凱特琳和里德親眼看著一對(duì)兒女被人活捉，別提多揪心了。勞拉、安迪、索尼婭和克拉麗絲被捉進(jìn)特勤局的監(jiān)獄后，變種人們紛紛為里德和凱特琳出謀劃策，但組織中有些反對(duì)的聲音，不想插手這家族的事情。
熱心的馬可斯自然是救人行動(dòng)的主力軍，但洛娜懷著孩子，她不想馬可斯因?yàn)榫热硕炎约捍钸M(jìn)去，無(wú)論是為了她自己好，還是為了腹中兒好。
剛剛被組織救回基地的讀心術(shù)女孩埃斯梅，看見(jiàn)特拉斯克的負(fù)責(zé)人坎貝爾博士似乎想對(duì)安迪他們出手，正派人前往特勤局。埃斯梅知道安迪他們?nèi)サ教乩箍吮銜?huì)被當(dāng)成白老鼠般的實(shí)驗(yàn)對(duì)象，但凱特琳和里德在埃斯梅的勸說(shuō)下，試著去求助特納。特納雖然是特勤局的人，現(xiàn)在也因喪女之痛而對(duì)變種人懷有私仇，但在里德心目中他是目前唯一靠得住，能合作的人。
在捉回來(lái)的變種人中，特納尤其討厭索妮亞，因?yàn)樗龏Z走了自己關(guān)于女兒離世前的記憶。就在特納打算尋求方法逼索妮亞把記憶還給自己時(shí)，坎貝爾博士的人便來(lái)到特勤局，把幾名變種人帶走了。
安迪等人來(lái)到特拉斯克公司，他和姐姐勞拉便被關(guān)在一個(gè)奇怪的實(shí)驗(yàn)室，而索妮亞和克拉麗絲則被關(guān)在另一個(gè)地方。坎貝爾博士知道這對(duì)姐弟的能力，對(duì)他們十分感興趣，加上他們家族的基因，因此要對(duì)他倆進(jìn)行特殊的實(shí)驗(yàn)，要求他們?cè)诜忾]的實(shí)驗(yàn)室中重現(xiàn)芬里斯雙子的能力。
安迪和克拉麗絲起初想反抗，但道高一尺魔高一丈，坎貝爾博士透過(guò)屏幕，在他們面前開槍打死了索妮亞。姐弟倆忍無(wú)可忍，終于牽了手。一瞬間，被設(shè)計(jì)得毫無(wú)破綻的實(shí)驗(yàn)室被扭開了一大塊，而外面的辦公室也遭到了損毀。雖然兩人還未能破壞實(shí)驗(yàn)室，但他們的能力足以讓坎貝爾嘆為觀止。
凱特琳和里德勸服了特納幫忙，特納派了一隊(duì)特勤局的人員，以非法實(shí)驗(yàn)的名義，把安迪他們帶走了。洛娜見(jiàn)狀，也不說(shuō)什么，于是讓馬可斯按自己的想法行事。變種人組織主動(dòng)了一隊(duì)人馬，埃斯梅也跟著前去。凱特琳和里德在組織中和后援人員聊天時(shí)，發(fā)現(xiàn)了埃斯梅的謊言。
大伙兒一直以為凱特琳和里德去找特納幫忙是自己的想法，沒(méi)想到是埃斯梅的提議。與此同時(shí)，在特勤局押送犯人的行車路線中進(jìn)行埋伏，也是埃斯梅的提議。
原來(lái)埃斯梅并不是真心想幫馬可斯他們，因?yàn)樗约河邢刖鹊娜恕Ｋ鹊娜耍亲约旱牧硗鈨晌唤忝谩Ｈ说牧α浚粌H僅是讀心術(shù)，還能控制別人的思維。三人聚在一齊，立即控制了特勤局的特工們，讓他們自相殘殺。在囚車中的變種人們，包括勞拉、安迪，看見(jiàn)眼前景象后都傻了眼。
埃斯梅殺了許多的普通人，連坎貝爾也不例外。
在埃斯梅的介入之下，變種人們擺脫了特勤局的控制。盡管他們重獲自由，但對(duì)埃斯梅三胞胎并無(wú)太多感激之情。因?yàn)樗齻冊(cè)斐傻膫鎏珣K重了，哪怕那些是敵人，但他們很多也只是為了工作，罪不至死。
這次的事件，讓里德好不容易爭(zhēng)取回來(lái)特納的信任，再次瓦解了。特勤局方面，在特納的主持下，給命喪埃斯梅只手的特工們都給予了厚葬。變種人基地的成員也陷入了一片愁云慘霧，自從世界大規(guī)模地屠殺變種人后，他們的成員便一直在減少，每天都在提心吊膽地活著。這次的事件，索尼婭犧牲了，約翰在人前強(qiáng)忍悲痛，自己獨(dú)處時(shí)，悲傷一發(fā)不可收拾，男兒淚流之不盡。克拉麗絲看在眼里，為他感到難過(guò)和惋惜。
這次的襲擊，埃斯梅三胞胎早有預(yù)謀。她們回到自己的組織，地獄火俱樂(lè)部，和接頭人會(huì)面。地獄火俱樂(lè)部是歷史悠久的一個(gè)組織，成員都是一些有社會(huì)地位的變種人。作為變種人，地獄火俱樂(lè)部一直密謀著與普通人類進(jìn)行對(duì)抗，但他們和地下基地的成員不一樣，他們采取的方式，往往更兇殘，更極端。埃斯梅這次的任務(wù)，是拉攏歷史上有名望的變種人家族與俱樂(lè)部結(jié)盟，比如勞拉和安迪。
很多人都猜出了埃斯梅的心思，并知道她們背后有強(qiáng)大的勢(shì)力。漸漸地，地下基地變產(chǎn)生了兩個(gè)持有不同觀點(diǎn)的派別。一方認(rèn)為埃斯梅另有所圖，另一方面則強(qiáng)烈要求與埃斯梅合作，保住基地。
地下基地人心各異，這次的事件，安迪和勞拉有不可推卸的責(zé)任，斯特拉克一家決定暫時(shí)離開基地，尋找其他自衛(wèi)的方法。勞拉把家人帶到費(fèi)爾伯恩職業(yè)學(xué)院，她的男朋友韋斯在此處進(jìn)行接應(yīng)。勞拉與韋斯分隔多日，剛見(jiàn)面便如膠似漆。里德看見(jiàn)女兒的臉上出現(xiàn)了久未綻放的笑容，也不再對(duì)韋斯有所偏見(jiàn)，認(rèn)為只要女兒快樂(lè)，其他事都可以放在一旁。
地獄火俱樂(lè)部的高層催促埃斯梅盡快完成拉攏重要盟友的事情，三胞胎別分別找到安迪和洛娜，勸說(shuō)他們作為代表，加入自己的陣營(yíng)。洛娜對(duì)埃斯梅懷有戒心，但心底里卻是希望尋找有實(shí)力的盟友，對(duì)抗特勤局和實(shí)驗(yàn)室的人。埃斯梅為了勸說(shuō)洛娜，把她一直三緘其口的身世拿出來(lái)談。原來(lái)洛娜的父親是變種人名門，不僅是地獄火俱樂(lè)部的成員，還是一位出色的領(lǐng)軍人物。洛娜自從懷孕后，她的能力變?cè)桨l(fā)地出眾，她體內(nèi)流著深厚的變種人基因血脈，維護(hù)變種人，是她的使命。
特納不知從哪里收到變種人基地的消息，帶上一支擁有高科技和大量被馴化的變種人軍團(tuán)，一起攻打了變種人基地。大伙兒又得一邊逃跑一邊對(duì)抗，流離失所。就在大伙兒被特勤局的人追殺時(shí)，安迪他們和馬可斯匯合后，便一起逃跑，突然間，安迪聽見(jiàn)了一個(gè)聲音，隨便讓大家跟著他指去的方向逃跑。
事已至此，大家被逼進(jìn)末路，只好信任安迪。果然，埃斯梅早已控制了特勤局的人的思想，在路上挾持了車輛，帶大家撤離。
大伙兒再一次欠了埃斯梅的人情，但他們不知道，這一切都是埃斯梅計(jì)劃之內(nèi)的事。
埃斯梅三姐妹再次介入特勤局和變種人基地之間的沖突，讓基地的同伴們，產(chǎn)生了意見(jiàn)的分歧。有人意識(shí)到普通人類世界要把他們趕盡殺絕，他們必須奮起對(duì)抗才能生存。另一派的人卻認(rèn)為過(guò)激的反抗只會(huì)讓雙方的關(guān)系越演越烈，只有通過(guò)和平的解決方法，才能讓雙方在地球上和諧共存。
洛娜、安迪聽了埃斯梅對(duì)地獄火俱樂(lè)部的介紹后，雖然對(duì)這三姐妹有所顧忌，但這個(gè)強(qiáng)大神秘的組織，對(duì)他們有著致命的吸引力。
最近的幾場(chǎng)沖突，在人類社會(huì)一石激起千層浪。在坎貝爾教授的推動(dòng)下，夏洛特市即將舉行一場(chǎng)名為“人類權(quán)益峰會(huì)”，實(shí)為探討對(duì)變種人趕盡殺絕的集會(huì)。會(huì)議上，眾多政要、富豪都會(huì)出席，他們這次不分膚色、不分階層，只為同一個(gè)目的，為了自己的種族而去滅絕另一個(gè)種族。
基地的同伴們收到這個(gè)消息后，決定采取行動(dòng)。他們認(rèn)為里德的父親奧托研究了抑制X基因的課題這么久，一定有一些具有價(jià)值的東西。就在斯特拉克一家努力回想家里發(fā)生的事時(shí)，坎貝爾教授也跟他們想著一樣的東西。里德的母親被坎貝爾盯上了，大伙兒發(fā)現(xiàn)時(shí)，里德他們立即趕去。在向老母親解釋一番后，總算讓老母親了解清楚奧托的所作所為，還有里德、安迪和勞拉的真正身世。
然而特勤局并未仁慈地讓這家人多享受一會(huì)兒天倫之樂(lè)，很快，他們便追到保險(xiǎn)公司門口。自從索尼婭死后，安迪便恨透了特勤局，他覺(jué)得索尼婭的死是自己的錯(cuò)，如果那天他和勞拉施展能力，那么索尼婭就不用死。特勤局的人追來(lái)時(shí)，安迪對(duì)他們下了狠手，幸得勞拉及時(shí)阻止并拉走他，才沒(méi)有讓無(wú)辜的特勤局職員喪命。
另一邊廂，洛娜和埃斯梅還有約翰、克拉麗絲他們結(jié)伴，先是利用超能力挾持了一名擁有參會(huì)資格但行動(dòng)不便的富翁，讓他以換保鏢的方法，把洛娜和埃斯梅換走原來(lái)的保鏢，讓他們混進(jìn)會(huì)場(chǎng)。這位目標(biāo)富翁是曾經(jīng)參與了折磨變種人的實(shí)驗(yàn)，埃斯梅對(duì)他恨之入骨，在達(dá)成目的后，打算痛下狠手，可是被克拉麗絲阻止了。克拉麗絲看在眼里，覺(jué)得埃斯梅即使幫助變種人組織，但她跟大伙兒不是一路的。
里德一家依依不舍地和老母親分別，離別時(shí)，老母親告訴了里德他們一個(gè)重要的消息，就是奧托曾經(jīng)和一位叫瑪?shù)铝盏呐f同事經(jīng)常聯(lián)系，找到她可能會(huì)獲取一些有用的資料。
洛娜他們混進(jìn)會(huì)議后，在會(huì)場(chǎng)里制造了混亂。特勤局的人毫不留情，約翰在一片混亂中受了傷。
變種人的闖入并未讓坎貝爾受挫，反而讓更多的政要富豪看見(jiàn)了變種人的殘暴，讓雙方的關(guān)系更加緊張了。