情報的對話，變成了如何照顧家庭的爭吵。
霍華德想幫霍華德X挽回家庭成員，霍華德X卻不想領這個情。在霍華德X看來，霍華德就是從艾米莉X身上找到了以前的感情，所以都沒問一聲躺在病床上的艾米莉。霍華德X沒有告訴他，艾米莉已經蘇醒但還沒有恢復記憶。他的岳母夏洛特已趕到柏林，準備讓女兒進行長期的康復訓練。而在安德烈的問題上，霍華德其實早就知道。只是他深愛著艾米莉，連她的缺點都愿意接受。面對這個癡情種子，霍華德X已無話可講。兩人就這樣不歡而散，各自推門離去。
可兩個霍華德都沒想到，一場更大的陰謀即將開始。奎爾私下找到了奧爾德里奇，承認情報的泄露源頭是在自己。但他沒有說出克萊爾，而是把幕后操縱者說成了霍華德。
伊安聯系不到測謊員麥克斯，想來一定是畏罪潛逃。他去找過亞歷山大，但亞歷山大有恃無恐，即不承認也不否認與菠茨坦的學校有關。而且亞歷山大的狡詐遠非伊安所能想象，亞歷山大看得出伊安對艾米莉X有情，霍華德出現后，艾米莉X的態度有明顯變化。從這一點上，亞歷山大旁敲側擊，在伊安心中埋下一粒種子，挑撥他與霍華德的關系。
伊安明知亞歷山大所言非虛，與艾米莉X接觸的霍華德絕非此前那個霍華德，這個霍華德終究要回到那邊的世界。但他還是忍不住的排斥霍華德，對麥克斯的通訊進行監聽，得知了亞歷山大安排的接頭地點。全小隊成員出動時，唯獨留下了霍華德。
接頭地點是在菠茨坦廣場的地鐵出口，按情報界的傳統作法，曝光的內鬼必定在自己人的安排下撤離。但伊安和艾米莉X深知亞歷山大的為人，所謂的撤離很可能是一勞永逸的滅口。當麥克斯出現在車站時，伊安和艾米莉X果斷出手，將亞歷山大派來的殺手解決，救下了尚不知情的麥克斯。
押著麥克斯回到安全屋審訊。雖然麥克斯愿意配合，但他只是個小卒子，哪能知道亞歷山大建立學校的動機，更不可能知道之后的具體計劃。得不到情報的伊安怒火中燒，看到麥克斯小心翼翼保護著手里的行李箱就大怒，認定是從亞歷山大那里得到的昧心錢。他抓起行李箱用力擲到墻上，哪知掉出來的不是一疊疊的鈔票，而是一張張涂鴉。那是麥克斯已故兒子的涂鴉，亞歷山大正是利用這點拉攏麥克斯，承諾讓他去那邊的世界尋找還在世間的“兒子”。
這種感覺不是伊安和艾米莉X所能體會的，一旁默不做聲的霍華德卻深有感觸。他上前輕輕幫麥克斯收拾好行李箱，但下面的事也讓他憤怒了。麥克斯承認向亞歷山大泄露了艾米莉警告有人滲透的消息，隨后亞歷山大制造了車禍。霍華德從沒想過那場車禍是場陰謀，這也讓他更加擔心妻子的安危，決定返回自己的世界。
而另一邊的世界已經陷入混亂。霍華德X接到彼得的電話，得知奧爾德里奇已趕來抓人。來不及細問的霍華德X抓起身邊裝著艾米莉重要資料的行李袋，在奧爾德里奇到達前離開了公寓。當他趕到彼得家，卻見彼得掏出了手槍。這下霍華德X明白了，自己被彼得出賣。現在彼得就是要制造正當防衛的假象殺了霍華德X，就能保住自己和妻子克萊爾的秘密。
在霍華德X看來，這是個愚蠢的主意。霍華德在最底層的界面部工作了三十年，怎么可能挾制局長取得機密情報。從彼得手中奪過手槍，霍華德X抓起行李袋逃走。也正如他所預料，奧爾德里奇雖然不知道霍華德和霍華德X調了包，但他并不相信霍華德和彼得是泄露情報的人，卻認定彼得有所隱瞞，似乎是在保護某人。而霍華德一定知道內情，這才是奧爾德里奇要抓捕霍華德的原因。
被霍華德X逃走，彼得感覺自己的生活全毀了。僅剩的希望就是克萊爾交代出影子特工的下一步行動，或許能及時阻止，戴罪立功。可克萊爾絕不會告訴他，鮑德溫已經除掉三人，三名影子特工拿著受害者的身份證明分別以郵遞部工作人員，辦公室職員和外務部秘書的身份混入了政府大樓。克萊爾還給了鮑德溫另一個任務，解決霍華德X，幫彼得圓謊。此時的彼得感覺到自己的生活已完全沒有了希望，深陷在自己無力解決的間諜游戲中無法自拔。絕望之下，他拽著克萊爾上車，緊踩油門在大街上飛馳，完全不顧前方亮起的紅燈，直到重重撞上停在路邊的車輛。
霍華德X也知道逃跑只會增加自己的嫌疑。他將行李袋再次放到了安德烈家里，除此之外他也找不到安全的保管地點。然后霍華德X來到內務部自首，配合奧爾德里奇調查。哪知剛被奧爾德里奇帶進審訊室，大樓里就響起了槍聲。原來在郵遞部的影子特工把槍支放進郵包內，躲過檢查。隨后在分發郵包的過程中，將槍支暗暗送到辦公室和外務部的內應手中。只等時間一到，就大開殺戒，造成慘重傷亡。